發(fā)布時(shí)間：2023-02-27 19:27

　　目的克雷伯菌屬(Klebsiella)為無芽胞、無鞭毛的革蘭陰性桿菌,主要包括肺炎克雷伯菌和產(chǎn)酸克雷伯菌等,常寄生于人或動(dòng)物呼吸道及腸道,是引起人類肺炎的病原菌之一,此外還可導(dǎo)致子宮炎、乳房炎及其他化膿性炎癥,甚至敗血癥。近年來,克雷伯菌屬細(xì)菌的耐藥性逐年增高,甚至出現(xiàn)了泛耐藥菌株,給臨床感染的控制和治療帶來嚴(yán)峻的挑戰(zhàn)。CRISPR-Cas系統(tǒng)是細(xì)菌基因組中可抵御外源遺傳物質(zhì)入侵的適應(yīng)性免疫防御系統(tǒng)。本研究旨在對克雷伯菌屬細(xì)菌基因組中CRISPR-Cas系統(tǒng)的分布概況及其基因結(jié)構(gòu)等進(jìn)行系統(tǒng)的分析,并以臨床常見的肺炎克雷伯菌為研究對象探討CRISPR-Cas系統(tǒng)與細(xì)菌耐藥性之間的關(guān)系,為控制細(xì)菌間耐藥基因的水平傳播提供新的思路。方法本研究主要分為兩部分。第一部分研究中,部分克雷伯菌的CRISPR陣列信息直接收集于CRISPRdb數(shù)據(jù)庫,其余NCBI下載的細(xì)菌的CRISPR基因座的查找通過CRISPRFinder進(jìn)行;cas基因的查找均通過CRISPR-Cas Finder進(jìn)行。利用MEGA7.0對所有cas基因及重復(fù)序列進(jìn)行多序列比對和遺傳進(jìn)化分析,并構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。重復(fù)序列的系統(tǒng)發(fā)育分...

【文章頁數(shù)】：78 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
引言
第一部分 克雷伯菌屬CRISPR-Cas系統(tǒng)基因結(jié)構(gòu)的生物信息學(xué)分析
    1.材料與方法
        1.1 菌株來源
        1.2 CRISPR-Cas系統(tǒng)的查找與鑒定
        1.3 cas基因的分析
        1.4 重復(fù)序列的分析
        1.5 間隔序列的同源性分析
        1.6 前導(dǎo)序列的分析
        1.7 克雷伯菌屬M(fèi)LST分型
        1.8 耐藥基因的查找及統(tǒng)計(jì)學(xué)分析
    2.結(jié)果
        2.1 克雷伯菌基因組中CRISPR-Cas系統(tǒng)的分布概況
        2.2 cas基因的分布與分析
        2.3 重復(fù)序列的分析
        2.4 間隔序列同源性分析
        2.5 前導(dǎo)序列的分析
        2.6 MLST分型與CRISPR分型的關(guān)系
            2.6.1 肺炎克雷伯菌MLST分型
        2.7 CRISPR系統(tǒng)與細(xì)菌耐藥性的關(guān)系
    3.討論
第二部分 肺炎克雷伯菌臨床分離株CRISPR-Cas系統(tǒng)的分析及其與耐藥表型的關(guān)系研究
    1.材料與儀器
        1.1 菌株來源
        1.2 主要試劑
        1.3 主要儀器
    2.方法
        2.1 肺炎克雷伯菌臨床分離株的分離鑒定及藥物敏感性檢測
        2.2 肺炎克雷伯菌菌株保存
        2.3 肺炎克雷伯菌基因組DNA的提取
        2.4 設(shè)計(jì)引物
        2.5 PCR擴(kuò)增cas1 基因
        2.6 CRISPR系統(tǒng)與肺炎克雷伯菌耐藥表型的關(guān)系
    3.結(jié)果
        3.1 肺炎克雷伯菌cas1 基因PCR擴(kuò)增結(jié)果
        3.2 肺炎克雷伯菌耐藥表型與CRISPR系統(tǒng)的關(guān)系
            3.2.1 肺炎克雷伯菌臨床分離株耐藥表型分析
            3.2.2 CRISPR系統(tǒng)與肺炎克雷伯菌耐藥表型之間的關(guān)系
    4.討論
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
綜述:細(xì)菌CRISPR-Cas系統(tǒng)的生物信息學(xué)分析的研究進(jìn)展
    綜述參考文獻(xiàn)
攻讀學(xué)位期間的研究成果
致謝



本文編號(hào)：3751307