中國(guó)明對(duì)蝦（Fenneropenaeus chinensis）肉質(zhì)鮮美、個(gè)體較大,具有較高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值,是我國(guó)重要的養(yǎng)殖蝦類。在養(yǎng)殖中表現(xiàn)出較強(qiáng)的競(jìng)爭(zhēng)行為,對(duì)其生長(zhǎng)、存活性能及群體整齊度產(chǎn)生了較大的影響。然而目前為止尚不清楚其發(fā)生的分子機(jī)制,在競(jìng)爭(zhēng)過(guò)程中發(fā)揮作用的基因有哪些。因此,本文利用分子生物學(xué)方法和技術(shù),篩選、獲得與競(jìng)爭(zhēng)性強(qiáng)弱相關(guān)的基因,將為改良對(duì)蝦的競(jìng)爭(zhēng)能力提供理論依據(jù)和分子基礎(chǔ)。1.在競(jìng)爭(zhēng)環(huán)境下基于轉(zhuǎn)錄組篩選中國(guó)明對(duì)蝦的差異表達(dá)基因在不同的競(jìng)爭(zhēng)刺激環(huán)境下,選擇競(jìng)爭(zhēng)行為性狀差異明顯的中國(guó)明對(duì)蝦2017G12世代同一家系的18尾個(gè)體,通過(guò)設(shè)置三種不同環(huán)境條件的處理組,即競(jìng)爭(zhēng)能力差異顯著的個(gè)體混合養(yǎng)殖少量投喂組（MHL vs MHS）、競(jìng)爭(zhēng)能力差異顯著的個(gè)體獨(dú)立養(yǎng)殖足量投喂組（SCL vs SCS）和競(jìng)爭(zhēng)能力差異顯著的個(gè)體獨(dú)立養(yǎng)殖少量投喂組（SHL vs SHS）,利用Illumina Hiseq 2500對(duì)其進(jìn)行測(cè)序分析,共獲得94,092條Unigenes,其中78.08%的Unigenes在Nr數(shù)據(jù)庫(kù)中有注釋,77.04%的Unigenes在GO數(shù)據(jù)庫(kù)中有注釋。通過(guò)比較分析,跟... 

【文章頁(yè)數(shù)】：86 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 引言
    1.1 中國(guó)明對(duì)蝦競(jìng)爭(zhēng)行為概述
    1.2 基因測(cè)序技術(shù)概述
        1.2.1 第1代測(cè)序技術(shù)
        1.2.2 第2代測(cè)序技術(shù)
        1.2.3 第3代測(cè)序技術(shù)
        1.2.4 第4代測(cè)序技術(shù)
    1.3 基因克隆概述
    1.4 競(jìng)爭(zhēng)相關(guān)基因的研究現(xiàn)狀
        1.4.1 鈣調(diào)神經(jīng)磷酸酶基因
        1.4.2 鈣調(diào)蛋白依賴性絲氨酸蛋白激酶互作蛋白基因
        1.4.3 小結(jié)
    1.5 研究目的及意義
第二章 基于比較轉(zhuǎn)錄組對(duì)中國(guó)明對(duì)蝦競(jìng)爭(zhēng)行為相關(guān)候選基因的篩選
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.1 中國(guó)明對(duì)蝦競(jìng)爭(zhēng)效應(yīng)實(shí)驗(yàn)
        2.1.2 定量分析取樣實(shí)驗(yàn)
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 總RNA的提取及c DNA的合成
        2.2.2 數(shù)據(jù)分析
            2.2.2.1 測(cè)序原始數(shù)據(jù)組裝
            2.2.2.2 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)注釋
            2.2.2.3 差異表達(dá)分析
            2.2.2.4 差異基因GO/KEGG富集分析
        2.2.3 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)驗(yàn)證
    2.3 結(jié)果分析
        2.3.1 測(cè)序原始數(shù)據(jù)組裝
        2.3.2 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)注釋
        2.3.3 差異表達(dá)基因篩選
        2.3.4 差異基因GO富集分析
        2.3.5 差異基因KEGG富集分析
        2.3.6 Real time RT-PCR驗(yàn)證轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)
    2.4 討論
第三章 中國(guó)明對(duì)蝦calcineurin基因的克隆及其在競(jìng)爭(zhēng)行為中作用的初探
    3.1 材料與方法
        3.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        3.1.2 實(shí)驗(yàn)方法
            3.1.2.1 CN基因開(kāi)放閱讀框的驗(yàn)證
            3.1.2.2 總RNA的提取及c DNA的合成
            3.1.2.3 CN-B基因的RACE克隆
        3.2.4 FcCN-A和 FcCN-B cDNA序列的生物信息學(xué)分析
        3.2.5 FcCN-A和 FcCN-B的表達(dá)定量分析
    3.2 結(jié)果分析
        3.2.1 CN基因ORF序列的驗(yàn)證結(jié)果
        3.2.2 基因克隆與生物信息學(xué)分析
        3.2.3 FcCN-A和 FcCN-B基因的同源性分析
        3.2.4 FcCN-A和 FcCN-B基因的系統(tǒng)進(jìn)化分析
        3.2.5 FcCN-A和 FcCN-B編碼蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)
        3.2.6 FcCN-A和 FcCN-B基因在競(jìng)爭(zhēng)強(qiáng)弱不同對(duì)蝦中不同組織的定量分析
    3.3 討論
第四章 中國(guó)明對(duì)蝦Caskin-2 基因的克隆及其在競(jìng)爭(zhēng)行為中作用的初探
    4.1 材料和方法
        4.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        4.1.2 總RNA的提取
        4.1.3 FcCK基因開(kāi)放閱讀框的驗(yàn)證
        4.1.4 FcCK基因的RACE克隆
        4.1.5 FcCK cDNA序列的生物信息學(xué)分析
        4.1.6 FcCK的表達(dá)定量分析
    4.2 結(jié)果分析
        4.2.1 FcCK基因ORF序列的驗(yàn)證結(jié)果
        4.2.2 基因克隆與生物信息學(xué)分析
        4.2.3 FcCK基因的同源性分析
        4.2.4 FcCK基因的系統(tǒng)進(jìn)化分析
        4.2.5 FcCK編碼蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)
        4.2.6 FcCK基因在競(jìng)爭(zhēng)強(qiáng)弱不同對(duì)蝦中不同組織的定量分析
    4.3 討論
第五章 小結(jié)
參考文獻(xiàn)
碩士期間發(fā)表的論文
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號(hào)：3700848