目的檢測(cè)LASP1在肝癌細(xì)胞中導(dǎo)致的基因表達(dá)變化,為深入研究LASP1介導(dǎo)肝癌發(fā)生發(fā)展的分子機(jī)制提供更多生物學(xué)依據(jù)。方法構(gòu)建LASP1的真核表達(dá)質(zhì)粒并轉(zhuǎn)染肝癌細(xì)胞Hep G2,建立過表達(dá)LASP1的肝癌細(xì)胞及相關(guān)的對(duì)照細(xì)胞。利用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)檢測(cè)2組細(xì)胞的基因表達(dá)譜。通過生物信息學(xué)方法比較2組細(xì)胞間的差異表達(dá)基因（differentially expressed genes,DEGs）。通過GO、KEGG pathway和Wiki Pathway富集分析,探討LASP1調(diào)控的DEGs參與的生物學(xué)過程及相關(guān)通路。通過STRING數(shù)據(jù)庫構(gòu)建DEGs編碼蛋白的相互作用網(wǎng)絡(luò),尋找LASP1調(diào)控的潛在關(guān)鍵基因。結(jié)果與對(duì)照細(xì)胞相比,在過表達(dá)LASP1的肝癌細(xì)胞中篩選出410種DEGs。其中308種DEGs表達(dá)上調(diào),102種DEGs表達(dá)下調(diào)。GO富集分析結(jié)果顯示,DEGs與離子跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)、陽離子轉(zhuǎn)運(yùn)等生物學(xué)過程有關(guān)。DEGs的KEGG pathway富集結(jié)果主要與化學(xué)致癌等有關(guān),Wiki Pathway富集的結(jié)果與組蛋白修飾等有關(guān)。DEGs編碼蛋白之間能夠形成復(fù)雜的蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò),并且HIST1H1... 

【文章來源】：徐州醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào). 2020,40(10)

【文章頁數(shù)】：7 頁

【部分圖文】：

LASP1調(diào)控的DEGs的KEGG pathway和Wiki Pathway富集分析結(jié)果

我們將pc DNA-3.1-Flag-LASP1質(zhì)粒和對(duì)照質(zhì)粒轉(zhuǎn)染Hep G2細(xì)胞，48 h后，獲取細(xì)胞總蛋白。利用Flag標(biāo)簽抗體，通過Western blot檢測(cè)，我們發(fā)現(xiàn)經(jīng)pc DNA-3.1-Flag-LASP1質(zhì)粒轉(zhuǎn)染的Hpe G2細(xì)胞能夠表達(dá)含F(xiàn)lag標(biāo)簽的LASP1蛋白(Flag-LASP1)，而轉(zhuǎn)染對(duì)照質(zhì)粒的Hep G2細(xì)胞沒有目的蛋白的表達(dá)(圖1B)。以上實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，過表達(dá)LASP1的Hep G2細(xì)胞模型(Hep G2-FlagLASP1)及相關(guān)對(duì)照的細(xì)胞模型(Hep G2-Flag)構(gòu)建成功。2.2 DEGs分析

通過對(duì)上調(diào)的DEGs和下調(diào)的DEGs進(jìn)行GO富集分析，我們發(fā)現(xiàn)，上調(diào)的DEGs與67種GO富集條目有關(guān)。其中，上調(diào)的DEGs參與的生物過程(BP)與離子跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)(ion transmembrane transport)、陽離子轉(zhuǎn)運(yùn)(cation transport)、細(xì)胞陽離子穩(wěn)態(tài)(cellular cation homeostasis)等有關(guān);上調(diào)的DEGs主要位于核染色質(zhì)(nuclear chromatin)、陽離子通道復(fù)合體(cation channel complex)、肌原纖維(myofibril)等細(xì)胞位置(CC);上調(diào)DEGs的分子功能(MF)與底物特異性通道活性(substrate-specific channel activity)、金屬離子跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白活性(metal ion transmembrane transporter activity)和陽離子通道活性(cation channel activity)等有關(guān)。下調(diào)的DEGs與24種GO富集條目有關(guān)。其中，下調(diào)的DEGs參與的生物過程與橫紋肌細(xì)胞分化(striated muscle cell differentiation)、天然免疫反應(yīng)調(diào)節(jié)(regulation of innate immune response)、機(jī)械刺激感覺(sensory perception of mechanical stimulus)等有關(guān);下調(diào)的DEGs主要位于氯通道絡(luò)合物(chloride channel complex)上;下調(diào)DEGs的分子功能與陰離子通道活性(anion channel activity)、氯跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白活性(chloride transmembrane transporter activity)、類固醇硫轉(zhuǎn)移酶活性(steroid sulfotransferase activity)等有關(guān)。見圖3。2.4 KEGG pathway和Wiki Pathway富集分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Liver cancer incidence and mortality in China: Temporal trends and projections to 2030[J]. Rongshou Zheng,Chunfeng Qu,Siwei Zhang,Hongmei Zeng,Kexin Sun,Xiuying Gu,Changfa Xia,Zhixun Yang,He Li,Wenqiang Wei,Wanqing Chen,Jie He.  Chinese Journal of Cancer Research. 2018(06)



本文編號(hào)：3537284