花椒窄吉丁觸角轉(zhuǎn)錄組及嗅覺相關(guān)基因分析
發(fā)布時(shí)間:2022-02-11 18:47
【目的】建立花椒窄吉丁Agrilus zanthoxylumi成蟲觸角轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫,挖掘嗅覺相關(guān)基因,為今后研究其觸角的化學(xué)感受機(jī)制及生物防控提供理論支撐。【方法】采用高通量測序平臺Illumina NovaSeq 6000對花椒窄吉丁雌雄成蟲觸角進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,用Trinity軟件對獲得的高質(zhì)量reads進(jìn)行序列拼接與組裝;使用BLAST軟件將觸角轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)比對NR, NT, Swiss-Prot, GO, KEGG, BLASTX, eggNOG, Pfam, TmHMM, SignalP, KO, Map, BLASTP和RNAMMER公共數(shù)據(jù)庫;基于初步篩選到的花椒窄吉丁候選氣味結(jié)合蛋白(odorant binding protein, OBP)和化學(xué)感受蛋白(chemosensory protein, CSP)以及其他鞘翅目昆蟲的同源蛋白的核苷酸序列,利用MEGA軟件進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析。運(yùn)用RPKM (reads per kilobase per million mapped reads)值對嗅覺相關(guān)基因表達(dá)量進(jìn)行分析。【結(jié)果】花椒窄吉丁雌雄成蟲觸角轉(zhuǎn)錄組測序共獲得36 209...
【文章來源】:昆蟲學(xué)報(bào). 2020,63(10)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:12 頁
【部分圖文】:
花椒窄吉丁雌雄成蟲觸角轉(zhuǎn)錄組unigenes長度分布
表2 花椒窄吉丁雌雄成蟲觸角轉(zhuǎn)錄組基因功能注釋結(jié)果統(tǒng)計(jì)Table 2 Statistics of gene function annotation in theantennal transcriptome of female and male adults ofAgrilus zanthoxylumi 數(shù)據(jù)庫Database Unigene數(shù)量Number of unigenes 占比(%)Proportion NR 15 070 41.62 NT 3 692 10.19 Swiss-Prot 12 508 34.54 GO 11 614 32.08 BLASTX 11 676 32.25 eggNOG 8 766 24.21 Pfam 9 428 26.04 TmHMM 2 500 6.90 SignalP 1 301 3.59 KO 6 550 18.09 Map 4 025 11.12 BLASTP 9 458 26.12 RNAMMER 14 0.04圖3 NR數(shù)據(jù)庫中注釋的花椒窄吉丁雌雄成蟲觸角unigenes的物種分布
NR數(shù)據(jù)庫中注釋的花椒窄吉丁雌雄成蟲觸角unigenes的物種分布
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]花椒窄吉丁氣味結(jié)合蛋白基因AzanOBP3的克隆、原核表達(dá)及組織表達(dá)譜分析[J]. 鞏雪芳,楊平,王延來,郭莉,陳迪,謝壽安,呂淑杰. 昆蟲學(xué)報(bào). 2020(04)
[2]花椒窄吉丁雌、雄成蟲觸角差異表達(dá)基因的初步篩選[J]. 鞏雪芳,謝壽安,楊平,胡洪焰,郭莉,車顯榮,陳迪,王延來,呂淑杰. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2019(07)
[3]懸鈴木方翅網(wǎng)蝽觸角轉(zhuǎn)錄組及嗅覺相關(guān)基因分析[J]. 楊海博,胡鎮(zhèn)杰,李定旭,朱品紅,董鈞鋒. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2018(12)
[4]天牛嗅覺感受相關(guān)蛋白研究進(jìn)展[J]. 詹文會,張?zhí)K芳,耿紅衛(wèi),王野影,郭昆,陳君. 河南農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(03)
[5]綠豆象觸角轉(zhuǎn)錄組及嗅覺相關(guān)基因的分析[J]. 鄭海霞,張耀文,張仙紅,楊美紅. 昆蟲學(xué)報(bào). 2018(02)
