發(fā)布時(shí)間：2022-12-09 21:19

　　花鱸（Lateolabrax maculatus）廣泛分布于中國(guó)沿海,是我國(guó)重要的海水養(yǎng)殖品種。由于長(zhǎng)期過(guò)度捕撈,花鱸野生資源銳減,種質(zhì)退化。為更深入了解花鱸的遺傳信息,我們利用高通量測(cè)序和de novo組裝,獲得了64.63 Gb的基因組clean數(shù)據(jù),預(yù)測(cè)基因組大小534.46 Mb,GC含量40.95%,經(jīng)過(guò)拼接和蛋白編碼基因預(yù)測(cè)得到67,748個(gè)unigene,其中有60,218個(gè)unigene（88.89%）與Nr庫(kù)中的已知序列同源。此外,分別有50,860和10,260個(gè)unigene注釋到GO庫(kù)和COG庫(kù)。根據(jù)基因組測(cè)序結(jié)果獲得311,393個(gè)微衛(wèi)星（SSR）位點(diǎn),其中單核苷酸重復(fù)（29,585,9.50%）,二核苷酸重復(fù)（144,548,46.42%）和三核苷酸重復(fù)（36,254,11.64%）共占到SSRs的67.65%,其中重復(fù)單元AC/GT（36.76%）在二核苷酸重復(fù)序列中含量最豐富。我們用30條花鱸樣本進(jìn)行篩選獲得8個(gè)具有多態(tài)性的微衛(wèi)星位點(diǎn),所有位點(diǎn)顯示4-8個(gè)等位基因。平均觀測(cè)雜合度和平均預(yù)期雜合度分別是0.64和0.58。花鱸簡(jiǎn)化基因組信息為研究花鱸生長(zhǎng)、... 

【文章頁(yè)數(shù)】：75 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 引言
    1.1 花鱸的研究概述
    1.2 堿性磷酸酶研究
        1.2.1 堿性磷酸酶的結(jié)構(gòu)和分布
        1.2.2 堿性磷酸酶的生理作用
    1.3 胃泌素家族及其受體概述
        1.3.1 胃泌素結(jié)構(gòu)及其受體概述
        1.3.2 胃泌素內(nèi)分泌細(xì)胞分布
        1.3.3 胃泌素功能和調(diào)節(jié)因素
    1.4 研究目的與意義
第二章 花鱸基因信息挖掘
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
        2.1.2 主要生化試劑
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 花鱸基因組DNA和總RNA的提取與檢測(cè)
        2.2.2 文庫(kù)制備及質(zhì)檢
        2.2.3 上機(jī)測(cè)序
        2.2.4 基因注釋及功能聚類分析
        2.2.5 SSR引物篩選
        2.2.6 多態(tài)性檢測(cè)
        2.2.7 數(shù)據(jù)分析
    2.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.3.1 花鱸基因組denovo測(cè)序結(jié)果分析
        2.3.2 微衛(wèi)星引物篩選結(jié)果
        2.3.3 花鱸7個(gè)組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
        2.3.4 花鱸七個(gè)組織Unigene功能注釋與分析
        2.3.5 七個(gè)組織轉(zhuǎn)錄組微衛(wèi)星統(tǒng)計(jì)
    2.4 討論
        2.4.1 花鱸簡(jiǎn)化基因組測(cè)序的構(gòu)建及應(yīng)用
        2.4.2 花鱸轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)的構(gòu)建及應(yīng)用
第三章 花鱸腸道堿性磷酸酶基因表達(dá)和功能分析
    3.1 實(shí)驗(yàn)材料
    3.2 實(shí)驗(yàn)方法
        3.2.1 Lm-alpi基因鑒定
        3.2.2 Lm-alpi生物信息學(xué)分析
        3.2.3 免疫組織化學(xué)
        3.2.4 質(zhì)粒構(gòu)建和轉(zhuǎn)染
        3.2.5 基因表達(dá)
        3.2.6 酶活測(cè)定
        3.2.7 數(shù)據(jù)分析
    3.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        3.3.1 Lm-alpi基因鑒定
        3.3.2 Lm-alpi免疫定位
        3.3.3 Lm-alpi在胚胎和組織中轉(zhuǎn)錄模式
        3.3.4 LPS處理后Lm-alpi的動(dòng)態(tài)變化
        3.3.5 Lm-alpi對(duì)于脫鹽反應(yīng)的動(dòng)態(tài)變化
    3.4 討論
        3.4.1 Alp家族同源性分析
        3.4.2 蛋白序列和Alpi結(jié)構(gòu)
        3.4.3 Alpi在消化道中的功能
第四章 花鱸胃泌素的細(xì)胞定位和表達(dá)
    4.1 實(shí)驗(yàn)材料
    4.2 實(shí)驗(yàn)方法
        4.2.1 RNA提取
        4.2.2 引物設(shè)計(jì)及擴(kuò)增
        4.2.3 切膠回收
        4.2.4 目的片段與表達(dá)載體連接
        4.2.5 轉(zhuǎn)化連接產(chǎn)物
        4.2.6 重組質(zhì)粒的篩選和鑒定
        4.2.7 同源性及聚類分析
        4.2.8 免疫組化
    4.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        4.3.1 Gas相關(guān)基因的分子鑒定與特征
        4.3.2 Lm-gas表達(dá)蛋白的組織分布
    4.4 討論
        4.4.1 Lm-gasDNA分子鑒定與特征
        4.4.2 Lm-gas細(xì)胞表達(dá)與定位
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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[2]花鱸繁殖相關(guān)基因的克隆及其在雄性個(gè)體中的表達(dá)調(diào)控分析[D]. 遲美麗.中國(guó)海洋大學(xué) 2015
[3]花鱸肌肉生長(zhǎng)抑素基因（MSTN）克隆、表達(dá)及其基因打靶載體的構(gòu)建[D]. 葉寒青.中國(guó)海洋大學(xué) 2006

碩士論文
[1]花鱸ToLL樣受體家族部分基因的克隆及其在細(xì)菌刺激下的表達(dá)特征研究[D]. 王成揚(yáng).上海海洋大學(xué) 2017
[2]β-葡聚糖誘導(dǎo)斜帶石斑魚轉(zhuǎn)錄組分析及免疫相關(guān)基因表達(dá)研究[D]. 張海艷.廣東海洋大學(xué) 2017
[3]豆粕替代魚粉對(duì)花鱸生長(zhǎng)性能和腸道健康的影響[D]. 王亞如.集美大學(xué) 2017
[4]鱖胃蛋白酶原早期發(fā)育表達(dá)及兩種胃泌素家族基因的克隆與表達(dá)[D]. 苗偉.上海海洋大學(xué) 2012



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