目的:探討外泌體相關(guān)RNA結(jié)合蛋白在肝細(xì)胞癌(HCC)中的可能功能。方法:對腫瘤微環(huán)境(TM)和生理微環(huán)境(PM)組織進(jìn)行RNA測序(RNA-seq)和生物信息學(xué)分析,探討外泌體相關(guān)RNA結(jié)合蛋白差異表達(dá)基因的生理功能,并用RT-qPCR驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)結(jié)果。結(jié)果:在TM和PM之間發(fā)現(xiàn)69個(gè)參與免疫反應(yīng)的外泌體相關(guān)RNA結(jié)合蛋白差異表達(dá)基因。經(jīng)功能富集顯示,它們共參與了12個(gè)生物學(xué)程序(BP)、4個(gè)細(xì)胞組分(CC)、1個(gè)信號通路(KEGG)和3個(gè)蛋白位點(diǎn)序列特征(UP-SEQ)。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),功能主要聚集在免疫應(yīng)答,尤其是先天免疫,還有參與補(bǔ)體激活經(jīng)典途徑、炎性反應(yīng)等。另外引起基因多態(tài)性的SNV分析發(fā)現(xiàn),這些差異表達(dá)基因的SNV與基因表達(dá)呈負(fù)相關(guān)。結(jié)論:在TM和PM中外泌體相關(guān)RNA結(jié)合蛋白基因存在差異表達(dá),生物信息學(xué)顯示其可能涉及到多個(gè)生物學(xué)過程,且可能通過參與先天免疫影響HCC發(fā)展。

【文章頁數(shù)】：4 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 肝癌小鼠模型的構(gòu)建及樣本獲取:
    1.2 RNA提取及RNA-seq:
    1.3 篩選出在兩類樣本中差異表達(dá)的RNA結(jié)合蛋白基因:
    1.4 參與先天免疫反應(yīng)的外泌體相關(guān)RNA結(jié)合蛋白基因的獲取及功能分析:
    1.5 參與先天免疫反應(yīng)的外泌體相關(guān)RNA結(jié)合蛋白基因的SNV和INDEL分析:
    1.6 參與先天免疫反應(yīng)的外泌體相關(guān)RNA結(jié)合蛋白基因編碼蛋白的互作分析:
    1.7 差異表達(dá)基因的RT-qPCR驗(yàn)證:
2 結(jié)果
3 討論



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