水產(chǎn)品抗生素耐藥基因污染特性及檢測方法研究
發(fā)布時間:2023-01-12 18:36
近年來,醫(yī)療和養(yǎng)殖中抗生素濫用引起的抗生素耐藥基因(antibiotic resistance genes,ARGs)已經(jīng)成為了一種危害公眾健康的新型環(huán)境污染物。目前,針對水產(chǎn)品耐藥菌和ARGs的研究較少,關(guān)于水產(chǎn)養(yǎng)殖環(huán)境ARGs污染研究結(jié)果表明,養(yǎng)殖水體和底泥環(huán)境中ARGs污染嚴重,且ARGs種類繁多。因此,開展養(yǎng)殖水產(chǎn)品中水產(chǎn)品中抗生素耐藥菌和ARGs污染分布研究,同時建立ARGs檢測方法是十分必要的。本研究以大黃魚、鯽魚、黃顙魚、青魚、泥鰍、羅氏沼蝦6種浙江省主要消費水產(chǎn)品為研究對象,采用磺胺嘧啶、硫酸慶大霉素、恩諾沙星、頭孢氨芐、土霉素、氯霉素抗性平板篩選耐藥細菌,基于16S rDNA序列分析完成菌株的鑒定,通過藥敏試驗分析分離菌株對復(fù)方新諾明、慶大霉素、恩諾沙星、頭孢氨芐、四環(huán)素、氯霉素6種抗生素的敏感性,采用PCR對sul2(磺胺類)、aac(6’)-Ib(氨基糖苷類)、qnrS(喹諾酮類)、blaPSE(β-內(nèi)酰胺類)、tetA(四環(huán)素類)、cmlA(氯霉素類)、floR(氯霉素類)共7種耐藥基因進行擴增,評估菌株的耐藥表型及基因型的符合情況,針對aac(6’)-Ib、c...
【文章頁數(shù)】:82 頁
【學位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
縮寫、符號清單和術(shù)語表
第1章 引言
1.1 抗生素及耐藥基因
1.1.1 抗生素
1.1.2 耐藥基因
1.2 水產(chǎn)品中抗生素耐藥基因(ARGs)的污染現(xiàn)狀
1.3 細菌耐藥性檢測方法的研究現(xiàn)狀
1.3.1 傳統(tǒng)微生物抑制方法
1.3.2 分子生物學技術(shù)
1.4 立題依據(jù)與研究內(nèi)容
1.4.1 立題依據(jù)
1.4.2 研究內(nèi)容
第2章 養(yǎng)殖水產(chǎn)品耐藥菌分離及16S rDNA鑒定
2.1 材料與儀器
2.1.1 樣品采集
2.1.2 主要儀器與試劑
2.2 實驗方法
2.2.1 樣品處理
2.2.2 菌株分離培養(yǎng)
2.2.3 菌株純化
2.2.4 菌株鑒定
2.2.5 數(shù)據(jù)分析
2.3 結(jié)果與討論
2.3.1 養(yǎng)殖水產(chǎn)品中的抗生素耐藥菌數(shù)
2.3.2 菌株分離鑒定結(jié)果
2.3.3 養(yǎng)殖水產(chǎn)品中耐藥細菌的分布
2.4 本章小結(jié)
第3章 分離菌株的耐藥表型及基因型分析
3.1 材料與儀器
3.1.1 陽性菌株
3.1.2 分離菌株
3.1.3 主要儀器與試劑
3.2 實驗方法
3.2.1 藥物敏感性試驗
3.2.2 藥敏試驗結(jié)果判定標準
3.2.3 ARGs PCR擴增
3.3 結(jié)果與討論
3.3.1 藥敏試驗結(jié)果
3.3.2 分離菌株耐藥表型與耐藥基因符合率分析
3.4 本章小結(jié)
第4章 ARGs多重PCR檢測方法的建立
4.1 材料與儀器
4.1.1 陽性菌株
4.1.2 樣品采集
4.1.3 主要儀器與試劑
4.2 實驗方法
4.2.1 引物的設(shè)計
4.2.2 多重PCR方法的建立
4.2.3 多重PCR方法的特異性試驗
4.2.4 多重PCR方法的靈敏度試驗
4.2.5 多重PCR方法檢測市售水產(chǎn)品ARGs污染
4.3 結(jié)果與討論
4.3.1 多重PCR產(chǎn)物測序結(jié)果
4.3.2 多重PCR方法的特異性
4.3.3 多重PCR方法的靈敏度
4.3.4 多重PCR方法檢測市售水產(chǎn)品ARGs污染
4.4 本章小結(jié)
第5章 ARGs實時熒光定量PCR檢測方法的建立
5.1 材料與儀器
5.1.1 陽性菌株
5.1.2 主要儀器與試劑
5.2 實驗方法
