基于轉(zhuǎn)錄組分析的黃喉擬水龜性別調(diào)控相關基因的篩選及鑒定
發(fā)布時間：2021-11-27 12:11
性別決定及調(diào)控機制一直以來都是遺傳學、發(fā)育生物學和進化生物學的熱點和前沿科學問題之一,因為大多數(shù)脊椎動物都是雌雄異體的。脊椎動物性別決定機制并不相同,遺傳信息和環(huán)境因素是影響大多數(shù)脊椎動物性別決定的主要因子,按照性別決定成因主要分為兩大類型:一,遺傳性別決定（genetic sex determination,GSD）;二,環(huán)境性別決定（environmental sex determination,ESD）。環(huán)境性別決定動物兩性之間沒有遺傳差異,沒有性染色體,其性別是由受精后其發(fā)育過程所處的環(huán)境條件所決定,主要存在一些兩棲類和魚類還有多數(shù)爬行類動物中。影響性別的環(huán)境因素主要包括溫度、濕度、營養(yǎng)、激素、CO2、溶氧量、光周期和社會因素等等。其中溫度依賴型性別決定（temperature-dependent sex determination,TSD）是環(huán)境性別決定中最普遍的性別決定模式,其性別決定背后的分子機制值得深入思考。Vasa,是目前研究最廣泛的生殖細胞標記之一,對生物體內(nèi)生殖細胞的發(fā)育和分化都起著至關重要的作用。vasa的缺失會導致大多數(shù)雄性脊椎動物的不育...
【文章來源】：上海海洋大學上海市
【文章頁數(shù)】：70 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
預測lncRNA和mRNA的特征比較
上海海洋大學碩士學位論文15圖1-2預測的lncRNA的統(tǒng)計圖1.長鏈基因間非編碼RNAs(lincRNAs)，2.反義長鏈非編碼RNAs(antisense-lncRNAs)，3.內(nèi)含子長鏈非編碼RNAs(intronic-lncRNAs)，4.正義長鏈非編碼RNAs(sense-lncRNAs)Fig.1-2Statisticsmapofpredictedlongnon-codingRNAs1.longintergenicncRNAs,2.antisense-lncRNAs,3.intronic-lncRNAs,4.sense-lncRNAs2.2雌雄之間差異表達基因的鑒定根據(jù)IlluminaHiSeq4000平臺所得的轉(zhuǎn)錄組測序結果，通過倍數(shù)變化過濾（foldchange≥2，F(xiàn)DR<0.01）篩選到8237個DEmRNA為性別偏向基因，包括5249個雄性偏向基因和2988個雌性偏向基因（圖1-3a）。其中，有4237個mRNA雌雄差異表達超過十倍。同時，還發(fā)現(xiàn)共有9573個性別偏向表達，包括7597個雄性偏向lncRNA和1976個雌性偏向lncRNA（圖1-3a），其中9444個lncRNA的雌雄差異表達超過十倍。此外，相比于精巢中的差異轉(zhuǎn)錄本，卵巢中分別有5249和2988個mRNA上調(diào)和下調(diào)，有7597和1976個lncRNA轉(zhuǎn)錄本上調(diào)和下調(diào)（圖1-3b）�；鹕綀D展示了lncRNAs和mRNAs的相似差異表達情況（圖1-3c）。為了驗證測序結果是否可靠，我們隨機選取了7個差異表達基因進行RT-qPCR驗證。如圖1-4所示，這些性別二態(tài)性基因的表達情況（圖1-4a,c）與轉(zhuǎn)錄組測序分析結果（圖1-4b,d）基本一致。dmrt1，hsf1，cyp17a1在精巢中的表達水平高于卵巢，
上海海洋大學碩士學位論文16而cyp19a1，hsd11b2和sox8在卵巢中表達較高。圖1-3卵巢和精巢中差異表達的lncRNA和mRNA的分析(a)卵巢和精巢中差異表達的lncRNAs和mRNAs的維恩圖，(b)卵巢相對于精巢鑒定出的上調(diào)和下調(diào)差異表達lncRNAs和mRNAs的數(shù)量，(c)差異表達的lncRNAs和mRNAs的火山圖Fig.1-3AnalysesofdifferentiallyexpressedlncRNAsandmRNAsinovariesandtestes
本文編號：3522259
【文章來源】：上海海洋大學上海市
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【學位級別】：碩士
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預測lncRNA和mRNA的特征比較
上海海洋大學碩士學位論文15圖1-2預測的lncRNA的統(tǒng)計圖1.長鏈基因間非編碼RNAs(lincRNAs)，2.反義長鏈非編碼RNAs(antisense-lncRNAs)，3.內(nèi)含子長鏈非編碼RNAs(intronic-lncRNAs)，4.正義長鏈非編碼RNAs(sense-lncRNAs)Fig.1-2Statisticsmapofpredictedlongnon-codingRNAs1.longintergenicncRNAs,2.antisense-lncRNAs,3.intronic-lncRNAs,4.sense-lncRNAs2.2雌雄之間差異表達基因的鑒定根據(jù)IlluminaHiSeq4000平臺所得的轉(zhuǎn)錄組測序結果，通過倍數(shù)變化過濾（foldchange≥2，F(xiàn)DR<0.01）篩選到8237個DEmRNA為性別偏向基因，包括5249個雄性偏向基因和2988個雌性偏向基因（圖1-3a）。其中，有4237個mRNA雌雄差異表達超過十倍。同時，還發(fā)現(xiàn)共有9573個性別偏向表達，包括7597個雄性偏向lncRNA和1976個雌性偏向lncRNA（圖1-3a），其中9444個lncRNA的雌雄差異表達超過十倍。此外，相比于精巢中的差異轉(zhuǎn)錄本，卵巢中分別有5249和2988個mRNA上調(diào)和下調(diào)，有7597和1976個lncRNA轉(zhuǎn)錄本上調(diào)和下調(diào)（圖1-3b）�；鹕綀D展示了lncRNAs和mRNAs的相似差異表達情況（圖1-3c）。為了驗證測序結果是否可靠，我們隨機選取了7個差異表達基因進行RT-qPCR驗證。如圖1-4所示，這些性別二態(tài)性基因的表達情況（圖1-4a,c）與轉(zhuǎn)錄組測序分析結果（圖1-4b,d）基本一致。dmrt1，hsf1，cyp17a1在精巢中的表達水平高于卵巢，
上海海洋大學碩士學位論文16而cyp19a1，hsd11b2和sox8在卵巢中表達較高。圖1-3卵巢和精巢中差異表達的lncRNA和mRNA的分析(a)卵巢和精巢中差異表達的lncRNAs和mRNAs的維恩圖，(b)卵巢相對于精巢鑒定出的上調(diào)和下調(diào)差異表達lncRNAs和mRNAs的數(shù)量，(c)差異表達的lncRNAs和mRNAs的火山圖Fig.1-3AnalysesofdifferentiallyexpressedlncRNAsandmRNAsinovariesandtestes
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