轉(zhuǎn)錄因子、組蛋白修飾以及二者之間的相互作用對(duì)基因表達(dá)、調(diào)控有重要作用,轉(zhuǎn)錄因子的選擇性結(jié)合受到組蛋白修飾的潛在調(diào)控,而轉(zhuǎn)錄因子對(duì)其靶基因的表達(dá)也有一定的調(diào)控作用。轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控功能不僅與結(jié)合到基因的位置、自身的功能有關(guān),而且還與它的結(jié)合方式有關(guān),不同的結(jié)合方式會(huì)對(duì)靶基因的調(diào)控產(chǎn)生不同的影響。轉(zhuǎn)錄因子對(duì)靶基因準(zhǔn)確調(diào)控時(shí),傾向于和其他轉(zhuǎn)錄因子在調(diào)控區(qū)結(jié)合,形成競(jìng)爭(zhēng)或者協(xié)同的關(guān)系。本文選擇兩類小鼠細(xì)胞系,分別為小鼠白血病細(xì)胞MEL和小鼠B淋巴細(xì)胞CH12,選擇ENCODE數(shù)據(jù)庫(kù)中兩類細(xì)胞系共有的29種轉(zhuǎn)錄因子的narrowpeak數(shù)據(jù),就轉(zhuǎn)錄因子共結(jié)合的相關(guān)問題進(jìn)行研究。因?yàn)橹丿B率較高的轉(zhuǎn)錄因子發(fā)生共結(jié)合的幾率較大,找到轉(zhuǎn)錄因子的重疊規(guī)律是很有必要的。利用統(tǒng)計(jì)方法分析與組蛋白修飾的關(guān)系,以組蛋白修飾為特征,分類預(yù)測(cè)共結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子,結(jié)果發(fā)現(xiàn)H4K4me1、H2K9ac和K3K36me3為較可靠的預(yù)測(cè)因子。對(duì)特定調(diào)控關(guān)系的轉(zhuǎn)錄因子共結(jié)合c-Myc+Max和Mxi1+Max進(jìn)行模體的研究,從而進(jìn)一步篩選轉(zhuǎn)錄因子共結(jié)合的峰數(shù)據(jù)。根據(jù)其結(jié)合峰頂點(diǎn)與轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的距離,采用指數(shù)衰減的BETA模型對(duì)其靶基...

【文章頁(yè)數(shù)】：50 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 緒論
    1.1 研究背景
        1.1.1 轉(zhuǎn)錄因子
        1.1.2 組蛋白修飾
        1.1.3 TF共結(jié)合的研究意義
    1.2 論文結(jié)構(gòu)
第二章 數(shù)據(jù)來源和研究方法
    2.1 數(shù)據(jù)來源
        2.1.1 數(shù)據(jù)庫(kù)的介紹
        2.1.2 數(shù)據(jù)的選取
    2.2 研究方法介紹
        2.2.1 轉(zhuǎn)錄因子重疊率
        2.2.2 轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)性
        2.2.3 高低表達(dá)基因分類
        2.2.4 SVM分類預(yù)測(cè)
        2.2.5 模體識(shí)別
        2.2.6 靶基因預(yù)測(cè)
    2.3 小結(jié)
第三章 轉(zhuǎn)錄因子重疊特征
    3.1 轉(zhuǎn)錄因子共結(jié)合特征
    3.2 轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)性檢驗(yàn)
    3.3 組蛋白修飾在TF共結(jié)合附近的分布特征
    3.4 小結(jié)
第四章 組蛋白修飾特征對(duì)TF共結(jié)合的分類預(yù)測(cè)
    4.1 特征提取
    4.2 分類預(yù)測(cè)
    4.3 小結(jié)
第五章 c-Myc、Mxi1與Max的共結(jié)合分析
    5.1 c-Myc、Mxi1與Max重疊分析
    5.2 c-Myc、Mxi1與Max共結(jié)合功能區(qū)分布
    5.3 c-Myc、Mxi1與Max共結(jié)合模體分析
    5.4 小結(jié)
第六章 靶基因分析
    6.1 靶基因預(yù)測(cè)
    6.2 靶基因分析
    6.3 小結(jié)
第七章 總結(jié)和展望
    7.1 全文總結(jié)
    7.2 工作展望
參考文獻(xiàn)
致謝
碩士期間發(fā)表論文



本文編號(hào)：3769530