目的采用生物信息學(xué)方法分析腦膠質(zhì)瘤組織與正常腦組織間的差異表達(dá)基因,并篩選腦膠質(zhì)瘤發(fā)生發(fā)展的關(guān)鍵調(diào)控基因。方法選取GEO數(shù)據(jù)庫中編號為GSE2223的腦膠質(zhì)瘤表達(dá)譜芯片,利用R語言limma包篩選出芯片中腦膠質(zhì)瘤與正常腦組織的差異表達(dá)基因。使用R語言的org. Hs. eg. db包對差異表達(dá)基因進(jìn)行GO功能富集,利用DAVID 6. 8（https://david. ncifcrf. gov/）在線分析網(wǎng)站對差異表達(dá)基因進(jìn)行KEGG信號通路分析。為篩選腫瘤發(fā)生發(fā)展關(guān)鍵調(diào)控基因,將差異表達(dá)基因?qū)隨TRING（https://string-db. org/）網(wǎng)站,構(gòu)建差異表達(dá)基因編碼的蛋白間相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)圖,根據(jù)蛋白間臨近相互作用對計數(shù),選取前20個差異表達(dá)基因,即為可能參與腦膠質(zhì)瘤發(fā)生發(fā)展的關(guān)鍵調(diào)控基因。結(jié)果共篩選出107個差異表達(dá)基因,其中上調(diào)的基因48個、下調(diào)的基因59個。對差異表達(dá)基因的GO功能富集結(jié)果顯示,差異表達(dá)基因在細(xì)胞組分上的改變主要表現(xiàn)在運輸囊泡膜、神經(jīng)遠(yuǎn)端軸突、神經(jīng)軸突等結(jié)構(gòu)上,分子功能變化主要集中在突觸融合蛋白、鈣調(diào)蛋白、磷脂酶結(jié)合蛋白等功能上;生物學(xué)過程... 

【文章來源】：山東醫(yī)藥. 2020,60(21)

【文章頁數(shù)】：4 頁

【文章目錄】：
1 資料與方法
    1.1 腦膠質(zhì)瘤組織與正常腦組織基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)的選擇與獲取
    1.2 腦膠質(zhì)瘤組織與正常腦組織差異表達(dá)基因的提取與篩選
    1.3 差異表達(dá)基因的基因本體(GO)功能富集和KEGG信號通路分析
    1.4 腦膠質(zhì)瘤發(fā)生發(fā)展關(guān)鍵調(diào)控基因的篩選
2 結(jié)果
    2.1 腦膠質(zhì)瘤組織與正常腦組織差異表達(dá)基因篩選結(jié)果
    2.2 差異表達(dá)基因的GO功能富集和KEGG信號通路分析結(jié)果
    2.3 腦膠質(zhì)瘤發(fā)生發(fā)展關(guān)鍵調(diào)控基因的篩選結(jié)果
3 討論



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