[6]渭南市花椒窄吉丁蟲危害風(fēng)險(xiǎn)分析[J]. 黨國剛,郭軍成,孫杜闖,莊麗娟. 防護(hù)林科技. 2017(04)
[7]花椒窄吉丁對寄主揮發(fā)物的觸角電位及行為反應(yīng)[J]. 袁麗芳,謝壽安,劉綏鵬,呂淑杰,郭新榮,宋曉斌. 西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2017(02)
[8]花椒窄吉丁的發(fā)生及其防治措施[J]. 權(quán)麗君. 陜西農(nóng)業(yè)科學(xué). 2016(12)
[9]花椒窄吉丁的入侵對花椒揮發(fā)物成分的影響[J]. 劉綏鵬,謝壽安,袁麗芳,成宏剛. 西北林學(xué)院學(xué)報(bào). 2016(05)
[10]春季防治花椒窄吉丁蟲[J]. 李輝. 農(nóng)藥市場信息. 2013 (12)
本文編號:3620774
【文章來源】:昆蟲學(xué)報(bào). 2020,63(10)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:12 頁
【部分圖文】:
花椒窄吉丁雌雄成蟲觸角轉(zhuǎn)錄組unigenes長度分布
表2 花椒窄吉丁雌雄成蟲觸角轉(zhuǎn)錄組基因功能注釋結(jié)果統(tǒng)計(jì)Table 2 Statistics of gene function annotation in theantennal transcriptome of female and male adults ofAgrilus zanthoxylumi 數(shù)據(jù)庫Database Unigene數(shù)量Number of unigenes 占比(%)Proportion NR 15 070 41.62 NT 3 692 10.19 Swiss-Prot 12 508 34.54 GO 11 614 32.08 BLASTX 11 676 32.25 eggNOG 8 766 24.21 Pfam 9 428 26.04 TmHMM 2 500 6.90 SignalP 1 301 3.59 KO 6 550 18.09 Map 4 025 11.12 BLASTP 9 458 26.12 RNAMMER 14 0.04圖3 NR數(shù)據(jù)庫中注釋的花椒窄吉丁雌雄成蟲觸角unigenes的物種分布
NR數(shù)據(jù)庫中注釋的花椒窄吉丁雌雄成蟲觸角unigenes的物種分布
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]花椒窄吉丁氣味結(jié)合蛋白基因AzanOBP3的克隆、原核表達(dá)及組織表達(dá)譜分析[J]. 鞏雪芳,楊平,王延來,郭莉,陳迪,謝壽安,呂淑杰. 昆蟲學(xué)報(bào). 2020(04)
[2]花椒窄吉丁雌、雄成蟲觸角差異表達(dá)基因的初步篩選[J]. 鞏雪芳,謝壽安,楊平,胡洪焰,郭莉,車顯榮,陳迪,王延來,呂淑杰. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2019(07)
[3]懸鈴木方翅網(wǎng)蝽觸角轉(zhuǎn)錄組及嗅覺相關(guān)基因分析[J]. 楊海博,胡鎮(zhèn)杰,李定旭,朱品紅,董鈞鋒. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2018(12)
[4]天牛嗅覺感受相關(guān)蛋白研究進(jìn)展[J]. 詹文會,張?zhí)K芳,耿紅衛(wèi),王野影,郭昆,陳君. 河南農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(03)
[5]綠豆象觸角轉(zhuǎn)錄組及嗅覺相關(guān)基因的分析[J]. 鄭海霞,張耀文,張仙紅,楊美紅. 昆蟲學(xué)報(bào). 2018(02)
[6]渭南市花椒窄吉丁蟲危害風(fēng)險(xiǎn)分析[J]. 黨國剛,郭軍成,孫杜闖,莊麗娟. 防護(hù)林科技. 2017(04)
[7]花椒窄吉丁對寄主揮發(fā)物的觸角電位及行為反應(yīng)[J]. 袁麗芳,謝壽安,劉綏鵬,呂淑杰,郭新榮,宋曉斌. 西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2017(02)
[8]花椒窄吉丁的發(fā)生及其防治措施[J]. 權(quán)麗君. 陜西農(nóng)業(yè)科學(xué). 2016(12)
[9]花椒窄吉丁的入侵對花椒揮發(fā)物成分的影響[J]. 劉綏鵬,謝壽安,袁麗芳,成宏剛. 西北林學(xué)院學(xué)報(bào). 2016(05)
[10]春季防治花椒窄吉丁蟲[J]. 李輝. 農(nóng)藥市場信息. 2013 (12)
本文編號:3620774
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