背景:腫瘤是指組織細(xì)胞不受控制地異常增生而逐步形成的腫塊,可以分為良性腫瘤和惡性腫瘤兩大類。惡性腫瘤中起源于上皮組織的稱為癌,起源于間葉組織的稱為肉瘤。惡性腫瘤是危害人類健康的主要因素之一,2018年全年全球死于惡性腫瘤的人數(shù)接近1000萬(wàn)。腫瘤標(biāo)志物是由腫瘤細(xì)胞產(chǎn)生的或者被腫瘤細(xì)胞影響的正常細(xì)胞產(chǎn)生的,具有表征腫瘤發(fā)生、預(yù)后的物質(zhì)。材料與方法:用于篩選獨(dú)立預(yù)后基因的腫瘤RNA-seq數(shù)據(jù)和對(duì)應(yīng)腫瘤的臨床數(shù)據(jù)下載自TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)旗下的GDC網(wǎng)站。對(duì)于沒(méi)有臨床正常樣本的腫瘤,我們下載了GTEx數(shù)據(jù)庫(kù)的正常樣本進(jìn)行了補(bǔ)充。大致方法如下:1,我們對(duì)RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行了清洗,并將Ensemble名稱轉(zhuǎn)換成了基因名;2,通過(guò)差異分析,得到在腫瘤樣本和正常樣本中差異表達(dá)的基因;3.將得到的差異表達(dá)基因表達(dá)數(shù)據(jù)與生存數(shù)據(jù)合并分析,得到和生存相關(guān)的差異表達(dá)基因;4.將前兩步篩選得到的基因表達(dá)數(shù)據(jù)與臨床數(shù)據(jù)合并,做多因素COX分析,篩選可以作為獨(dú)立預(yù)后因子的基因;5.對(duì)于可作為獨(dú)立預(yù)后因子的基因,我們繪制1年生存率的接受者操作特性曲線（ROC曲線）,并且計(jì)算曲線下面積AUC,篩選AUC＞0.6的基因... 

【文章頁(yè)數(shù)】：71 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 緒論
    1.1 腫瘤的概述
    1.2 常見(jiàn)惡性腫瘤
    1.3 常見(jiàn)致癌因素
        1.3.1 遺傳因素
        1.3.2 物理致癌因素
        1.3.3 化學(xué)致癌因素
        1.3.4 生物致癌因素
    1.4 腫瘤預(yù)后生物標(biāo)志物
    1.5 TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)
    1.6 本文結(jié)構(gòu)
第二章 材料與方法
    2.1 數(shù)據(jù)下載與整理
        2.1.1 TCGA表達(dá)數(shù)據(jù)下載
        2.1.2 TCGA臨床數(shù)據(jù)下載
    2.2 數(shù)據(jù)預(yù)處理
        2.2.1 表達(dá)數(shù)據(jù)預(yù)處理
        2.2.2 臨床數(shù)據(jù)預(yù)處理
    2.3 分析流程
        2.3.1 篩選獨(dú)立預(yù)后基因
    2.4 本章小結(jié)
第三章 獨(dú)立預(yù)后基因篩選與數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建
    3.1 膀胱尿路上皮癌
        3.1.1 表達(dá)數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)
        3.1.2 分析結(jié)果
    3.2 腎透明細(xì)胞癌
        3.2.1 表達(dá)數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)
        3.2.2 分析結(jié)果
    3.3 腎乳頭狀細(xì)胞癌
        3.3.1 表達(dá)數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)
        3.3.2 分析結(jié)果
    3.4 胰腺癌
        3.4.1 表達(dá)數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)
        3.4.2 分析結(jié)果
    3.5 結(jié)腸癌
        3.5.1 表達(dá)數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)
        3.5.2 分析結(jié)果
    3.6 肝癌
        3.6.1 表達(dá)數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)
        3.6.2 分析結(jié)果
    3.7 肺腺癌
        3.7.1 表達(dá)數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)
        3.7.2 分析結(jié)果
    3.8 胃腺癌
        3.8.1 表達(dá)數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)
        3.8.2 分析結(jié)果
    3.9 甲狀腺癌
        3.9.1 表達(dá)數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)
        3.9.2 分析結(jié)果
    3.10 數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建
        3.10.1 在線數(shù)據(jù)庫(kù)IPFCdb
        3.10.2 數(shù)據(jù)庫(kù)IPFCdb的使用
        3.10.3 網(wǎng)站其他部分
    3.11 本章小結(jié)
第四章 總結(jié)與展望
    4.1 全文總結(jié)
    4.2 未來(lái)工作的展望
致謝
參考文獻(xiàn)
附錄
攻讀碩士學(xué)位期間取得的成果


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]中國(guó)鼻咽癌流行概況[J]. 梁鋅,楊劍,高婷,張志超,陳艷佳,鄭榮壽.  中國(guó)腫瘤. 2016(11)



本文編號(hào)：3732435