5.2.1 質(zhì)粒標準品的構(gòu)建
5.2.2 qPCR反應(yīng)條件
5.2.3 目的基因的標準曲線建立
5.2.4 市售水產(chǎn)品ARGs qPCR分析
5.2.5 數(shù)據(jù)分析
5.3 結(jié)果與討論
5.3.1 質(zhì)粒DNA測序結(jié)果
5.3.2 標準曲線
5.3.3 市售水產(chǎn)品ARGs相對豐度
5.3.4 ARGs與intⅠ1相對豐度間相關(guān)性分析
5.4 本章小結(jié)
第6章 結(jié)論、創(chuàng)新點與展望
6.1 結(jié)論
6.2 創(chuàng)新點
6.3 展望
參考文獻
附錄一 136株菌株菌種鑒定結(jié)果
附錄二 研究生期間發(fā)表的論文
致謝
【參考文獻】:
期刊論文
[1]糞源環(huán)丙沙星對潮土中抗生素抗性基因的影響[J]. 常旭卉,賈書剛,王淑平,周志強. 農(nóng)業(yè)環(huán)境科學學報. 2018(12)
[2]SYBR GreenⅡ黃芩18S rRNA基因?qū)崟r熒光定量PCR方法的建立[J]. 王帥,程林,楊利民,韓梅. 分子植物育種. 2019(06)
[3]市售牛奶中4種四環(huán)素類抗生素抗性基因的比較研究[J]. 何玘霜,陸安祥. 食品安全質(zhì)量檢測學報. 2018(17)
[4]SPE-LC-MS/MS同時測定水中9種β-內(nèi)酰胺類抗生素[J]. 何欣,聶曉靜,趙紅霞,馬洋帆. 環(huán)境科學與技術(shù). 2018(02)
[5]抗生素vs細菌[J]. 郭亞楠. 當代學生. 2017(19)
[6]畜禽糞便中多重耐藥細菌及耐藥基因的分布特征[J]. 張昊,王盼亮,楊清香,俞寧. 環(huán)境科學. 2018(01)
[7]結(jié)核分枝桿菌耐藥相關(guān)基因擴增多重PCR體系的建立與評估[J]. 李自慧,潘麗萍,孫琦,呂翎娜,杜博平,張洪靜,孫照剛,張宗德. 中國防癆雜志. 2017 (08)
[8]遼河流域地表水中典型抗生素污染特征及生態(tài)風險評估[J]. 張曉嬌,柏楊巍,張遠,馬淑芹,郭昌勝,張莉. 環(huán)境科學. 2017(11)
[9]鮑消化道及其養(yǎng)殖水體異養(yǎng)菌的耐藥性研究[J]. 孫永嬋,王瑞旋,趙曼曼,曹超,魯義善,姚托,王江勇. 南方水產(chǎn)科學. 2017(03)
[10]廣州市售魚、蝦、蛤蚌中四環(huán)素耐藥菌及四環(huán)素耐藥基因的研究[J]. 余麗,熊麗娜,石磊,葉蕾. 現(xiàn)代食品科技. 2016(10)
博士論文
[1]規(guī);i場糞污中典型抗生素歸趨行為及抗性基因擴散特征研究[D]. 李曉華.中國農(nóng)業(yè)科學院 2018
[2]中國流域典型新型有機污染物排放量估算、多介質(zhì)歸趨模擬及生態(tài)風險評估[D]. 張芊芊.中國科學院研究生院(廣州地球化學研究所) 2015
[3]牦牛、牧民源大腸桿菌分離鑒定、耐藥基因檢測、PFGE分析及耐藥性傳遞的研究[D]. 羊云飛.四川農(nóng)業(yè)大學 2011
[4]水中溶解性物質(zhì)對氯霉素類和氟喹諾酮類抗生素光降解的影響[D]. 葛林科.大連理工大學 2009
[5]太湖富營養(yǎng)化水體和底泥中微生物群落的分子生態(tài)學研究[D]. 葉文瑾.上海交通大學 2009
碩士論文
[1]環(huán)丙沙星對土壤抗性基因和微生物群落的影響[D]. 脫霞霞.西北農(nóng)林科技大學 2018
[2]水產(chǎn)品及漁用飼料中11種氨基糖苷類藥物超高效液相色譜—串聯(lián)質(zhì)譜檢測方法的建立及應(yīng)用[D]. 黃原飛.上海海洋大學 2018
[3]基于LC-MS/MS同時測定水體中多種β-內(nèi)酰胺類抗生素[D]. 聶曉靜.大連理工大學 2017
[4]南寧市售鮮肉中四種食源菌的監(jiān)測及沙門氏菌致病性和耐藥性的研究[D]. 吳科敏.廣西大學 2017
[5]不同原料比例對厭氧發(fā)酵過程中抗生素抗性基因及微生物群落結(jié)構(gòu)的影響研究[D]. 宋雯.西北農(nóng)林科技大學 2017
