淡水紅藻是淡水藻類植物進化中的一個較為特殊稀有的類群,其中最主要的類群是串珠藻科植物。rbcL基因、psbA基因、psaA基因是其葉綠體中3個具有重要生物學(xué)功能的基因,分別編碼核酮糖1,5二磷酸羧化酶/加氧酶（Rubisco）大亞基;光系統(tǒng)Ⅱ（PSⅡ）反應(yīng)中心的重要蛋白Qβ蛋白,即D1蛋白;光系統(tǒng)Ⅰ（PSⅠ）跨膜復(fù)合物的中心蛋白A,又稱P700脫輔基蛋白A。鑒于它們重要的生物學(xué)功能,為了探究串珠藻科植物適應(yīng)特殊生存環(huán)境的分子水平機制,了解串珠藻科植物類群的演化歷史,本文對串珠藻科植物這3個基因進行了適應(yīng)性進化及共進化的分析。利用已測得的一些目的基因序列及Genbank中的基因序列,基于最大似然法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹;基于基因序列及系統(tǒng)發(fā)育樹利用PAML4.8軟件,運行位點模型、分支模型及分支-位點模型,對目的基因進行了適應(yīng)性進化分析;基于基因序列和同源建模出的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu),運用基于Pearson相關(guān)系數(shù)法、參數(shù)檢驗法和互信息法等的CAPS軟件,對目的基因進行了共進化分析。具體研究結(jié)果如下:（1）在串珠藻科植物rbcL基因的適應(yīng)性進化及共進化分析中,在基于最大似然法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹中選定內(nèi)外... 

【文章來源】：山西大學(xué)山西省

【文章頁數(shù)】：80 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

基于rbcL基因序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹

圖 2.2 膠串珠藻 (AF029141)Rubisco 大亞基參考三維結(jié)構(gòu)2.2 Reference three-dimensional structure of Rubisco large subunits of Batrachospegelatinosum (AF029141)注：正選擇位點在圖中用白色圓圈標出

圖 2.3 Rubisco 大亞基氨基酸序列對位排列Fig. 2.3 Alignment of the amino acid sequence of Rubisco注：對應(yīng)氨基酸下方箭頭表示對應(yīng)的 Rubisco 的二級結(jié)構(gòu)。圖中字母第一行代表 PAML 序列，第二行代表模板序列，第三行代表本文建模序列。

【參考文獻】：
期刊論文
[1]串珠藻目植物rbcL基因的適應(yīng)性進化分析[J]. 鞏超彥,南芳茹,馮佳,呂俊平,劉琪,謝樹蓮.  海洋與湖沼. 2017(03)
[2]裸子植物psbA基因分子進化式樣的研究[J]. 森林,余坤,胡志剛,汪文杰,徐雷,劉合剛,潘宏林.  熱帶亞熱帶植物學(xué)報. 2016(02)
[3]基于葉綠體psaA和psbA基因的中國熊野藻屬植物系統(tǒng)發(fā)育分析[J]. 南芳茹,馮佳,謝樹蓮.  水生生物學(xué)報. 2015(01)
[4]2種分子標記應(yīng)用于澄黃濱珊瑚群體遺傳多樣性研究中的可行性[J]. 田鵬,牛文濤,林榮澄,陳彬,Suharsono.  應(yīng)用海洋學(xué)學(xué)報. 2014(01)
[5]蕨類植物psbD基因的適應(yīng)性進化和共進化分析[J]. 許可,王博,蘇應(yīng)娟,高磊,王艇.  植物科學(xué)學(xué)報. 2013(05)
[6]鳳尾蕨科旱生蕨類rbcL基因的適應(yīng)性進化和共進化分析[J]. 周媛,王博,高磊,王艇.  植物科學(xué)學(xué)報. 2011(04)
[7]細鱗苔科psbA基因的適應(yīng)性進化分析[J]. 陳曉霞,蘇應(yīng)娟,王艇.  西北植物學(xué)報. 2010(08)
[8]麻黃屬rbcL基因的適應(yīng)性進化檢測與結(jié)構(gòu)模建[J]. 劉念,王慶彪,陳婕,朱勇,扎西次仁,胡祎瑤,陳凡,鐘揚.  科學(xué)通報. 2010(14)
[9]蛋白質(zhì)共進化分析研究進展[J]. 呂品一,鄭珩,勞興珍.  生物信息學(xué). 2010(01)
[10]串珠藻目植物的系統(tǒng)發(fā)育-基于rbcL序列的證據(jù)[J]. 李強,吉莉,謝樹蓮.  水生生物學(xué)報. 2010(01)

博士論文
[1]淡水紅藻不同譜系的系統(tǒng)分類和進化歷史研究[D]. 南芳茹.山西大學(xué) 2017

碩士論文
[1]酵母科F-box基因家族的進化分析[D]. 姚明月.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2015



本文編號：3486386