花鱸（Lateolabrax maculatus）廣泛分布于中國沿海,是我國重要的海水養(yǎng)殖品種。由于長期過度捕撈,花鱸野生資源銳減,種質(zhì)退化。為更深入了解花鱸的遺傳信息,我們利用高通量測序和de novo組裝,獲得了64.63 Gb的基因組clean數(shù)據(jù),預(yù)測基因組大小534.46 Mb,GC含量40.95%,經(jīng)過拼接和蛋白編碼基因預(yù)測得到67,748個unigene,其中有60,218個unigene（88.89%）與Nr庫中的已知序列同源。此外,分別有50,860和10,260個unigene注釋到GO庫和COG庫。根據(jù)基因組測序結(jié)果獲得311,393個微衛(wèi)星（SSR）位點,其中單核苷酸重復(fù)（29,585,9.50%）,二核苷酸重復(fù)（144,548,46.42%）和三核苷酸重復(fù)（36,254,11.64%）共占到SSRs的67.65%,其中重復(fù)單元AC/GT（36.76%）在二核苷酸重復(fù)序列中含量最豐富。我們用30條花鱸樣本進行篩選獲得8個具有多態(tài)性的微衛(wèi)星位點,所有位點顯示4-8個等位基因。平均觀測雜合度和平均預(yù)期雜合度分別是0.64和0.58。花鱸簡化基因組信息為研究花鱸生長、... 

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【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 引言
    1.1 花鱸的研究概述
    1.2 堿性磷酸酶研究
        1.2.1 堿性磷酸酶的結(jié)構(gòu)和分布
        1.2.2 堿性磷酸酶的生理作用
    1.3 胃泌素家族及其受體概述
        1.3.1 胃泌素結(jié)構(gòu)及其受體概述
        1.3.2 胃泌素內(nèi)分泌細胞分布
        1.3.3 胃泌素功能和調(diào)節(jié)因素
    1.4 研究目的與意義
第二章 花鱸基因信息挖掘
    2.1 實驗材料
        2.1.1 實驗動物
        2.1.2 主要生化試劑
    2.2 實驗方法
        2.2.1 花鱸基因組DNA和總RNA的提取與檢測
        2.2.2 文庫制備及質(zhì)檢
        2.2.3 上機測序
        2.2.4 基因注釋及功能聚類分析
        2.2.5 SSR引物篩選
        2.2.6 多態(tài)性檢測
        2.2.7 數(shù)據(jù)分析
    2.3 實驗結(jié)果
        2.3.1 花鱸基因組denovo測序結(jié)果分析
        2.3.2 微衛(wèi)星引物篩選結(jié)果
        2.3.3 花鱸7個組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
        2.3.4 花鱸七個組織Unigene功能注釋與分析
        2.3.5 七個組織轉(zhuǎn)錄組微衛(wèi)星統(tǒng)計
    2.4 討論
        2.4.1 花鱸簡化基因組測序的構(gòu)建及應(yīng)用
        2.4.2 花鱸轉(zhuǎn)錄組文庫的構(gòu)建及應(yīng)用
第三章 花鱸腸道堿性磷酸酶基因表達和功能分析
    3.1 實驗材料
    3.2 實驗方法
        3.2.1 Lm-alpi基因鑒定
        3.2.2 Lm-alpi生物信息學(xué)分析
        3.2.3 免疫組織化學(xué)
        3.2.4 質(zhì)粒構(gòu)建和轉(zhuǎn)染
        3.2.5 基因表達
        3.2.6 酶活測定
        3.2.7 數(shù)據(jù)分析
    3.3 實驗結(jié)果
        3.3.1 Lm-alpi基因鑒定
        3.3.2 Lm-alpi免疫定位
        3.3.3 Lm-alpi在胚胎和組織中轉(zhuǎn)錄模式
        3.3.4 LPS處理后Lm-alpi的動態(tài)變化
        3.3.5 Lm-alpi對于脫鹽反應(yīng)的動態(tài)變化
    3.4 討論
        3.4.1 Alp家族同源性分析
        3.4.2 蛋白序列和Alpi結(jié)構(gòu)
        3.4.3 Alpi在消化道中的功能
第四章 花鱸胃泌素的細胞定位和表達
    4.1 實驗材料
    4.2 實驗方法
        4.2.1 RNA提取
        4.2.2 引物設(shè)計及擴增
        4.2.3 切膠回收
        4.2.4 目的片段與表達載體連接
        4.2.5 轉(zhuǎn)化連接產(chǎn)物
        4.2.6 重組質(zhì)粒的篩選和鑒定
        4.2.7 同源性及聚類分析
        4.2.8 免疫組化
    4.3 實驗結(jié)果
        4.3.1 Gas相關(guān)基因的分子鑒定與特征
        4.3.2 Lm-gas表達蛋白的組織分布
    4.4 討論
        4.4.1 Lm-gasDNA分子鑒定與特征
        4.4.2 Lm-gas細胞表達與定位
結(jié)論
參考文獻
致謝


【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
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[2]β-葡聚糖誘導(dǎo)斜帶石斑魚轉(zhuǎn)錄組分析及免疫相關(guān)基因表達研究[D]. 張海艷.廣東海洋大學(xué) 2017
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本文編號：3715391