目的:利用生物信息學(xué)分析前列腺癌(prostatecancer,PCa)對多西他賽耐藥基因表達(dá)譜芯片,尋找PCa對多西他賽耐藥發(fā)生的關(guān)鍵基因。方法:從GEO數(shù)據(jù)庫下載PCa對多西他賽耐藥基因芯片數(shù)據(jù)GSE33455,其中包括2個對多西他賽敏感和2個對多西他賽耐藥的細(xì)胞系,利用R軟件及affy、limma、ggplot2等R軟件包進(jìn)行差異表達(dá)基因篩選,結(jié)合DAVID和STRING在線生物信息學(xué)工具對差異表達(dá)基因進(jìn)行功能通路富集分析和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析并構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò),進(jìn)一步利用Cytoscape軟件中的Cytohubba進(jìn)行Hub基因篩選。通過Oncomine數(shù)據(jù)庫對Hub基因進(jìn)行Meta分析,獲取關(guān)鍵基因。結(jié)果:共篩選出PCa對多西他賽耐藥差異表達(dá)基因193個,其中表達(dá)上調(diào)基因24個,表達(dá)下調(diào)基因169個,對差異表達(dá)基因進(jìn)行基因本體論(gene ontology,GO)富集分析和京都基因與基因組百科全書(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,利用STRING在線生物信息學(xué)工具構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò),使用Cyt...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 獲取差異基因
        1.2.2 差異表達(dá)基因的GO富集分析和KEGG通路富集分析
        1.2.3 差異表達(dá)基因的PPI網(wǎng)絡(luò)分析
        1.2.4 Oncomine數(shù)據(jù)庫中提取hub基因在PCa中的表達(dá)數(shù)據(jù)并進(jìn)行Meta分析
2 結(jié)果
    2.1 PCa對多西他賽耐藥差異表達(dá)基因篩選
    2.2 差異表達(dá)基因的GO富集分析和KEGG通路富集分析結(jié)果
    2.3 差異表達(dá)基因的PPI網(wǎng)絡(luò)分析結(jié)果
    2.4 Oncomine數(shù)據(jù)庫hub基因分析及Meta分析結(jié)果
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