第1章 基于TCGA分析UBE2S基因在肺腺癌中的表達及相關(guān)性研究背景:肺腺癌（Adenocarcinoma of Lung）是最常見的肺癌類型。與肺鱗狀細(xì)胞癌和大細(xì)胞肺癌一起被歸類于非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）。流行病學(xué)研究發(fā)現(xiàn),無吸煙史肺癌患者中肺腺癌發(fā)病占比高達62%。無吸煙史肺癌患者中,肺腺癌發(fā)病率是肺鱗狀細(xì)胞癌的3.4倍。另一方面,不吸煙的女性患腺癌細(xì)支氣管肺泡亞型的可能性是男性的兩到四倍,肺腺癌占女性肺癌的41.4%。75%患有肺癌的女性雙胞胎為單卵雙胞胎,表明肺癌有可能與家族遺傳以及基因異常表達有密切相關(guān)性。近年來,TCGA的建立為探索肺腺癌分子學(xué)機制提供了不可多得的機遇。目的:1.本課題首先篩選TCGA肺腺癌樣本數(shù)據(jù)中異常表達的基因,并通過生物信息學(xué)分析,提出在肺腺癌中該基因的異常表達可能的臨床應(yīng)用價值。2.通過臨床樣本研究,驗證篩選的異常表達基因與肺腺癌臨床病理特征的相關(guān)性,確定其臨床應(yīng)用價值和研究價值。方法:1.首先從TCGA網(wǎng)站下載同時具備腫瘤組織和癌旁組織數(shù)據(jù),且有病理信息的肺腺癌樣本57例。再對57例樣本基因組數(shù)據(jù)進行數(shù)據(jù)過濾,選取表達量最高的轉(zhuǎn)錄本,應(yīng)用TMM... 

【文章來源】：吉林大學(xué)吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：191 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

圖１．１癌癥組織與癌旁組織變異圖??注：Ｎ代表癌旁組織，Ｃ代表癌組織??可見肺腺癌組織與癌旁組織樣本的分布明顯分離

通過ｌ〇ｇ２?（肺腺癌組織／癌旁組織）分析ＵＢＥ２Ｓ基因在肺腺癌組織與癌旁組織??間的表達差異倍數(shù)，過濾標(biāo)準(zhǔn)為大于等于１，小于等于－１，統(tǒng)計檢驗Ｐ值小于０．０５??為符合零假設(shè)的差異表達基因，見圖１．２。??通過篩選，得到最終用以分析的基因為ＵＢＥ２Ｓ，基因編號２７３３８，轉(zhuǎn)錄本數(shù)１，??Ｐｕｂｍｅｄ相關(guān)文獻報道４４篇。結(jié)果見表１．３。??表１．?３?ＵＢＥ２Ｓ基本信息??Ｎｏｖｏｓｅｅｋ?ＭａｌａＣａｒｄｓ??基因ＩＤ?基因名稱轉(zhuǎn)錄本數(shù)量?Ｐｕｂｍｅｄ??ｄｉｓｅａｓｅ?ｄｉｓｅａｓｅ??２７３３８?ＵＢＥ２Ｓ?１?４４?０?０??（４）?ＵＢＥ２Ｓ基因分析??８??

本表達量的原始數(shù)據(jù)為縱軸，以樣本癌癥組織和癌旁組織為橫軸，每個樣本形成一??條折線，折線的趨勢即展示出ＵＢＥ２Ｓ基因在全部樣本中的變化趨勢�？梢姺蜗侔�??組織與癌旁組織比較，癌癥組織ＵＢＥ２Ｓ趨向于高表達（Ｐ＜０．０５），結(jié)果見圖１．３Ａ。??除此之外，通過對ＵＢＥ２Ｓ基因在無配對５２２例癌癥組織及３７９例正常組織的比較??中，癌癥組織ＵＢＥ２Ｓ趨向于高表達（Ｐ＜０．０５），結(jié)果見圖１．３Ｂ。??ｎ＞？２２?ｎ＞）７？??６０００．??ｗ?／產(chǎn)?２?＾００１??｜?４。。。－?／Ｖ；?Ｓ??｜?２０００－?＾?Ｉ！??０－１?＾???Ｎｏｒｍａｌ?Ｃａｎｃｅｒ?〇?Ｃａｎｗ?Ｎｏｎｎａｌ??Ａ配對樣本比較?Ｂ無配對樣本比較??圖１．?３肺腺癌組織與癌旁組織ＵＢＥ２Ｓ表達差異分析??ＵＢＥ２Ｓ基因在癌癥與癌旁組織樣本表達差異分析，縱軸為ＦＣ值取以２為底的??對數(shù)值（ｌｏｇＦＣ），橫軸為不同的樣本，每一個樣本的ｌｏｇＦＣ呈柱形顯示�？梢姺蜗�??９??


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