隨著生物芯片以及高通量測序技術(shù)的發(fā)展和廣泛應(yīng)用,生物組學(xué)數(shù)據(jù)爆炸性增長。其中,伴隨著轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的積累和相關(guān)公共數(shù)據(jù)庫的建立,基因表達(dá)數(shù)據(jù)的研究日益增多。然而,基于轉(zhuǎn)錄組的研究通常存在樣本量小、維數(shù)高等問題,使得結(jié)果的統(tǒng)計(jì)意義不足。為了提高研究結(jié)果的可重復(fù)性,研究者通常收集不同研究的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行整合薈萃分析（meta-analysis）。研究表明,通過基因表達(dá)數(shù)據(jù)的薈萃分析得到的生物標(biāo)志物（尤其是癌癥診斷和預(yù)后的基因標(biāo)志物）具有很好的臨床轉(zhuǎn)化潛力。但是,現(xiàn)有薈萃分析方法并沒有充分考慮基因表達(dá)數(shù)據(jù)的生物學(xué)信息,因此所發(fā)現(xiàn)的生物標(biāo)志物在獨(dú)立驗(yàn)證數(shù)據(jù)中的預(yù)測效果不佳。為了克服現(xiàn)有薈萃分析方法用于生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)中存在的缺點(diǎn),本課題對(duì)基因表達(dá)數(shù)據(jù)的薈萃分析方法展開研究,在薈萃分析中充分考慮基因表達(dá)數(shù)據(jù)的內(nèi)在生物學(xué)信息。論文以肺癌基因表達(dá)數(shù)據(jù)的薈萃分析為例,整合來自多個(gè)研究的肺癌組織的基因表達(dá)數(shù)據(jù),開發(fā)新的薈萃分析方法從肺癌基因表達(dá)數(shù)據(jù)中尋找用于肺癌分型和預(yù)后預(yù)測的生物標(biāo)志物。首先,論文構(gòu)建了基于生物通路（Biological pathway）的薈萃分析方法并應(yīng)用于肺癌基因表達(dá)數(shù)據(jù),尋找用于肺癌分型... 

【文章頁數(shù)】：72 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 基因表達(dá)數(shù)據(jù)研究介紹
        1.1.1 基因表達(dá)數(shù)據(jù)的獲取
        1.1.2 基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫介紹
    1.2 基因表達(dá)數(shù)據(jù)薈萃分析研究意義與進(jìn)展
    1.3 現(xiàn)有薈萃分析方法介紹
        1.3.1 基于組合效應(yīng)和P值的分析方法
        1.3.2 基于隨機(jī)森林策略的分析方法
    1.4 生存分析方法介紹
    1.5 論文主要研究內(nèi)容
        1.5.1 研究內(nèi)容
        1.5.2 論文結(jié)構(gòu)
第二章 基于生物通路的薈萃分析
    2.1 引言
    2.2 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)來源與預(yù)處理
    2.3 實(shí)驗(yàn)方法
        2.3.1 預(yù)后與分型打分公式
        2.3.2 將基因數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為通路打分的方法
    2.4 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析
        2.4.1 預(yù)后簽名的挑選與檢驗(yàn)
        2.4.2 診斷分型簽名的挑選與檢驗(yàn)
    2.5 基于生物通路策略的薈萃分析方法的討論
第三章 基于深度學(xué)習(xí)的薈萃分析
    3.1 引言
    3.2 實(shí)驗(yàn)方法
    3.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析
        3.3.1 預(yù)后簽名的挑選與檢驗(yàn)
        3.3.2 診斷分型簽名的挑選與檢驗(yàn)
    3.4 基于深度學(xué)習(xí)策略的薈萃分析方法的討論
第四章 基于現(xiàn)有方法的薈萃分析
    4.1 引言
    4.2 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)來源與預(yù)處理
    4.3 基于組合效應(yīng)和P值的薈萃分析
        4.3.1 基于組合值方法的預(yù)后分析
        4.3.2 基于組合值方法的診斷分析
    4.4 基于隨機(jī)森林的薈萃分析
        4.4.1 基于隨機(jī)森林的預(yù)后分析
        4.4.2 基于隨機(jī)森林的診斷分析
    4.5 本章小結(jié)
第五章 不同方法的比較
    5.1 四種方法預(yù)后結(jié)果的比較分析
    5.2 四種方法診斷結(jié)果的比較分析
    5.3 四種方法的基因簽名與已發(fā)表的比較
    5.4 新方法的分析總結(jié)
        5.4.1 新方法的結(jié)果討論
        5.4.2 新方法的結(jié)果總結(jié)
第六章 總結(jié)與展望
    6.1 論文的研究成果
    6.2 論文的創(chuàng)新點(diǎn)
    6.3 不足與展望
致謝
參考文獻(xiàn)
作者簡介



本文編號(hào)：3704287