超突變結(jié)直腸癌預(yù)后預(yù)測(cè)基因模型的建立
發(fā)布時(shí)間:2022-01-07 13:49
目的:結(jié)直腸癌作為發(fā)病率穩(wěn)居前列的癌種,根據(jù)基因組突變負(fù)荷高低可分為超突變和非超突變兩類(lèi)。文獻(xiàn)報(bào)道發(fā)生超突變的患者比例可達(dá)15-17%,故此類(lèi)患者的總?cè)藬?shù)不容小覷。越來(lái)越多的研究和臨床實(shí)踐發(fā)現(xiàn),發(fā)生超突變的結(jié)直腸癌患者與未發(fā)生超突變的患者在臨床病理特征、生存預(yù)后及治療方式上均存在明顯差異,尤其在傳統(tǒng)化療中,發(fā)生超突變的結(jié)直腸癌患者獲益有限,但其有較大可能從免疫治療中獲益。方法:收集浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第二醫(yī)院腫瘤研究所(ZJU)中隨訪超過(guò)24個(gè)月的患者術(shù)后的結(jié)直腸癌標(biāo)本進(jìn)行二代測(cè)序,選出其中超突變的患者,將該部分患者作為訓(xùn)練集,運(yùn)用R語(yǔ)言(3.6.0)及Python(3.4.0)進(jìn)行加權(quán)運(yùn)算,建立一個(gè)預(yù)測(cè)患者預(yù)后的模型,將超突變結(jié)直腸癌患者分為高危組和低危組。最后,從癌癥基因組圖譜(TCGA)數(shù)據(jù)庫(kù)中獲取匹配的人群作為獨(dú)立的驗(yàn)證集,驗(yàn)證得到基因預(yù)測(cè)模型,并合并所有患者展示最終的結(jié)果。結(jié)果:研究最終入組45例來(lái)自本中心(ZJU)的患者及24例來(lái)自TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的患者,建立一個(gè)包含四個(gè)基因(ACVR2A、APC、DOCK2和POLE)的用于預(yù)測(cè)超突變結(jié)直腸癌患者預(yù)后的模型。高危組患者的術(shù)后總...
【文章來(lái)源】:浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:56 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
DNA測(cè)序流程圖
浙江大學(xué)碩士學(xué)位論文?正文結(jié)果??亞組中可以區(qū)分患者危險(xiǎn)度,且高危組患者與較差的預(yù)后明顯相關(guān)(HR?==丨2.57??95%CI:?1.57-100.69,尸=?0.002;圖?3.3C)。??表3.2運(yùn)用多因素COX回歸模型校正四基因模型??HR?(95%?CI)?尸值??四基因模型?9.85?(2.07-46.81)?0.004??年齡?1.02?(0.98-1.06)?0.442??性別?2.49?(0.82-7.56)?0.108??TNM?分期?0.65?(0.28-1.49)?0.307??Distribution?of?10000?permutation?results??(TCGA?hypermutated?cohort)??
Overall?Survival?(months)??No.?at?risk:??Htgh?risk?22?19?13?12?7?2?1??Low?risk?28?27?27?16?8?3?3??
本文編號(hào):3574662
【文章來(lái)源】:浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:56 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
DNA測(cè)序流程圖
浙江大學(xué)碩士學(xué)位論文?正文結(jié)果??亞組中可以區(qū)分患者危險(xiǎn)度,且高危組患者與較差的預(yù)后明顯相關(guān)(HR?==丨2.57??95%CI:?1.57-100.69,尸=?0.002;圖?3.3C)。??表3.2運(yùn)用多因素COX回歸模型校正四基因模型??HR?(95%?CI)?尸值??四基因模型?9.85?(2.07-46.81)?0.004??年齡?1.02?(0.98-1.06)?0.442??性別?2.49?(0.82-7.56)?0.108??TNM?分期?0.65?(0.28-1.49)?0.307??Distribution?of?10000?permutation?results??(TCGA?hypermutated?cohort)??
Overall?Survival?(months)??No.?at?risk:??Htgh?risk?22?19?13?12?7?2?1??Low?risk?28?27?27?16?8?3?3??
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