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芹菜AgLIMS基因的克隆和生物信息學(xué)分析及其表達(dá)特性

發(fā)布時(shí)間:2021-11-18 09:09
  以芹菜(Apium graveolens Linn.)品種‘六合黃心芹’(‘Liuhe Huangxinqin’)和‘津南實(shí)芹’(‘Jinnan Shiqin’)為研究對(duì)象,分別克隆獲得芹菜檸檬烯合酶基因,命名為AgLIMS,其開(kāi)放閱讀框長(zhǎng)1 800 bp,編碼599個(gè)氨基酸。結(jié)果顯示:2個(gè)芹菜品種的AgLIMS基因核苷酸序列存在2個(gè)位點(diǎn)的差異,其編碼的氨基酸序列也存在2個(gè)位點(diǎn)的差異;AgLIMS基因編碼的氨基酸序列在第50至第586位存在植物萜類合酶(Terpene cyclase plant C1)保守區(qū)域,具有典型的類異戊二烯合成酶(Isoprenoid Biosyn C1)超家族結(jié)構(gòu)域。2個(gè)芹菜品種的AgLIMS蛋白的理論相對(duì)分子質(zhì)量分別為69 120和69 190,理論等電點(diǎn)均為pI 5.52。AgLIMS蛋白的氨基酸序列中,親水性氨基酸比例高于疏水性氨基酸;其二級(jí)結(jié)構(gòu)主要由α螺旋和無(wú)規(guī)則卷曲構(gòu)成,但α螺旋、延伸鏈和β轉(zhuǎn)角的比例在2個(gè)芹菜品種間略有差異;其三級(jí)結(jié)構(gòu)均含有1個(gè)β折疊,但α螺旋數(shù)量在2個(gè)芹菜品種間略有差異。AgLIMS基因與多種植物L(fēng)IMS基因編碼的氨基酸序列一致... 

【文章來(lái)源】:植物資源與環(huán)境學(xué)報(bào). 2020,29(06)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】:9 頁(yè)

【部分圖文】:

芹菜AgLIMS基因的克隆和生物信息學(xué)分析及其表達(dá)特性


芹菜品種‘六合黃心芹’(A)和‘津南實(shí)芹’(B)的AgLIMS基因的核苷酸序列及其編碼的氨基酸序列

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圖1 芹菜品種‘六合黃心芹’(A)和‘津南實(shí)芹’(B)的AgLIMS基因的核苷酸序列及其編碼的氨基酸序列在系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)(圖4)上,2個(gè)芹菜品種首先聚在一起,并與同科種類細(xì)葉糙果芹[Trachyspermum ammi (Linn.) Sprague]聚在同一小分支中,與同科植物胡蘿卜(Daucus carota var. sativa Hoffm.)聚在同一大分支中,說(shuō)明同科植物的進(jìn)化關(guān)系較近;而與其他科木本種類,如棗(Ziziphus jujuba Mill.)、歐洲栓皮櫟(Quercus suber Linn.)、胡桃(Juglans regia Linn.)和木槿(Hibiscus syriacus Linn.)等的進(jìn)化關(guān)系較遠(yuǎn)。

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在系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)(圖4)上,2個(gè)芹菜品種首先聚在一起,并與同科種類細(xì)葉糙果芹[Trachyspermum ammi (Linn.) Sprague]聚在同一小分支中,與同科植物胡蘿卜(Daucus carota var. sativa Hoffm.)聚在同一大分支中,說(shuō)明同科植物的進(jìn)化關(guān)系較近;而與其他科木本種類,如棗(Ziziphus jujuba Mill.)、歐洲栓皮櫟(Quercus suber Linn.)、胡桃(Juglans regia Linn.)和木槿(Hibiscus syriacus Linn.)等的進(jìn)化關(guān)系較遠(yuǎn)。圖4 芹菜Ag LIMS基因與其他植物L(fēng)IMS基因編碼的氨基酸序列的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)


本文編號(hào):3502622

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