鴨茅(Dactylis glomerata L.)是重要的禾本科牧草,具有良好的再生性和廣泛的適應(yīng)性。在我國(guó)西南地區(qū)草牧業(yè)及石漠化治理中發(fā)揮著重要的作用,但在春夏季極易感染銹病,嚴(yán)重影響其飼草產(chǎn)量和品質(zhì)及種子生產(chǎn)。通過(guò)鑒定分析鴨茅NBS抗病基因以及通過(guò)不同的抗病品種來(lái)解析其抗病分子機(jī)制,能有助于鴨茅的分子育種從而緩解和減少銹病對(duì)鴨茅產(chǎn)生的有害影響。本論文基于鴨茅基因組序列利用生物信息學(xué)的方法鑒定篩選出了鴨茅NBS抗病基因,然后通過(guò)對(duì)本課題篩選出的高抗(PI251814)和高感(PI292589)這兩個(gè)材料進(jìn)行銹病菌接種,選取接種7天和14天取樣進(jìn)行RNA-seq,并選取接種7天進(jìn)行sRNA-seq,從轉(zhuǎn)錄水平探究鴨茅抗病分子機(jī)制變化,最后結(jié)合轉(zhuǎn)錄水平和NBS抗病基因挖掘鴨茅抗銹病基因,初步解析鴨茅抗銹病分子機(jī)理。主要結(jié)果如下:1、413個(gè)鴨茅NBS抗病基因的鑒定分析通過(guò)鴨茅基因序列比對(duì),共鑒定到413個(gè)NBS抗病基因,涉及N、NL、CN和CNL四大類。染色體分析表明,413個(gè)NBS抗病基因在鴨茅的7條染色體上呈現(xiàn)不均勻分布,其中5號(hào)染色體上的基因分布最多,有99個(gè)。系統(tǒng)發(fā)育分析結(jié)果表明...

【文章頁(yè)數(shù)】：109 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
縮寫詞表
1 文獻(xiàn)綜述
    1.1 植物抗病基因的概述
        1.1.1 R基因
        1.1.2 抗病基因的主要結(jié)構(gòu)與功能
        1.1.3 植物抗病基因在植物抗病及非生物脅迫反應(yīng)中的應(yīng)用
    1.2 鴨茅銹病的研究進(jìn)展
        1.2.1 鴨茅銹病的危害
        1.2.2 microRNA(miRNA)在植物中的研究
        1.2.3 鴨茅轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序
2 引言
    2.1 研究的目的與意義
    2.2 研究的技術(shù)路線圖
3 鴨茅NBS抗病基因鑒定和分析
    3.1 材料和方法
        3.1.1 鴨茅NBS抗病基因的篩選
        3.1.2 鴨茅NBS抗病基因的分類
        3.1.3 鴨茅NBS抗病基因的染色體定位
        3.1.4 鴨茅NBS抗病基因系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)的構(gòu)建及外顯子-內(nèi)含子結(jié)構(gòu)
        3.1.5 NBS抗病基因在鴨茅不同組織中的表達(dá)
        3.1.6 不同非生物脅迫下鴨茅NBS抗病基因的表達(dá)
    3.2 結(jié)果與分析
        3.2.1 鴨茅NBS抗病基因鑒定和分類
        3.2.2 鴨茅NBS抗病基因在染色體上的定位分布
        3.2.3 鴨茅NBS抗病基因系統(tǒng)進(jìn)化分析
        3.2.4 鴨茅NBS抗病基因在鴨茅不同組織中的表達(dá)
        3.2.5 少數(shù)非生物脅迫下的差異表達(dá)基因同時(shí)也是NBS抗病基因
    3.3 討論
        3.3.1 鴨茅NBS抗病基因的分類
        3.3.2 鴨茅不同組織中NBS抗病基因的表達(dá)水平分析
4 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
    4.1 材料和方法
        4.1.1 材料準(zhǔn)備及實(shí)驗(yàn)初步
        4.1.2 實(shí)驗(yàn)方法
    4.2 結(jié)果與分析
        4.2.1 測(cè)序結(jié)果
        4.2.2 基因表達(dá)水平分析
        4.2.3 差異基因注釋
        4.2.4 權(quán)重網(wǎng)絡(luò)共表達(dá)分析(WGCNA)
    4.3 討論
5 sRNA測(cè)序
    5.1 材料和方法
        5.1.1 材料準(zhǔn)備
        5.1.2 實(shí)驗(yàn)方法
    5.2 結(jié)果與分析
        5.2.1 測(cè)序結(jié)果統(tǒng)計(jì)以及保守miRNA和 novel miRNA鑒定
        5.2.2 miRNA的差異表達(dá)分析及其家族分析
        5.2.3 miRNA的靶基因預(yù)測(cè)
    5.3 討論
6 聯(lián)合分析
    6.1 sRNA-seq和 RNA-seq聯(lián)合分析
        6.1.1 ath04626:(Plant-pathogen interaction)植物-病原菌相互作用途徑
        6.1.2 ath04075:(Plant hormone signal transduction)植物激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑
    6.2 sRNA-seq、RNA-seq和鴨茅NBS 抗病基因聯(lián)合分析
        6.2.1 RNA-seq分析與NBS抗病基因
        6.2.2 sRNA-seq分析與NBS抗病基因
        6.2.3 sRNA-seq和 RNA-seq分析的差異表達(dá)基因與鴨茅NBS抗病基因
7 結(jié)論與展望
    7.1 結(jié)論
    7.2 展望
參考文獻(xiàn)
致謝
附錄
作者簡(jiǎn)歷



本文編號(hào)：3828275