[6]重金屬銅鋅對病原菌及環(huán)境細菌耐藥性的影響[D]. 史亞楠.廣東藥科大學 2017
[7]常見柔魚科魷魚品種的分子鑒定技術(shù)研究[D]. 葉劍.浙江工商大學 2017
[8]雞、豬、奶牛源大腸桿菌的耐藥性與其I類整合子和質(zhì)粒相關(guān)性研究[D]. 陸光武.揚州大學 2016
[9]水產(chǎn)養(yǎng)殖環(huán)境中磺胺類抗生素抗性基因污染的研究[D]. 張騫月.南京農(nóng)業(yè)大學 2016
[10]美洲鰻鱺與其養(yǎng)殖水體細菌的耐藥性、抗性基因及整合子的研究[D]. 吳小梅.集美大學 2016
本文編號:3730284
【文章頁數(shù)】:82 頁
【學位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
縮寫、符號清單和術(shù)語表
第1章 引言
1.1 抗生素及耐藥基因
1.1.1 抗生素
1.1.2 耐藥基因
1.2 水產(chǎn)品中抗生素耐藥基因(ARGs)的污染現(xiàn)狀
1.3 細菌耐藥性檢測方法的研究現(xiàn)狀
1.3.1 傳統(tǒng)微生物抑制方法
1.3.2 分子生物學技術(shù)
1.4 立題依據(jù)與研究內(nèi)容
1.4.1 立題依據(jù)
1.4.2 研究內(nèi)容
第2章 養(yǎng)殖水產(chǎn)品耐藥菌分離及16S rDNA鑒定
2.1 材料與儀器
2.1.1 樣品采集
2.1.2 主要儀器與試劑
2.2 實驗方法
2.2.1 樣品處理
2.2.2 菌株分離培養(yǎng)
2.2.3 菌株純化
2.2.4 菌株鑒定
2.2.5 數(shù)據(jù)分析
2.3 結(jié)果與討論
2.3.1 養(yǎng)殖水產(chǎn)品中的抗生素耐藥菌數(shù)
2.3.2 菌株分離鑒定結(jié)果
2.3.3 養(yǎng)殖水產(chǎn)品中耐藥細菌的分布
2.4 本章小結(jié)
第3章 分離菌株的耐藥表型及基因型分析
3.1 材料與儀器
3.1.1 陽性菌株
3.1.2 分離菌株
3.1.3 主要儀器與試劑
3.2 實驗方法
3.2.1 藥物敏感性試驗
3.2.2 藥敏試驗結(jié)果判定標準
3.2.3 ARGs PCR擴增
3.3 結(jié)果與討論
3.3.1 藥敏試驗結(jié)果
3.3.2 分離菌株耐藥表型與耐藥基因符合率分析
3.4 本章小結(jié)
第4章 ARGs多重PCR檢測方法的建立
4.1 材料與儀器
4.1.1 陽性菌株
4.1.2 樣品采集
4.1.3 主要儀器與試劑
4.2 實驗方法
4.2.1 引物的設(shè)計
4.2.2 多重PCR方法的建立
4.2.3 多重PCR方法的特異性試驗
4.2.4 多重PCR方法的靈敏度試驗
4.2.5 多重PCR方法檢測市售水產(chǎn)品ARGs污染
4.3 結(jié)果與討論
4.3.1 多重PCR產(chǎn)物測序結(jié)果
4.3.2 多重PCR方法的特異性
4.3.3 多重PCR方法的靈敏度
4.3.4 多重PCR方法檢測市售水產(chǎn)品ARGs污染
4.4 本章小結(jié)
第5章 ARGs實時熒光定量PCR檢測方法的建立
5.1 材料與儀器
5.1.1 陽性菌株
5.1.2 主要儀器與試劑
5.2 實驗方法
5.2.1 質(zhì)粒標準品的構(gòu)建
5.2.2 qPCR反應(yīng)條件
5.2.3 目的基因的標準曲線建立
5.2.4 市售水產(chǎn)品ARGs qPCR分析
5.2.5 數(shù)據(jù)分析
5.3 結(jié)果與討論
5.3.1 質(zhì)粒DNA測序結(jié)果
5.3.2 標準曲線
5.3.3 市售水產(chǎn)品ARGs相對豐度
5.3.4 ARGs與intⅠ1相對豐度間相關(guān)性分析
5.4 本章小結(jié)
第6章 結(jié)論、創(chuàng)新點與展望
6.1 結(jié)論
6.2 創(chuàng)新點
6.3 展望
參考文獻
附錄一 136株菌株菌種鑒定結(jié)果
附錄二 研究生期間發(fā)表的論文
致謝
【參考文獻】:
期刊論文
