研究目的:1、探究左、右半結(jié)腸癌的基因轉(zhuǎn)錄譜,為左、右半結(jié)腸癌的發(fā)病機(jī)制、基因分型、個(gè)體化治療、生存預(yù)后等提供分子遺傳學(xué)依據(jù)。2、比較PLK3在左、右半結(jié)腸癌中的表達(dá)情況,進(jìn)一步驗(yàn)證左、右半結(jié)腸癌基因表達(dá)差異,闡明其臨床意義。研究方法:1、選取左、右半結(jié)腸癌各3例樣本,提取總RNA,構(gòu)建文庫(kù),利用Illumina Hiseq 400測(cè)序儀進(jìn)行測(cè)序,對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行聚類,GO功能富集分析及KEGG Pathway富集分析。2、回顧性分析80例左半結(jié)腸癌和62例右半結(jié)腸癌患者的臨床資料,通過免疫組化法檢測(cè)左、右半結(jié)腸癌中PLK3蛋白表達(dá)情況,驗(yàn)證左、右半結(jié)腸癌中PLK3基因差異表達(dá);分析PLK3與P53的相關(guān)性;比較PLK3高表達(dá)的左、右半結(jié)腸癌;探討PLK3不同表達(dá)水平對(duì)左、右半結(jié)腸癌生存預(yù)后的影響。研究結(jié)果:1、左、右半結(jié)腸癌存在多個(gè)差異表達(dá)基因,涉及氧化磷酸化、TCA循環(huán)、AGE-RAGE信號(hào)通路、PI3K-Akt信號(hào)通路、p53信號(hào)通路等多個(gè)途徑。與右半結(jié)腸癌相比,左半結(jié)腸癌上調(diào)表達(dá)的差異基因共有147個(gè),下調(diào)表達(dá)的差異基因有417個(gè),包括RGMB、DMTN、TLE2、TP53I... 

【文章來源】：東南大學(xué)江蘇省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：60 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

RNA-seq的實(shí)驗(yàn)流程

第一章左、右半結(jié)腸癌基因轉(zhuǎn)錄譜差異111.3.2mRNA功能富集分析1)GeneOntology富集分析GO（GeneOntology）是一種基因功能分類條目，包括生物學(xué)過程（Biologicalprocess）、細(xì)胞組成（Cellularcomponent）和分子功能（Molecularfunction）三個(gè)子條目。GO分析結(jié)果差異最大的前10個(gè)GO項(xiàng)目如圖1-3所示。左半結(jié)腸癌中細(xì)胞呼吸、氧化磷酸化、有機(jī)物氧化能量衍生、線粒體ATP合成、藥物代謝等生物學(xué)過程上調(diào)；線粒體、細(xì)胞質(zhì)、細(xì)胞核、中心體等細(xì)胞組成上調(diào)；NADH脫氫酶、氧化還原酶、RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄因子、DNA結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子等分子功能上調(diào)。右半結(jié)腸癌中免疫應(yīng)答、細(xì)胞活化、分泌、應(yīng)激反應(yīng)等生物學(xué)過程上調(diào)；囊泡、細(xì)胞外基質(zhì)、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)等細(xì)胞組成上調(diào)；信號(hào)受體結(jié)合、蛋白質(zhì)結(jié)合、免疫球蛋白結(jié)合等分子功能上調(diào)。圖1-2LCCvsRCC顯著差異表達(dá)基因聚類圖

東南大學(xué)碩士學(xué)位論文122)KEGGPathway富集分析根據(jù)最新的KEGGdatabase(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes)中的生物學(xué)通路分類條目，通過信號(hào)通路分析確定某一顯著性差異表達(dá)基因富集的生物學(xué)通路。信號(hào)通路分析結(jié)果顯示左、右半結(jié)腸癌存在多條信號(hào)通路調(diào)控異常（圖1-4）。左半結(jié)腸癌涉及氧化磷酸化、代謝途徑、帕金森氏并非酒精性脂肪肝、阿爾茨海默并亨廷頓氏病(Huntington"sdisease)、內(nèi)源性大麻素、TCA循環(huán)、抗葉酸、碳代謝等多條上調(diào)表達(dá)的異常通路。其中氧化磷酸化、代謝途徑、帕金森氏并非酒精性脂肪肝、阿爾茨海默病及亨廷頓氏病中均涉及COX5A、COX7B、NDUFA1、NDUFA12、NDUFA9、NDUFAB1、NDUFB9、NDUFC1這8個(gè)關(guān)鍵調(diào)控基因。FH、IDH3A、PDHA1均存在于代謝途徑、TCA循環(huán)中。右半結(jié)腸癌涉及細(xì)胞因子及細(xì)胞因子受體、ECM受體相互作用、AGE-RAGE、PI3K-Akt、p53等多條上調(diào)表達(dá)的異常信號(hào)通路。其中AGE-RAGE信號(hào)通路主要涉及CCL2、COL1A2、COL3A1、ICAM1、MMP2、PIM1、SELE、SERPINE1、STAT3、TGFB1、THBD、VEGFC等關(guān)鍵調(diào)控基因。SERPINE1同時(shí)存在于AGE-RAGE、p53信號(hào)通路中。圖1-3LCCvsRCCGO分析結(jié)果中差異最顯著的前10個(gè)GO條目bar圖（1）Up（2）Down

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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