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非小細胞肺癌TUBB3基因表達調(diào)控的生物信息學分析

發(fā)布時間:2022-11-08 21:24
  目的 應用生物信息學的方法研究β-微管蛋白亞型TUBB3在非小細胞肺癌(NSCLC)中的表達及其分子調(diào)控機制。方法 通過GEO數(shù)據(jù)集(GEO profile)、轉(zhuǎn)錄因子和miRNA調(diào)控關(guān)系數(shù)據(jù)庫(TransmiR)、綜合型的miRNA靶基因數(shù)據(jù)庫(miRWalk)、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點搜索(ConSite)等,研究TUBB3上游轉(zhuǎn)錄因子、共表達基因及與其有相互作用的miRNA等,闡明NSCLC中TUBB3表達的分子調(diào)控機制及其可能的作用。結(jié)果 TUBB3的啟動子存在Snail、n-MYC等多個與NSCLC相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點。其在轉(zhuǎn)錄后水平受到miR-200家族、miR-342-3p、miR-410等miRNA的調(diào)控,這些miRNA與NSCLC的增殖與侵襲有關(guān)。TUBB3與HDGF、GMPS、MRPL9、PMAIP1和SLBP有共表達行為,受轉(zhuǎn)錄因子Snail共同調(diào)控。其中SLBP、PMAIP1及轉(zhuǎn)錄因子Snail與細胞周期和細胞凋亡存在一定的聯(lián)系。結(jié)論 NSCLC中TUBB3的表達受到多個層面的調(diào)控,其可能參與了細胞周期和凋亡,同時與NSCLC細胞增殖與侵襲存在一定的聯(lián)系。 

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