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基于GTEx數(shù)據(jù)庫對COVID-19結(jié)合基因ACE2的分析

發(fā)布時間:2021-11-23 11:25
  目的探討血管緊張素轉(zhuǎn)化酶2受體基因(ACE2)在正常人組織器官中的表達,結(jié)合新型冠狀病毒肺炎(COVID-19)患者臨床癥狀分析兩者間的關(guān)系,利用生物信息學(xué)方法揭示ACE2可能的效應(yīng)通路。方法從基因型-組織表達(GTEx)數(shù)據(jù)庫下載ACE2在人體各組織的表達數(shù)據(jù),并用R軟件對數(shù)據(jù)進行處理。通過GO富集分析其相關(guān)機制,并探討長鏈非編碼RNA和ACE2的相關(guān)性。結(jié)果 ACE2在正常人體不同器官均有一定程度的表達,表達量從高到低依次為:心、腎、肺、肝、胃、腦、脾,差異有統(tǒng)計學(xué)意義(F=820.03,P<0.001)。ACE2在不同組織中也有一定程度的表達,表達量從高到低依次為:睪丸、脂肪、神經(jīng)、肌肉、血,差異有統(tǒng)計學(xué)意義(F=3592.75,P<0.001)。GO富集結(jié)果提示,基因ACE2主要參與調(diào)節(jié)肽和激素的分泌、調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)異二聚活性;同時長鏈非編碼LINCO2082 與ACE2成顯著正相關(guān)性。結(jié)論 ACE2在人體各組織器官均有一定程度的表達,可能與COVID-19患者器官損害存在一定的相關(guān)性,臨床應(yīng)密切觀察。 

【文章來源】:中南藥學(xué). 2020,18(09)

【文章頁數(shù)】:4 頁

【部分圖文】:

基于GTEx數(shù)據(jù)庫對COVID-19結(jié)合基因ACE2的分析


ACE2在人體組織中的表達

人體系統(tǒng),睪丸,脂肪,神經(jīng)


采用R包(ggstatsplot)對ACE2在人體各系統(tǒng)中的表達差異進行對比分析,結(jié)果如圖2所示。ACE2在睪丸、脂肪組織、肌肉、神經(jīng)和血里面也有一定的表達(F=3592.75,P<0.001),根據(jù)各組織的中位數(shù),ACE2的表達從高到低依次為:睪丸(5.1)>脂肪(1.2)>神經(jīng)(-1.35)>肌肉(-2.49)>血(-7.51)。2.3 COVID-19感染的臨床特點

功能分析,功能


GO是Gene Ontology的簡稱,分為分子功能(molecular function,MF)、生物過程(biological process,BP)和細胞組成(cellular component,CC)3個部分。每個部分取10個功能,按P值和相關(guān)性大小兩個指標(biāo)進行排序,圖中每個點對應(yīng)一個功能,點的顏色越深,比例值越大,說明ACE2與這個功能的相關(guān)性越強。由圖3可知,ACE2生物過程中的主要作用是調(diào)節(jié)肽和激素的分泌,在分子功能中的作用主要是調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)異二聚體活性,從細胞組成來說,ACE2主要存在于細胞外基質(zhì)和染色質(zhì)上。2.5 ACE2與長鏈非編碼RNA的相關(guān)性

【參考文獻】:
期刊論文
[1]新型冠狀病毒疫情下肥胖與代謝外科專家建議[J].   中華肥胖與代謝病電子雜志. 2020(01)
[2]基于傳統(tǒng)中醫(yī)藥經(jīng)驗使用亞砷酸氯化鈉注射液治療新型冠狀病毒肺炎和各種易感病毒引發(fā)的嚴重惡性疾病的推論[J]. 孫國祥,閆慧,李想,鞏丹丹,翟曼華云,王翌超,張夢婷,張晶,楊方良,張弘,李煥德.  中南藥學(xué). 2020(03)
[3]睪丸支持細胞免疫豁免研究進展及其應(yīng)用[J]. 閔明,張繼東.  現(xiàn)代免疫學(xué). 2019(03)
[4]感染及免疫相關(guān)的男性不育[J]. 王菲,韓代書.  中國科學(xué):生命科學(xué). 2017(02)



本文編號:3513781

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