中國明對蝦（Fenneropenaeus chinensis）肉質(zhì)鮮美、個體較大,具有較高的經(jīng)濟價值,是我國重要的養(yǎng)殖蝦類。在養(yǎng)殖中表現(xiàn)出較強的競爭行為,對其生長、存活性能及群體整齊度產(chǎn)生了較大的影響。然而目前為止尚不清楚其發(fā)生的分子機制,在競爭過程中發(fā)揮作用的基因有哪些。因此,本文利用分子生物學(xué)方法和技術(shù),篩選、獲得與競爭性強弱相關(guān)的基因,將為改良對蝦的競爭能力提供理論依據(jù)和分子基礎(chǔ)。1.在競爭環(huán)境下基于轉(zhuǎn)錄組篩選中國明對蝦的差異表達基因在不同的競爭刺激環(huán)境下,選擇競爭行為性狀差異明顯的中國明對蝦2017G12世代同一家系的18尾個體,通過設(shè)置三種不同環(huán)境條件的處理組,即競爭能力差異顯著的個體混合養(yǎng)殖少量投喂組（MHL vs MHS）、競爭能力差異顯著的個體獨立養(yǎng)殖足量投喂組（SCL vs SCS）和競爭能力差異顯著的個體獨立養(yǎng)殖少量投喂組（SHL vs SHS）,利用Illumina Hiseq 2500對其進行測序分析,共獲得94,092條Unigenes,其中78.08%的Unigenes在Nr數(shù)據(jù)庫中有注釋,77.04%的Unigenes在GO數(shù)據(jù)庫中有注釋。通過比較分析,跟... 

【文章頁數(shù)】：86 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 引言
    1.1 中國明對蝦競爭行為概述
    1.2 基因測序技術(shù)概述
        1.2.1 第1代測序技術(shù)
        1.2.2 第2代測序技術(shù)
        1.2.3 第3代測序技術(shù)
        1.2.4 第4代測序技術(shù)
    1.3 基因克隆概述
    1.4 競爭相關(guān)基因的研究現(xiàn)狀
        1.4.1 鈣調(diào)神經(jīng)磷酸酶基因
        1.4.2 鈣調(diào)蛋白依賴性絲氨酸蛋白激酶互作蛋白基因
        1.4.3 小結(jié)
    1.5 研究目的及意義
第二章 基于比較轉(zhuǎn)錄組對中國明對蝦競爭行為相關(guān)候選基因的篩選
    2.1 實驗材料
        2.1.1 中國明對蝦競爭效應(yīng)實驗
        2.1.2 定量分析取樣實驗
    2.2 實驗方法
        2.2.1 總RNA的提取及c DNA的合成
        2.2.2 數(shù)據(jù)分析
            2.2.2.1 測序原始數(shù)據(jù)組裝
            2.2.2.2 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)注釋
            2.2.2.3 差異表達分析
            2.2.2.4 差異基因GO/KEGG富集分析
        2.2.3 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)驗證
    2.3 結(jié)果分析
        2.3.1 測序原始數(shù)據(jù)組裝
        2.3.2 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)注釋
        2.3.3 差異表達基因篩選
        2.3.4 差異基因GO富集分析
        2.3.5 差異基因KEGG富集分析
        2.3.6 Real time RT-PCR驗證轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)
    2.4 討論
第三章 中國明對蝦calcineurin基因的克隆及其在競爭行為中作用的初探
    3.1 材料與方法
        3.1.1 實驗材料
        3.1.2 實驗方法
            3.1.2.1 CN基因開放閱讀框的驗證
            3.1.2.2 總RNA的提取及c DNA的合成
            3.1.2.3 CN-B基因的RACE克隆
        3.2.4 FcCN-A和 FcCN-B cDNA序列的生物信息學(xué)分析
        3.2.5 FcCN-A和 FcCN-B的表達定量分析
    3.2 結(jié)果分析
        3.2.1 CN基因ORF序列的驗證結(jié)果
        3.2.2 基因克隆與生物信息學(xué)分析
        3.2.3 FcCN-A和 FcCN-B基因的同源性分析
        3.2.4 FcCN-A和 FcCN-B基因的系統(tǒng)進化分析
        3.2.5 FcCN-A和 FcCN-B編碼蛋白三級結(jié)構(gòu)的預(yù)測
        3.2.6 FcCN-A和 FcCN-B基因在競爭強弱不同對蝦中不同組織的定量分析
    3.3 討論
第四章 中國明對蝦Caskin-2 基因的克隆及其在競爭行為中作用的初探
    4.1 材料和方法
        4.1.1 實驗材料
        4.1.2 總RNA的提取
        4.1.3 FcCK基因開放閱讀框的驗證
        4.1.4 FcCK基因的RACE克隆
        4.1.5 FcCK cDNA序列的生物信息學(xué)分析
        4.1.6 FcCK的表達定量分析
    4.2 結(jié)果分析
        4.2.1 FcCK基因ORF序列的驗證結(jié)果
        4.2.2 基因克隆與生物信息學(xué)分析
        4.2.3 FcCK基因的同源性分析
        4.2.4 FcCK基因的系統(tǒng)進化分析
        4.2.5 FcCK編碼蛋白三級結(jié)構(gòu)的預(yù)測
        4.2.6 FcCK基因在競爭強弱不同對蝦中不同組織的定量分析
    4.3 討論
第五章 小結(jié)
參考文獻
碩士期間發(fā)表的論文
致謝


【參考文獻】：
期刊論文
[1]限制投喂環(huán)境下中國對蝦體重的間接遺傳效應(yīng)分析[J]. 仲偉鵬,羅坤,孟憲紅,陳寶龍,隋娟,孔杰,曹寶祥,邢群,欒生.  中國水產(chǎn)科學(xué). 2018(06)
[2]下一代測序技術(shù)在遺傳病臨床檢測中的應(yīng)用[J]. 楊學(xué)習(xí).  分子診斷與治療雜志. 2016(06)
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碩士論文
[1]調(diào)控杏果實花色素苷合成MYB轉(zhuǎn)錄因子的克隆及表達分析[D]. 劉羽.西南大學(xué) 2018
[2]日本三角渦蟲Djwnt1基因的克隆及再生過程中的表達分析[D]. 孫璐.山東師范大學(xué) 2012
[3]天府肉羊部分生產(chǎn)性狀的遺傳參數(shù)估計及生長規(guī)律研究[D]. 劉澤輝.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006



本文編號：3700848