背景:腫瘤是指組織細胞不受控制地異常增生而逐步形成的腫塊,可以分為良性腫瘤和惡性腫瘤兩大類。惡性腫瘤中起源于上皮組織的稱為癌,起源于間葉組織的稱為肉瘤。惡性腫瘤是危害人類健康的主要因素之一,2018年全年全球死于惡性腫瘤的人數(shù)接近1000萬。腫瘤標志物是由腫瘤細胞產(chǎn)生的或者被腫瘤細胞影響的正常細胞產(chǎn)生的,具有表征腫瘤發(fā)生、預后的物質。材料與方法:用于篩選獨立預后基因的腫瘤RNA-seq數(shù)據(jù)和對應腫瘤的臨床數(shù)據(jù)下載自TCGA數(shù)據(jù)庫旗下的GDC網(wǎng)站。對于沒有臨床正常樣本的腫瘤,我們下載了GTEx數(shù)據(jù)庫的正常樣本進行了補充。大致方法如下:1,我們對RNA-seq數(shù)據(jù)進行了清洗,并將Ensemble名稱轉換成了基因名;2,通過差異分析,得到在腫瘤樣本和正常樣本中差異表達的基因;3.將得到的差異表達基因表達數(shù)據(jù)與生存數(shù)據(jù)合并分析,得到和生存相關的差異表達基因;4.將前兩步篩選得到的基因表達數(shù)據(jù)與臨床數(shù)據(jù)合并,做多因素COX分析,篩選可以作為獨立預后因子的基因;5.對于可作為獨立預后因子的基因,我們繪制1年生存率的接受者操作特性曲線（ROC曲線）,并且計算曲線下面積AUC,篩選AUC＞0.6的基因... 

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【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 緒論
    1.1 腫瘤的概述
    1.2 常見惡性腫瘤
    1.3 常見致癌因素
        1.3.1 遺傳因素
        1.3.2 物理致癌因素
        1.3.3 化學致癌因素
        1.3.4 生物致癌因素
    1.4 腫瘤預后生物標志物
    1.5 TCGA數(shù)據(jù)庫
    1.6 本文結構
第二章 材料與方法
    2.1 數(shù)據(jù)下載與整理
        2.1.1 TCGA表達數(shù)據(jù)下載
        2.1.2 TCGA臨床數(shù)據(jù)下載
    2.2 數(shù)據(jù)預處理
        2.2.1 表達數(shù)據(jù)預處理
        2.2.2 臨床數(shù)據(jù)預處理
    2.3 分析流程
        2.3.1 篩選獨立預后基因
    2.4 本章小結
第三章 獨立預后基因篩選與數(shù)據(jù)庫的構建
    3.1 膀胱尿路上皮癌
        3.1.1 表達數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)
        3.1.2 分析結果
    3.2 腎透明細胞癌
        3.2.1 表達數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)
        3.2.2 分析結果
    3.3 腎乳頭狀細胞癌
        3.3.1 表達數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)
        3.3.2 分析結果
    3.4 胰腺癌
        3.4.1 表達數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)
        3.4.2 分析結果
    3.5 結腸癌
        3.5.1 表達數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)
        3.5.2 分析結果
    3.6 肝癌
        3.6.1 表達數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)
        3.6.2 分析結果
    3.7 肺腺癌
        3.7.1 表達數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)
        3.7.2 分析結果
    3.8 胃腺癌
        3.8.1 表達數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)
        3.8.2 分析結果
    3.9 甲狀腺癌
        3.9.1 表達數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)
        3.9.2 分析結果
    3.10 數(shù)據(jù)庫的構建
        3.10.1 在線數(shù)據(jù)庫IPFCdb
        3.10.2 數(shù)據(jù)庫IPFCdb的使用
        3.10.3 網(wǎng)站其他部分
    3.11 本章小結
第四章 總結與展望
    4.1 全文總結
    4.2 未來工作的展望
致謝
參考文獻
附錄
攻讀碩士學位期間取得的成果


【參考文獻】：
期刊論文
[1]中國鼻咽癌流行概況[J]. 梁鋅,楊劍,高婷,張志超,陳艷佳,鄭榮壽.  中國腫瘤. 2016(11)



本文編號：3732435