基于轉(zhuǎn)錄組分析的黃喉擬水龜性別調(diào)控相關(guān)基因的篩選及鑒定
發(fā)布時(shí)間：2021-11-27 12:11
性別決定及調(diào)控機(jī)制一直以來都是遺傳學(xué)、發(fā)育生物學(xué)和進(jìn)化生物學(xué)的熱點(diǎn)和前沿科學(xué)問題之一,因?yàn)榇蠖鄶?shù)脊椎動(dòng)物都是雌雄異體的。脊椎動(dòng)物性別決定機(jī)制并不相同,遺傳信息和環(huán)境因素是影響大多數(shù)脊椎動(dòng)物性別決定的主要因子,按照性別決定成因主要分為兩大類型:一,遺傳性別決定（genetic sex determination,GSD）;二,環(huán)境性別決定（environmental sex determination,ESD）。環(huán)境性別決定動(dòng)物兩性之間沒有遺傳差異,沒有性染色體,其性別是由受精后其發(fā)育過程所處的環(huán)境條件所決定,主要存在一些兩棲類和魚類還有多數(shù)爬行類動(dòng)物中。影響性別的環(huán)境因素主要包括溫度、濕度、營(yíng)養(yǎng)、激素、CO2、溶氧量、光周期和社會(huì)因素等等。其中溫度依賴型性別決定（temperature-dependent sex determination,TSD）是環(huán)境性別決定中最普遍的性別決定模式,其性別決定背后的分子機(jī)制值得深入思考。Vasa,是目前研究最廣泛的生殖細(xì)胞標(biāo)記之一,對(duì)生物體內(nèi)生殖細(xì)胞的發(fā)育和分化都起著至關(guān)重要的作用。vasa的缺失會(huì)導(dǎo)致大多數(shù)雄性脊椎動(dòng)物的不育...
【文章來源】：上海海洋大學(xué)上海市
【文章頁(yè)數(shù)】：70 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
預(yù)測(cè)lncRNA和mRNA的特征比較
上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文15圖1-2預(yù)測(cè)的lncRNA的統(tǒng)計(jì)圖1.長(zhǎng)鏈基因間非編碼RNAs(lincRNAs)，2.反義長(zhǎng)鏈非編碼RNAs(antisense-lncRNAs)，3.內(nèi)含子長(zhǎng)鏈非編碼RNAs(intronic-lncRNAs)，4.正義長(zhǎng)鏈非編碼RNAs(sense-lncRNAs)Fig.1-2Statisticsmapofpredictedlongnon-codingRNAs1.longintergenicncRNAs,2.antisense-lncRNAs,3.intronic-lncRNAs,4.sense-lncRNAs2.2雌雄之間差異表達(dá)基因的鑒定根據(jù)IlluminaHiSeq4000平臺(tái)所得的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果，通過倍數(shù)變化過濾（foldchange≥2，F(xiàn)DR<0.01）篩選到8237個(gè)DEmRNA為性別偏向基因，包括5249個(gè)雄性偏向基因和2988個(gè)雌性偏向基因（圖1-3a）。其中，有4237個(gè)mRNA雌雄差異表達(dá)超過十倍。同時(shí)，還發(fā)現(xiàn)共有9573個(gè)性別偏向表達(dá)，包括7597個(gè)雄性偏向lncRNA和1976個(gè)雌性偏向lncRNA（圖1-3a），其中9444個(gè)lncRNA的雌雄差異表達(dá)超過十倍。此外，相比于精巢中的差異轉(zhuǎn)錄本，卵巢中分別有5249和2988個(gè)mRNA上調(diào)和下調(diào)，有7597和1976個(gè)lncRNA轉(zhuǎn)錄本上調(diào)和下調(diào)（圖1-3b）。火山圖展示了lncRNAs和mRNAs的相似差異表達(dá)情況（圖1-3c）。為了驗(yàn)證測(cè)序結(jié)果是否可靠，我們隨機(jī)選取了7個(gè)差異表達(dá)基因進(jìn)行RT-qPCR驗(yàn)證。如圖1-4所示，這些性別二態(tài)性基因的表達(dá)情況（圖1-4a,c）與轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析結(jié)果（圖1-4b,d）基本一致。dmrt1，hsf1，cyp17a1在精巢中的表達(dá)水平高于卵巢，
