目的:通過探索兒童激素抵抗型腎病綜合征（SRNS）的遺傳性致病因素,從分子水平揭示中國東南地區(qū)人群SRNS致病和/或易感的遺傳特征。方法:對(duì)我院腎內(nèi)科2014年1月至2019年6月5年余間收治并依據(jù)《激素耐藥型腎病綜合征診治循證指南（2016）》臨床診斷為SRNS的患兒進(jìn)行基因檢測(cè)。在國內(nèi)相關(guān)研究的基礎(chǔ)上擴(kuò)展,對(duì)所有編碼基因的序列進(jìn)行全外顯子組的高通量測(cè)序,并利用高效的測(cè)序數(shù)據(jù)分析方法,進(jìn)行半自動(dòng)化的臨床表型、基因變異致病性和遺傳學(xué)特征的綜合分析,尋找已知或未知的SRNS可能致病基因突變,再進(jìn)行生物信息、分子生物學(xué)和分子/醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)交叉學(xué)科分析;利用體外細(xì)胞系轉(zhuǎn)染表達(dá)靶向突變的INF2基因,通過Western blot、細(xì)胞免疫熒光、細(xì)胞遷移和粘附實(shí)驗(yàn)分析攜帶特定突變的INF2基因是否對(duì)腎臟足細(xì)胞的生理功能產(chǎn)生影響。結(jié)果:共收集81例患兒的臨床和基因檢測(cè)資料數(shù)據(jù),先天性腎病患兒（<=3月齡）6名,3-12月齡2名,1-6歲43名,6-12歲26名,12-18歲4名。基因診斷陽性率為28.4%（23/81）,其中先天性腎病患兒陽性率為100%（6/6）,非先天性腎病患兒（3月-12... 

【文章來源】：浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：127 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

捕獲測(cè)序?qū)嶒?yàn)流程

浙江大學(xué)博士學(xué)位論文第一部分材料與方法152.3.4.5生物信息學(xué)分析高通量基因測(cè)序法已經(jīng)成為一種常規(guī)的實(shí)驗(yàn)技術(shù)。高通量測(cè)序會(huì)得到大規(guī)模的原始基因圖像數(shù)據(jù)（RawData），因此需要對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行精細(xì)過濾，后續(xù)工作都基于過濾后的數(shù)據(jù)（CleanData）展開。將CleanData通過基因比對(duì)算法（BWA）比對(duì)到參考基因組hg19/GRch37上，使用SAMtools工具對(duì)比對(duì)結(jié)果進(jìn)行重排、建索引和去重復(fù)處理，得到BAM格式的最終比對(duì)結(jié)果。使用GATK軟件進(jìn)行單點(diǎn)突變檢測(cè)（SNPDetecion）和小片段插入缺失檢測(cè)（InDelDetection）分析，獲得更為可靠的兩種類型的基因突變數(shù)據(jù)集，在此基礎(chǔ)上使用ANNOVAR軟件進(jìn)行基于dbSNP、千人基因組、ExAC、ESP等頻率數(shù)據(jù)庫及OMIM、Swiss-var、HGMD、ClinVar等疾病數(shù)據(jù)庫的關(guān)聯(lián)注釋及預(yù)測(cè)，再使用ProveanSIFT、Polyphen2-HVAR、Polyphen2-HDIV、Mutationtster等軟件進(jìn)行蛋白質(zhì)突變危害性分析，從變異位置、變異類型、變異頻率、變異位點(diǎn)在基因數(shù)據(jù)庫中的特征等方面對(duì)注釋結(jié)果進(jìn)行過濾，保留最有可能與SRNS疾病有關(guān)的變異。流程詳見圖1.3。圖1.3生物信息學(xué)分析流程圖2.3.4.6測(cè)序結(jié)果驗(yàn)證相較于高通量的第二代基因測(cè)序方法，第一代測(cè)序方法有著極高的準(zhǔn)確性，

浙江大學(xué)博士學(xué)位論文第一部分結(jié)果20圖1.423例SRNS病例的致病基因及突變信息圖。（A）突變種類頻數(shù)圖；（B）單堿基突變類型頻數(shù)圖；（C）23病例致病突變數(shù)目圖；（D）致病基因及其突變數(shù)目頻數(shù)圖。3.3.2基因突變的種類在23例患兒中發(fā)現(xiàn)了11個(gè)致病基因的相關(guān)突變，包括5例NPHS1、3例INF2、3例ANLN、3例PAX2、2例FAT1、2例NPHS2、1例ACTN4、1例ADCK4、1例PLCE1、1例TRPC6和1例WT1，各基因突變病例數(shù)在基因檢測(cè)陽性病例中所占比例見圖1.5。在我們的研究對(duì)象中最常見的基因突變?yōu)镹PHS1（22%），其次為INF2、ANLN和PAX2（各為13%）。而ACTN4、PLCE1、TRPC6、WT1（各為4%）相對(duì)較少見。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]遺傳變異分類標(biāo)準(zhǔn)與指南[J]. 王秋菊,沈亦平,鄔玲仟,陳少科,陳子江,方向東,傅松濱,龔瑤琴,黃國英,黃國寧,黃荷鳳,黃山,郝曉柯,冀小平,李紅,梁波,廖燦,喬杰,蘇海翔,魏軍,王磊,王樹玉,王曉紅,邢清和,徐湘民,袁慧軍,楊正林,周從容,周文浩,曾勇,張學(xué)軍,黃濤生,鄭茜,秦勝營,于世輝,關(guān)靜,王洪陽,王大勇,趙立東,王慧君,孔令印,宣黎明,冒燕,祝軼君,徐君玲,王劍青,王莉,趙婷,秦一丁,夏瀅穎,樊麗霞,趙丁丁,邱浩,賀林.  中國科學(xué):生命科學(xué). 2017(06)



本文編號(hào)：3571095