目的研究ECEL1基因敲減對(duì)肝癌細(xì)胞基因表達(dá)譜的影響。方法1.人肝癌細(xì)胞(BEL-7404)分為2組,實(shí)驗(yàn)組(KD組):人肝癌細(xì)胞(BEL-7404)+ECEL1基因sh RNA慢病毒感染;對(duì)照組(NC組):人肝癌細(xì)胞(BEL-7404)+陰性對(duì)照病毒感染。2.Trizol法提取中的總RNA,純化m RNA,2組m RNA分別逆轉(zhuǎn)錄合成熒光標(biāo)記的c DNA混合物探針。3.熒光標(biāo)記的c DNA混合物探針,與Gene Chip 3’IVT Express Kit(Affymetrix)雜交,經(jīng)嚴(yán)格洗片后,掃描儀掃描芯片熒光信號(hào)圖像,計(jì)算機(jī)軟件數(shù)據(jù)處理,將所得的數(shù)據(jù)進(jìn)行比較,得到兩者間基因表達(dá)的差異信息。4.差異基因的篩選標(biāo)準(zhǔn)為:|Fold Change|>1.5且FDR<0.05,P<0.05,進(jìn)一步的顯著性差異基因篩選標(biāo)準(zhǔn)為:|Fold Change|≥2且FDR<0.05,P<0.05,并基于IPA進(jìn)行經(jīng)典信號(hào)通路分析、上游調(diào)控分析、疾病和功能分析及調(diào)控效應(yīng)分析,明確相互作用網(wǎng)絡(luò)的變化。結(jié)果1.按|Fold Change|>1.5且FDR<0....

【文章頁數(shù)】：78 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
英文縮略詞表
第1章 前言
第2章 材料與方法
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.1 細(xì)胞株
        2.1.2 主要試劑
        2.1.3 主要儀器
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 人肝癌細(xì)胞的準(zhǔn)備(BEL-7404)
        2.2.2 慢病毒感染人肝癌細(xì)胞(BEL-7404)
        2.2.3 芯片數(shù)據(jù)獲取
        2.2.4 芯片數(shù)據(jù)分析
    2.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法
第3章 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
    3.1 慢病毒感染人肝癌細(xì)胞轉(zhuǎn)染效率
    3.2 RNA質(zhì)檢結(jié)果
    3.3 芯片數(shù)據(jù)的質(zhì)量評(píng)估
        3.3.1 信號(hào)強(qiáng)度分布統(tǒng)計(jì)
        3.3.2 相對(duì)對(duì)數(shù)信號(hào)強(qiáng)度統(tǒng)計(jì)
        3.3.3 樣本相關(guān)性分析
        3.3.4 主成分分析
    3.4 數(shù)據(jù)過濾
    3.5 顯著性差異分析
        3.5.1 散點(diǎn)圖
        3.5.2 火山圖
        3.5.3 層次聚類分析
        3.5.4 差異基因
    3.6 顯著性差異基因的生物信息分析
        3.6.1 基于IPA的經(jīng)典通路分析
        3.6.2 基于IPA的上游調(diào)控分析
        3.6.3 基于IPA的疾病和功能分析
        3.6.4 基于IPA的調(diào)控效應(yīng)分析
        3.6.5 基于IPA的相互作用網(wǎng)絡(luò)分析
第4章 討論
第5章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
文獻(xiàn)綜述
    References
附錄
研究生期間撰寫論文情況
致謝



本文編號(hào)：3790283