目的正常細胞在轉化為腫瘤細胞的過程中伴隨著能量代謝的重新編程,這是最普遍、最重要的腫瘤細胞生物學特征之一,這種能量代謝重編程可能與結腸癌患者的耐藥相關。近年來發(fā)現(xiàn)轉移相關基因1（MTA1）在細胞核和胞漿中均有一定分布,結合TCGA數(shù)據(jù)庫泛癌數(shù)據(jù)對MTA1相關基因進行功能分析,結果提示MTA1可能參與了線粒體調控的細胞能量代謝重編程。因此,我們擬探索MTA1介導的能量代謝重編程在結腸癌發(fā)展過程中的效應及其潛在機制。方法 通過TCGA泛癌轉錄組數(shù)據(jù)聯(lián)合MTA1敲除細胞轉錄組、代謝組數(shù)據(jù)及MTA1結合蛋白質譜數(shù)據(jù)等多組學數(shù)據(jù)聯(lián)合分析,確定MTA1參與結腸癌細胞代謝重編程事件,建立MTA1調控的代謝分子網(wǎng)絡;采用Seahorse XF96細胞能量代謝實時測定儀、糖原檢測試劑盒、PAS染色及定量PCR的方法檢測結腸癌細胞代謝表型及代謝相關mRNA表達水平;利用免疫共沉淀、免疫熒光及高內涵活細胞工作站確定MTA1在線粒體的定位、與線粒體相關蛋白發(fā)生的相互作用、MTA1敲除前后細胞內線粒體標記后熒光強度的變化;通過蔗糖密度梯度離心法、線粒體表型相關試劑盒抽提線粒體、檢測細胞內ATP水平、線粒體電子傳... 

【文章來源】：北京協(xié)和醫(yī)學院北京市 211工程院校 985工程院校

【文章頁數(shù)】：89 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１．?９種腫瘤類型中ＭＴＡｌ相關基因的功能聚類??利用ｃＢｉｏｐｒｏｔａｌｓ數(shù)據(jù)分析平臺得到ＴＣＧＡ多癌種轉錄組數(shù)據(jù)中與ＭＴＡ１表達具有??相關性的基因集（Ｓｅａｒｍａｎ相關系數(shù)的絕對ｒ＞０．３），通過ＤＡＶＩＤ平臺進行功??

類型中ＭＴＡｌ相關基因的功能聚類??數(shù)據(jù)分析平臺得到ＴＣＧＡ多癌種轉錄組數(shù)據(jù)中與ＭＴＡ１（Ｓｐｅａｒｍａｎ相關系數(shù)的絕對值ｊｒ｜＞０．３），通過ＤＡＶＩＤ類項Ｐ值＜０．０５），按照富集分數(shù)對聚類項排序。上圖、乳腺癌、子宮內膜癌、肺癌、皮膚黑色素瘤、食管癌、色表示代謝調控相關聚類項。??平與結腸癌細胞代謝調控相關??１的表達水平與結腸癌代謝是否相關，我們對ＭＴＡ１敲除ＭＴＡ１基因表達，ＣｒＭＴＡｌ?）及對照細胞系進行轉錄具有編碼蛋白質功能的差異表達基因（ＤＥＧｓ），其中包調基因（圖３）。我們對３０７個下調的ＤＥＧｓ進行功能分代謝相關基因隨著ＭＴＡ１表達豐度的降低而下調，參（ｃＡＭＰ）的代謝過程、磷酸鹽的代謝過程以及對腺苷酸。??ＨＣＴ１１６??

Ｃｒｉｓｐｒ－Ｃａｓ９技術敲除ＭＴＡ１基因表達，ＣｒＭＴＡｌ?）及對照細胞系進行轉錄組測序（圖??２），得到８３４個具有編碼蛋白質功能的差異表達基因（ＤＥＧｓ），其中包括３０７個下??調基因，５２７個上調基因（圖３）。我們對３０７個下調的ＤＥＧｓ進行功能聚類分析，??結果顯示有一部分代謝相關基因隨著ＭＴＡ１表達豐度的降低而下調，參與了腺苷－??３’，?５’－環(huán)化一磷酸（ｃＡＭＰ）的代謝過程、磷酸鹽的代謝過程以及對腺苷酸環(huán)化酶活??性的調控（圖４）。??ＨＣＴ１１６??ｃｏｎｔｒｏｌ?ｃｒＭＴＡｌ??ＭＴＡ１?一亡?？—??ｐ－ＡＣＴＩＮ?Ｗ??圖２．?ＨＣＴ１１６結腸癌細胞ＭＴＡｌ敲除效果的鑒定??采用Ｃｒｉｓｐｒ－Ｃａｓ９技術敲除ＭＴＡ１基因表達，其中ＣｒＭＴＡｌ為ＭＴＡ１敲除細胞系，??ｃｏｎｔｒｏｌ為對照細胞系，敲除條帶為ＭＴＡ１全長轉錄本，如圖中箭頭所示。??３５??

【參考文獻】：
期刊論文
[1]Mechanisms of regulation of PFKFB expression in pancreatic and gastric cancer cells[J]. Oleksandr H Minchenko,Katsuya Tsuchihara,Dmytro O Minchenko,Andreas Bikfalvi,Hiroyasu Esumi.  World Journal of Gastroenterology. 2014(38)
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本文編號：3574596