目的克雷伯菌屬(Klebsiella)為無芽胞、無鞭毛的革蘭陰性桿菌,主要包括肺炎克雷伯菌和產(chǎn)酸克雷伯菌等,常寄生于人或動物呼吸道及腸道,是引起人類肺炎的病原菌之一,此外還可導致子宮炎、乳房炎及其他化膿性炎癥,甚至敗血癥。近年來,克雷伯菌屬細菌的耐藥性逐年增高,甚至出現(xiàn)了泛耐藥菌株,給臨床感染的控制和治療帶來嚴峻的挑戰(zhàn)。CRISPR-Cas系統(tǒng)是細菌基因組中可抵御外源遺傳物質入侵的適應性免疫防御系統(tǒng)。本研究旨在對克雷伯菌屬細菌基因組中CRISPR-Cas系統(tǒng)的分布概況及其基因結構等進行系統(tǒng)的分析,并以臨床常見的肺炎克雷伯菌為研究對象探討CRISPR-Cas系統(tǒng)與細菌耐藥性之間的關系,為控制細菌間耐藥基因的水平傳播提供新的思路。方法本研究主要分為兩部分。第一部分研究中,部分克雷伯菌的CRISPR陣列信息直接收集于CRISPRdb數(shù)據(jù)庫,其余NCBI下載的細菌的CRISPR基因座的查找通過CRISPRFinder進行;cas基因的查找均通過CRISPR-Cas Finder進行。利用MEGA7.0對所有cas基因及重復序列進行多序列比對和遺傳進化分析,并構建系統(tǒng)發(fā)育樹。重復序列的系統(tǒng)發(fā)育分...

【文章頁數(shù)】：78 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
引言
第一部分 克雷伯菌屬CRISPR-Cas系統(tǒng)基因結構的生物信息學分析
    1.材料與方法
        1.1 菌株來源
        1.2 CRISPR-Cas系統(tǒng)的查找與鑒定
        1.3 cas基因的分析
        1.4 重復序列的分析
        1.5 間隔序列的同源性分析
        1.6 前導序列的分析
        1.7 克雷伯菌屬MLST分型
        1.8 耐藥基因的查找及統(tǒng)計學分析
    2.結果
        2.1 克雷伯菌基因組中CRISPR-Cas系統(tǒng)的分布概況
        2.2 cas基因的分布與分析
        2.3 重復序列的分析
        2.4 間隔序列同源性分析
        2.5 前導序列的分析
        2.6 MLST分型與CRISPR分型的關系
            2.6.1 肺炎克雷伯菌MLST分型
        2.7 CRISPR系統(tǒng)與細菌耐藥性的關系
    3.討論
第二部分 肺炎克雷伯菌臨床分離株CRISPR-Cas系統(tǒng)的分析及其與耐藥表型的關系研究
    1.材料與儀器
        1.1 菌株來源
        1.2 主要試劑
        1.3 主要儀器
    2.方法
        2.1 肺炎克雷伯菌臨床分離株的分離鑒定及藥物敏感性檢測
        2.2 肺炎克雷伯菌菌株保存
        2.3 肺炎克雷伯菌基因組DNA的提取
        2.4 設計引物
        2.5 PCR擴增cas1 基因
        2.6 CRISPR系統(tǒng)與肺炎克雷伯菌耐藥表型的關系
    3.結果
        3.1 肺炎克雷伯菌cas1 基因PCR擴增結果
        3.2 肺炎克雷伯菌耐藥表型與CRISPR系統(tǒng)的關系
            3.2.1 肺炎克雷伯菌臨床分離株耐藥表型分析
            3.2.2 CRISPR系統(tǒng)與肺炎克雷伯菌耐藥表型之間的關系
    4.討論
結論
參考文獻
綜述:細菌CRISPR-Cas系統(tǒng)的生物信息學分析的研究進展
    綜述參考文獻
攻讀學位期間的研究成果
致謝



本文編號：3751307