乳腺癌是一種惡性腫瘤,其對于女性健康的威脅程度逐年升高,并且發(fā)病率在女性中具有年輕化趨勢,尤其在我國,其發(fā)病率上升趨勢較為明顯。針對乳腺癌致病基因的預(yù)測是當(dāng)今時代亟待解決的重大問題。目前對于乳腺癌致病基因的分析多從基因單特征入手,已不能滿足當(dāng)今的時代需求,為增加基因識別的準(zhǔn)確性,本文利用乳腺癌三方面特征數(shù)據(jù),包括:乳腺癌拷貝數(shù)、甲基化、基因表達(dá)數(shù)據(jù),優(yōu)先篩選其單一層面差異基因,進(jìn)而構(gòu)建乳腺癌基因共改變網(wǎng)絡(luò),增加基因間的相互作用關(guān)系,以預(yù)測乳腺癌相關(guān)癌癥基因。本文主要完成以下幾方面工作:首先,對于乳腺癌基因組學(xué)數(shù)據(jù)的獲取及處理。包括:基因拷貝數(shù)數(shù)據(jù)、甲基化數(shù)據(jù)、基因表達(dá)數(shù)據(jù)、蛋白質(zhì)互作數(shù)據(jù)及臨床信息數(shù)據(jù)。其次,對乳腺癌單一特征,即基因表達(dá)特征、拷貝數(shù)特征、甲基化特征分別進(jìn)行分析,提取其中的差異基因,為后續(xù)的基因聯(lián)合分析奠定基礎(chǔ)。然后,整合基因三方面特征數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)合分析。利用蛋白質(zhì)互作數(shù)據(jù)構(gòu)建人類蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò),作為實驗的基礎(chǔ)網(wǎng)絡(luò)。利用乳腺癌基因數(shù)據(jù)篩選出蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)中與乳腺癌基因相關(guān)的節(jié)點,通過典型相關(guān)分析算法,計算基因間的相關(guān)系數(shù),作為權(quán)值賦給對應(yīng)的邊,以構(gòu)建乳腺癌基因共改變網(wǎng)絡(luò)。最... 

【文章頁數(shù)】：65 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 研究背景與意義
    1.2 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀
        1.2.1 基因表達(dá)研究
        1.2.2 拷貝數(shù)變異研究
        1.2.3 DNA甲基化研究
        1.2.4 乳腺癌基因識別
    1.3 主要研究內(nèi)容
第2章 乳腺癌多組學(xué)數(shù)據(jù)
    2.1 多組學(xué)數(shù)據(jù)
    2.2 數(shù)據(jù)來源
        2.2.1 TCGA數(shù)據(jù)庫
        2.2.2 其它數(shù)據(jù)來源
    2.3 數(shù)據(jù)獲取
        2.3.1 乳腺癌拷貝數(shù)數(shù)據(jù)獲取
        2.3.2 乳腺癌基因表達(dá)數(shù)據(jù)獲取
        2.3.3 乳腺癌甲基化數(shù)據(jù)獲取
        2.3.4 蛋白質(zhì)互作數(shù)據(jù)獲取
        2.3.5 乳腺癌癌癥基因數(shù)據(jù)獲取
    2.4 本章小結(jié)
第3章 基于單一特征的差異基因提取
    3.1 數(shù)據(jù)預(yù)處理
    3.2 乳腺癌基因在單一水平的差異分析
        3.2.1 拷貝數(shù)變異篩選
        3.2.2 甲基化變異篩選
        3.2.3 基因表達(dá)變異篩選
    3.3 結(jié)合多方影響因素識別乳腺癌差異基因
        3.3.1 拷貝數(shù)與基因表達(dá)關(guān)聯(lián)分析
        3.3.2 甲基化與基因表達(dá)關(guān)聯(lián)分析
    3.4 本章小結(jié)
第4章 基于共改變網(wǎng)絡(luò)的乳腺癌基因識別
    4.1 乳腺癌基因共改變網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
        4.1.1 乳腺癌差異基因提取
        4.1.2 利用典型相關(guān)算法計算相關(guān)系數(shù)
        4.1.3 共改變網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
    4.2 基于共改變網(wǎng)絡(luò)識別乳腺癌差異基因
        4.2.1 隨機(jī)游走算法
        4.2.2 利用重啟的隨機(jī)游走算法識別乳腺癌相關(guān)基因
    4.3 本章小結(jié)
第5章 實驗與結(jié)果分析
    5.1 實驗算例
    5.2 實驗結(jié)果分析
        5.2.1 生存分析
        5.2.2 GO富集分析
    5.3 本章小結(jié)
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[4]丙肝患者血清HCV RNA拷貝數(shù)與HCV Ab定量和肝臟功能損傷程度的關(guān)系[J]. 許媛,付浩,譚軍,陳瑩,鄭陽,鐘曉武,李九龍,茍海梅,鄧健康,王東生,劉素蘭,方莉.  中國熱帶醫(yī)學(xué). 2019(08)
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博士論文
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碩士論文
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[3]肺癌組織中Fas蛋白、Fas mRNA表達(dá)與Fas基因甲基化的相關(guān)性分析[D]. 朱一霏.蘇州大學(xué) 2011



本文編號：3712740