目的:利用生物信息學(xué)方法分析胰腺導(dǎo)管腺癌(PDAC)基因表達(dá)譜芯片并篩選關(guān)鍵基因。方法:從公共數(shù)據(jù)庫基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(GEO)中下載PDAC基因表達(dá)譜芯片GSE28735、GSE15471、GSE101448,共納入108例PDAC樣本和97例癌旁組織樣本。應(yīng)用R語言limma包和impute包篩選差異表達(dá)基因。利用DAVID數(shù)據(jù)庫和在線分析工具Kobas分別對差異基因進(jìn)行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。利用STRING數(shù)據(jù)庫和Cytoscape軟件構(gòu)建差異蛋白互作網(wǎng)絡(luò)并進(jìn)一步篩選關(guān)鍵基因。結(jié)果:3個基因表達(dá)譜芯片共有161個差異表達(dá)基因(|log2 fold-change(FC)|>2,P<0.05),包括54個上調(diào)基因,107個下調(diào)基因。GO功能富集分析顯示差異基因與extracellular exosome、extracellular space、extracellular matrix organization密切相關(guān)。KEGG通路分析顯示差異基因主要富集在protein digestion and absorption、ECM-receptor intera...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 基因表達(dá)譜芯片
    1.2 篩選差異表達(dá)基因
    1.3 差異表達(dá)基因GO功能富集分析和KEGG通路富集分析
    1.4 蛋白互作及模塊分析
2 結(jié)果
    2.1 數(shù)據(jù)預(yù)處理
    2.2 差異表達(dá)基因篩選結(jié)果
    2.3 GO功能富集分析及KEGG通路富集分析
    2.4 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及模塊分析
3 討論



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