上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文16而cyp19a1，hsd11b2和sox8在卵巢中表達(dá)較高。圖1-3卵巢和精巢中差異表達(dá)的lncRNA和mRNA的分析(a)卵巢和精巢中差異表達(dá)的lncRNAs和mRNAs的維恩圖，(b)卵巢相對(duì)于精巢鑒定出的上調(diào)和下調(diào)差異表達(dá)lncRNAs和mRNAs的數(shù)量，(c)差異表達(dá)的lncRNAs和mRNAs的火山圖Fig.1-3AnalysesofdifferentiallyexpressedlncRNAsandmRNAsinovariesandtestes
本文編號(hào)：3522259
【文章來源】：上海海洋大學(xué)上海市
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【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
預(yù)測(cè)lncRNA和mRNA的特征比較
上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文15圖1-2預(yù)測(cè)的lncRNA的統(tǒng)計(jì)圖1.長(zhǎng)鏈基因間非編碼RNAs(lincRNAs)，2.反義長(zhǎng)鏈非編碼RNAs(antisense-lncRNAs)，3.內(nèi)含子長(zhǎng)鏈非編碼RNAs(intronic-lncRNAs)，4.正義長(zhǎng)鏈非編碼RNAs(sense-lncRNAs)Fig.1-2Statisticsmapofpredictedlongnon-codingRNAs1.longintergenicncRNAs,2.antisense-lncRNAs,3.intronic-lncRNAs,4.sense-lncRNAs2.2雌雄之間差異表達(dá)基因的鑒定根據(jù)IlluminaHiSeq4000平臺(tái)所得的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果，通過倍數(shù)變化過濾（foldchange≥2，F(xiàn)DR<0.01）篩選到8237個(gè)DEmRNA為性別偏向基因，包括5249個(gè)雄性偏向基因和2988個(gè)雌性偏向基因（圖1-3a）。其中，有4237個(gè)mRNA雌雄差異表達(dá)超過十倍。同時(shí)，還發(fā)現(xiàn)共有9573個(gè)性別偏向表達(dá)，包括7597個(gè)雄性偏向lncRNA和1976個(gè)雌性偏向lncRNA（圖1-3a），其中9444個(gè)lncRNA的雌雄差異表達(dá)超過十倍。此外，相比于精巢中的差異轉(zhuǎn)錄本，卵巢中分別有5249和2988個(gè)mRNA上調(diào)和下調(diào)，有7597和1976個(gè)lncRNA轉(zhuǎn)錄本上調(diào)和下調(diào)（圖1-3b）。火山圖展示了lncRNAs和mRNAs的相似差異表達(dá)情況（圖1-3c）。為了驗(yàn)證測(cè)序結(jié)果是否可靠，我們隨機(jī)選取了7個(gè)差異表達(dá)基因進(jìn)行RT-qPCR驗(yàn)證。如圖1-4所示，這些性別二態(tài)性基因的表達(dá)情況（圖1-4a,c）與轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析結(jié)果（圖1-4b,d）基本一致。dmrt1，hsf1，cyp17a1在精巢中的表達(dá)水平高于卵巢，
上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文16而cyp19a1，hsd11b2和sox8在卵巢中表達(dá)較高。圖1-3卵巢和精巢中差異表達(dá)的lncRNA和mRNA的分析(a)卵巢和精巢中差異表達(dá)的lncRNAs和mRNAs的維恩圖，(b)卵巢相對(duì)于精巢鑒定出的上調(diào)和下調(diào)差異表達(dá)lncRNAs和mRNAs的數(shù)量，(c)差異表達(dá)的lncRNAs和mRNAs的火山圖Fig.1-3AnalysesofdifferentiallyexpressedlncRNAsandmRNAsinovariesandtestes
本文編號(hào)：3522259
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