發(fā)布時(shí)間：2021-11-06 12:24

　　【目的】利用權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（weighted gene co-expression network analysis, WGCNA）探索埃及伊蚊Aedes aegypti不同組織基因共表達(dá)模式�！痉椒ā繌腘CBI SRA數(shù)據(jù)庫(kù)中選擇埃及伊蚊不同組織的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中具代表性的9種組織（雌雄成蚊的觸角和腦,雌蚊的喙、下顎須和卵巢,雄成蚊的前足、中足、后足和腹部末端）的雙端測(cè)序數(shù)據(jù);經(jīng)過(guò)缺失值移除以及方差計(jì)算后,篩選出方差最大的5 000個(gè)基因,利用R軟件中WGCNA包建立埃及伊蚊成蚊不同組織的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)并劃分模塊;然后利用clusterProfiler包對(duì)組織特異性模塊內(nèi)的基因進(jìn)行GO（Gene Ontology）和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）富集分析,并用Cytoscape軟件中的CytoHubba插件篩選共表達(dá)模塊內(nèi)的hub基因�！窘Y(jié)果】從埃及伊蚊成蚊不同組織中共鑒定出11個(gè)基因共表達(dá)模塊,在雌蚊觸角、喙、卵巢、下顎須以及雄蚊腦、腹部末端組織中各鑒定出1個(gè)特異性表達(dá)模塊,雄蚊前足、中足和后足組織中無(wú)特異性表達(dá)模塊。... 

【文章來(lái)源】：昆蟲(chóng)學(xué)報(bào). 2020,63(10)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：12 頁(yè)

【部分圖文】：

埃及伊蚊成蚊不同組織基因共表達(dá)模塊

通過(guò)篩選發(fā)現(xiàn)在11個(gè)模塊中有6個(gè)為高度的組織特異性模塊(r>0.65, P<0.05)(圖3)。在雌成蚊觸角、喙、卵巢、下顎須以及雄成蚊腦和腹部末端組織中各鑒定出1個(gè)特異性模塊。green模塊與雌成蚊觸角存在高度相關(guān)性(r=0.69, P=4E-06),purple模塊與雌成蚊喙存在高度相關(guān)性(r=0.8, P=4E-09),turquoise模塊與雌成蚊卵巢存在高度正相關(guān)性(r=0.96, P=4E-20),red模塊與雌成蚊下顎須存在高度正相關(guān)性(r=0.69, P=4E-06)。與雄成蚊腦高度正相關(guān)的模塊為blue模塊(r=0.7, P=2E-06),與雄成蚊腹部末端高度正相關(guān)的模塊為magenta模塊(r=0.96, P=2E-37)。6個(gè)組織特異性模塊中沒(méi)有任何一個(gè)模塊和雄成蚊前足、中足、后足存在較高相關(guān)性。推測(cè)可能是這3個(gè)組織中的基因主要進(jìn)行基本的生命活動(dòng),因此沒(méi)有特異性的模塊與之對(duì)應(yīng)。2.3 組織特異性模塊GO和KEGG富集分析

已知AAEL007373和AAEL008046可能參與埃及伊蚊尋找宿主過(guò)程中氨的檢測(cè)(Matthews et al., 2016)。基于WGCNA分析結(jié)果,發(fā)現(xiàn)AAEL007373被劃分到green模塊,該模塊基因在雌/雄成蚊觸角中高表達(dá);AAEL008046被劃分到blue模塊,該模塊基因在雌/雄成蚊腦中高表達(dá)。以這兩個(gè)基因?yàn)楹诵臉?gòu)建局部網(wǎng)絡(luò)(圖5),發(fā)現(xiàn)green模塊內(nèi)的基因AAEL007373與離子通道型受體基因AAEL000047、氣味受體基因AAEL015147和AAEL005999等具有較高互作網(wǎng)絡(luò)關(guān)系;green模塊內(nèi)的核心基因AAEL014089, AAEL007669, AAEL012424, AAEL010426, AAEL001510和AAEL013197也均與其存在互作。blue模塊內(nèi)的基因AAEL008046與AAEL004246, AAEL006825和AAEL000504等存在關(guān)聯(lián);blue模塊內(nèi)的核心基因AAEL002896, AAEL010918和AAEL001696也與其存在互作網(wǎng)絡(luò)關(guān)系。3 討論與結(jié)論

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]利用WGCNA進(jìn)行棉花果枝節(jié)間伸長(zhǎng)相關(guān)基因共表達(dá)模塊鑒定[J]. 巨飛燕,張思平,劉紹東,馬慧娟,陳靜,葛常偉,沈倩,張小萌,劉瑞華,趙新華,張永江,龐朝友.  棉花學(xué)報(bào). 2019(05)
[2]瘧疾媒介中華按蚊觸角感器的掃描電鏡觀察[J]. 張靜,張晶晶,史宗畔,閆振天,陳斌,何正波.  昆蟲(chóng)學(xué)報(bào). 2019(03)
[3]利用WGCNA進(jìn)行玉米花期基因共表達(dá)模塊鑒定[J]. 楊宇昕,桑志勤,許誠(chéng),代文雙,鄒棖.  作物學(xué)報(bào). 2019(02)
[4]蚊科昆蟲(chóng)分類(lèi)及區(qū)系研究歷史和現(xiàn)狀概述[J]. 付文博,陳斌.  昆蟲(chóng)學(xué)報(bào). 2018(01)

博士論文
[1]加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（WGCNA）探索肺腺癌中的功能基因模塊[D]. 趙志洪.北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院 2017

碩士論文
[1]中華按蚊化感組織的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及化感基因的表達(dá)譜分析[D]. 張晶晶.重慶師范大學(xué) 2019



本文編號(hào)：3479827