內(nèi)含子序列的進(jìn)化在過(guò)去幾十年中引起了研究者們廣泛的興趣,“內(nèi)含子早現(xiàn)假說(shuō)（introns-early theory）”和“內(nèi)含子晚現(xiàn)假說(shuō)（introns-late theory）”是解釋內(nèi)含子的進(jìn)化機(jī)制提出的兩種相反的假設(shè),兩種假說(shuō)至今仍在爭(zhēng)論之中。面對(duì)不同生物內(nèi)含子序列形成的系統(tǒng)進(jìn)化樹非常低的統(tǒng)計(jì)支持值,常規(guī)的系統(tǒng)進(jìn)化方法無(wú)法得知內(nèi)含子的進(jìn)化模式,所以需要新的方法來(lái)研究。序列模擬是研究進(jìn)化的一種重要手段,在本研究中我們?cè)O(shè)計(jì)了兩種進(jìn)化模型,即突變與缺失（MD,Mutation and Deletion）模型和突變與插入（MI,Mutation and Insertion）模型生成模擬序列來(lái)模擬內(nèi)含子的進(jìn)化,研究得出的主要結(jié)果如下:（1）以14條來(lái)自不同目（order）的脊索動(dòng)物TF4（Transcription factor-like protein 4）基因的內(nèi)含子序列為研究對(duì)象,構(gòu)建ML（maximum likelihood）系統(tǒng)發(fā)育樹并計(jì)算出內(nèi)含子序列的五個(gè)特征值(TS_ML:ML進(jìn)化樹拓?fù)浞种?28,L_MSA:多序列比對(duì)的長(zhǎng)度=2139... 

【文章來(lái)源】：江蘇大學(xué)江蘇省

【文章頁(yè)數(shù)】：73 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

TF4基因內(nèi)含子序列的ML進(jìn)化樹

江蘇大學(xué)碩士學(xué)位論文程序退出。需要說(shuō)明的是祖先序列內(nèi)含子主要是以“GT”作為開頭，以“AG”作為結(jié)尾；該模型進(jìn)行堿基的突變與缺失不涉及祖先序列的前兩個(gè)堿基和后兩個(gè)堿基。

使用隨機(jī)突變堿基序列模擬脊索動(dòng)物TF4基因內(nèi)含子序列的演化20圖2.3MI模型構(gòu)建的流程圖Figure2.3FlowchartofMImodelconstruction


本文編號(hào)：3537094