芹菜AgLIMS基因的克隆和生物信息學分析及其表達特性
發(fā)布時間:2021-11-18 09:09
以芹菜(Apium graveolens Linn.)品種‘六合黃心芹’(‘Liuhe Huangxinqin’)和‘津南實芹’(‘Jinnan Shiqin’)為研究對象,分別克隆獲得芹菜檸檬烯合酶基因,命名為AgLIMS,其開放閱讀框長1 800 bp,編碼599個氨基酸。結果顯示:2個芹菜品種的AgLIMS基因核苷酸序列存在2個位點的差異,其編碼的氨基酸序列也存在2個位點的差異;AgLIMS基因編碼的氨基酸序列在第50至第586位存在植物萜類合酶(Terpene cyclase plant C1)保守區(qū)域,具有典型的類異戊二烯合成酶(Isoprenoid Biosyn C1)超家族結構域。2個芹菜品種的AgLIMS蛋白的理論相對分子質(zhì)量分別為69 120和69 190,理論等電點均為pI 5.52。AgLIMS蛋白的氨基酸序列中,親水性氨基酸比例高于疏水性氨基酸;其二級結構主要由α螺旋和無規(guī)則卷曲構成,但α螺旋、延伸鏈和β轉角的比例在2個芹菜品種間略有差異;其三級結構均含有1個β折疊,但α螺旋數(shù)量在2個芹菜品種間略有差異。AgLIMS基因與多種植物LIMS基因編碼的氨基酸序列一致...
【文章來源】:植物資源與環(huán)境學報. 2020,29(06)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:9 頁
【部分圖文】:
芹菜品種‘六合黃心芹’(A)和‘津南實芹’(B)的AgLIMS基因的核苷酸序列及其編碼的氨基酸序列
圖1 芹菜品種‘六合黃心芹’(A)和‘津南實芹’(B)的AgLIMS基因的核苷酸序列及其編碼的氨基酸序列在系統(tǒng)進化樹(圖4)上,2個芹菜品種首先聚在一起,并與同科種類細葉糙果芹[Trachyspermum ammi (Linn.) Sprague]聚在同一小分支中,與同科植物胡蘿卜(Daucus carota var. sativa Hoffm.)聚在同一大分支中,說明同科植物的進化關系較近;而與其他科木本種類,如棗(Ziziphus jujuba Mill.)、歐洲栓皮櫟(Quercus suber Linn.)、胡桃(Juglans regia Linn.)和木槿(Hibiscus syriacus Linn.)等的進化關系較遠。
在系統(tǒng)進化樹(圖4)上,2個芹菜品種首先聚在一起,并與同科種類細葉糙果芹[Trachyspermum ammi (Linn.) Sprague]聚在同一小分支中,與同科植物胡蘿卜(Daucus carota var. sativa Hoffm.)聚在同一大分支中,說明同科植物的進化關系較近;而與其他科木本種類,如棗(Ziziphus jujuba Mill.)、歐洲栓皮櫟(Quercus suber Linn.)、胡桃(Juglans regia Linn.)和木槿(Hibiscus syriacus Linn.)等的進化關系較遠。圖4 芹菜Ag LIMS基因與其他植物LIMS基因編碼的氨基酸序列的系統(tǒng)進化樹
本文編號:3502622
【文章來源】:植物資源與環(huán)境學報. 2020,29(06)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:9 頁
【部分圖文】:
芹菜品種‘六合黃心芹’(A)和‘津南實芹’(B)的AgLIMS基因的核苷酸序列及其編碼的氨基酸序列
圖1 芹菜品種‘六合黃心芹’(A)和‘津南實芹’(B)的AgLIMS基因的核苷酸序列及其編碼的氨基酸序列在系統(tǒng)進化樹(圖4)上,2個芹菜品種首先聚在一起,并與同科種類細葉糙果芹[Trachyspermum ammi (Linn.) Sprague]聚在同一小分支中,與同科植物胡蘿卜(Daucus carota var. sativa Hoffm.)聚在同一大分支中,說明同科植物的進化關系較近;而與其他科木本種類,如棗(Ziziphus jujuba Mill.)、歐洲栓皮櫟(Quercus suber Linn.)、胡桃(Juglans regia Linn.)和木槿(Hibiscus syriacus Linn.)等的進化關系較遠。
在系統(tǒng)進化樹(圖4)上,2個芹菜品種首先聚在一起,并與同科種類細葉糙果芹[Trachyspermum ammi (Linn.) Sprague]聚在同一小分支中,與同科植物胡蘿卜(Daucus carota var. sativa Hoffm.)聚在同一大分支中,說明同科植物的進化關系較近;而與其他科木本種類,如棗(Ziziphus jujuba Mill.)、歐洲栓皮櫟(Quercus suber Linn.)、胡桃(Juglans regia Linn.)和木槿(Hibiscus syriacus Linn.)等的進化關系較遠。圖4 芹菜Ag LIMS基因與其他植物LIMS基因編碼的氨基酸序列的系統(tǒng)進化樹
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