[1]糞源環(huán)丙沙星對潮土中抗生素抗性基因的影響[J]. 常旭卉,賈書剛,王淑平,周志強. 農(nóng)業(yè)環(huán)境科學學報. 2018(12)
[2]SYBR GreenⅡ黃芩18S rRNA基因?qū)崟r熒光定量PCR方法的建立[J]. 王帥,程林,楊利民,韓梅. 分子植物育種. 2019(06)
[3]市售牛奶中4種四環(huán)素類抗生素抗性基因的比較研究[J]. 何玘霜,陸安祥. 食品安全質(zhì)量檢測學報. 2018(17)
[4]SPE-LC-MS/MS同時測定水中9種β-內(nèi)酰胺類抗生素[J]. 何欣,聶曉靜,趙紅霞,馬洋帆. 環(huán)境科學與技術(shù). 2018(02)
[5]抗生素vs細菌[J]. 郭亞楠. 當代學生. 2017(19)
[6]畜禽糞便中多重耐藥細菌及耐藥基因的分布特征[J]. 張昊,王盼亮,楊清香,俞寧. 環(huán)境科學. 2018(01)
[7]結(jié)核分枝桿菌耐藥相關(guān)基因擴增多重PCR體系的建立與評估[J]. 李自慧,潘麗萍,孫琦,呂翎娜,杜博平,張洪靜,孫照剛,張宗德. 中國防癆雜志. 2017 (08)
[8]遼河流域地表水中典型抗生素污染特征及生態(tài)風險評估[J]. 張曉嬌,柏楊巍,張遠,馬淑芹,郭昌勝,張莉. 環(huán)境科學. 2017(11)
[9]鮑消化道及其養(yǎng)殖水體異養(yǎng)菌的耐藥性研究[J]. 孫永嬋,王瑞旋,趙曼曼,曹超,魯義善,姚托,王江勇. 南方水產(chǎn)科學. 2017(03)
[10]廣州市售魚、蝦、蛤蚌中四環(huán)素耐藥菌及四環(huán)素耐藥基因的研究[J]. 余麗,熊麗娜,石磊,葉蕾. 現(xiàn)代食品科技. 2016(10)
博士論文
[1]規(guī);i場糞污中典型抗生素歸趨行為及抗性基因擴散特征研究[D]. 李曉華.中國農(nóng)業(yè)科學院 2018
[2]中國流域典型新型有機污染物排放量估算、多介質(zhì)歸趨模擬及生態(tài)風險評估[D]. 張芊芊.中國科學院研究生院(廣州地球化學研究所) 2015
[3]牦牛、牧民源大腸桿菌分離鑒定、耐藥基因檢測、PFGE分析及耐藥性傳遞的研究[D]. 羊云飛.四川農(nóng)業(yè)大學 2011
[4]水中溶解性物質(zhì)對氯霉素類和氟喹諾酮類抗生素光降解的影響[D]. 葛林科.大連理工大學 2009
[5]太湖富營養(yǎng)化水體和底泥中微生物群落的分子生態(tài)學研究[D]. 葉文瑾.上海交通大學 2009
碩士論文
[1]環(huán)丙沙星對土壤抗性基因和微生物群落的影響[D]. 脫霞霞.西北農(nóng)林科技大學 2018
[2]水產(chǎn)品及漁用飼料中11種氨基糖苷類藥物超高效液相色譜—串聯(lián)質(zhì)譜檢測方法的建立及應(yīng)用[D]. 黃原飛.上海海洋大學 2018
[3]基于LC-MS/MS同時測定水體中多種β-內(nèi)酰胺類抗生素[D]. 聶曉靜.大連理工大學 2017
[4]南寧市售鮮肉中四種食源菌的監(jiān)測及沙門氏菌致病性和耐藥性的研究[D]. 吳科敏.廣西大學 2017
[5]不同原料比例對厭氧發(fā)酵過程中抗生素抗性基因及微生物群落結(jié)構(gòu)的影響研究[D]. 宋雯.西北農(nóng)林科技大學 2017
[6]重金屬銅鋅對病原菌及環(huán)境細菌耐藥性的影響[D]. 史亞楠.廣東藥科大學 2017
[7]常見柔魚科魷魚品種的分子鑒定技術(shù)研究[D]. 葉劍.浙江工商大學 2017
[8]雞、豬、奶牛源大腸桿菌的耐藥性與其I類整合子和質(zhì)粒相關(guān)性研究[D]. 陸光武.揚州大學 2016
[9]水產(chǎn)養(yǎng)殖環(huán)境中磺胺類抗生素抗性基因污染的研究[D]. 張騫月.南京農(nóng)業(yè)大學 2016
[10]美洲鰻鱺與其養(yǎng)殖水體細菌的耐藥性、抗性基因及整合子的研究[D]. 吳小梅.集美大學 2016
本文編號:3730284
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