目的采用生物信息學(xué)的方法預(yù)測頭頸部鱗癌中微RNA(miR)-202的靶基因及相關(guān)功能,為后續(xù)研究提供理論基礎(chǔ)。方法使用BLAST分析miR-202序列保守性;下載GEO相關(guān)數(shù)據(jù),構(gòu)建頭頸部鱗癌miRNA表達(dá)譜;利用miRanda、TargetScan7.2、miRDB和miRTarBase預(yù)測結(jié)果取交集為預(yù)測靶基因,進(jìn)一步做GO分析和Pathway分析以及miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)調(diào)控圖。結(jié)果 miR-202在多種物種間具有高度保守性,共獲得43個(gè)靶基因,功能富集分析主要集中經(jīng)典PID AP1通路、間質(zhì)發(fā)展、組織形態(tài)發(fā)生和調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)的絲氨酸/蘇氨酸激酶活性等生物學(xué)過程。miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)示miR-202與靶基因基質(zhì)金屬蛋白酶1(MMP1)、濕疹血小板減少伴免疫缺陷綜合征樣蛋白(WASL)、轉(zhuǎn)化生長因子-β-Ⅲ型受體(TGFβ-R3)和白細(xì)胞介素6受體(IL6R)存在密切調(diào)控關(guān)系。結(jié)論 miR-202在頭頸部鱗癌中可通過與MMP1、WASL、TGFβ-R3和IL6R結(jié)合發(fā)揮調(diào)控作用。

【文章頁數(shù)】：4 頁

【文章目錄】：
1 實(shí)驗(yàn)方法
    1.1 mi R-202的基本信息：
    1.2 構(gòu)建頭頸部鱗癌mi RNA表達(dá)譜：
    1.3 軟件預(yù)測mi R-202的靶基因[4]:
    1.4 mi R-202靶基因Gene Ontology和Pathway分析：
    1.5 mi R-202與靶向m RNA關(guān)系分析：
2 結(jié)果
    2.1 mi R-202基本信息：
    2.2 頭頸部鱗癌差異表達(dá)mi RNAs聚類分析：
    2.3 mi R-202的靶基因交集：
    2.4 mi R-202的Gene Ontology和Pathway分析：
    2.5 mi R-202的靶基因與m RNA交集：
    2.6 mi R-202的靶基因網(wǎng)絡(luò)調(diào)控圖：
3 討論



本文編號：3802952