目的:表觀遺傳學改變包括DNA甲基化、組蛋白修飾、RNA調控和染色質重塑等,可以通過影響基因突變、表達調控、細胞增殖等調節(jié)基因轉錄活性和表達。抑癌基因啟動子區(qū)高甲基化導致基因失活是表觀遺傳變異的重要機制之一,與腫瘤發(fā)生、發(fā)展密切相關。多項研究報道抑癌基因如P16、RASSF1A、Runx3、PCDH10、hMLH1等啟動子區(qū)甲基化與基因表達沉默密切相關,參與胃癌發(fā)生及進展。目前,用于差異性甲基化、差異性表達基因篩選的方法有多種,其中生物信息學分析是利用應用數(shù)學、信息學、統(tǒng)計學和計算機科學的方法研究生物學問題。相較于基礎生物研究,生物信息學研究是在全基因組研究基礎上得到的數(shù)據(jù)結果,更為宏觀�；蛐酒ㄓ址QDNA芯片、生物芯片）是生物信息學分析主要的媒介工具,測序原理為雜交測序方法。其中,甲基化芯片使全基因組甲基化分析成為可能,基因表達譜芯片則可以分析全基因組中腫瘤相關差異表達基因。以往利用基因芯片進行的研究,通常只是單一的甲基化譜或基因表達譜分析,或僅聚焦于某一個基因的甲基化與表達間關聯(lián)分析,而將二者相結合并經一致性分析并驗證,則有望明確胃癌發(fā)生發(fā)展過程中真正受甲基化調控的基因,并以此為... 

【文章來源】：中國醫(yī)科大學遼寧省

【文章頁數(shù)】：51 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

.2差異甲基化-差異表達基因富集分析3.1差異甲基化-差異表達基因篩選

hsa05212 Pancreatic cancer 化-差異表達基因蛋白相互作用網絡構建和核心基異基因提交到 STRING 數(shù)據(jù)庫后，在高甲基化低表在 650 個相互作用關系，另外在低甲基化高表達基相互作用關系。差異基因的蛋白相互作用網絡圖見網絡中，我們使用 centiscape 篩選網絡中的連接數(shù)甲基化低表達基因組中，前 10 核心基因為：鈣感趨化因子配體 12（CXCL12），雌激素受體 1（ES，神經介肽 U 受體 1（NMUR1），生長抑素（SS亡調節(jié)因子 Bcl-2（BCL2），鳥嘌呤核苷酸結合蛋白AS）和 cAMP 依賴性蛋白激酶催化亞基 β（PRKAC，沒有蛋白之間的連接數(shù)大于 10。

圖 3.3 低甲基化高表達基因的蛋白相互作用網絡圖析CODE 插件，我們對相互作用網絡進行分析，得到達組我們得到 9 組模型，而在低甲基化高表達組得基化地表達組進行富集分析（圖 3.4），其中模型 體活性和神經受體-配體相互作用相關。模型 3 主要鉀通道活性相關。在低甲基化高表達組中的富集分導途徑相關（圖 3.5）。

【參考文獻】：
期刊論文
[1]Hypermethylation of TGF-β1 gene promoter in gastric cancer[J]. Yong-Qi Wang,Yu-Min Li,Xun Li,Tao Liu,Xiao-Kang Liu,Jun-Qiang Zhang,Ju-Wu Guo,Ling-Yun Guo,Liang Qiao.  World Journal of Gastroenterology. 2013(33)
[2]CpG island methylator phenotype and Helicobacter pylori infection associated with gastric cancer[J]. Ji-Bin Liu,Xu-Ming Wu,Jin Cai,Jin-Ye Zhang,Jin-Lin Zhang,Min-Xin Shi,Fu-Lin Qiang,Tumor Institute,Nantong Tumor Hospital,Nantong 226361,Jiangsu Province,China Shu-Hui Zhou,School of Radiology and Public Health,Soochow University,Suzhou 215123,Jiangsu Province,China.  World Journal of Gastroenterology. 2012(36)
[3]Carcinoma of the stomach: A review of epidemiology, pathogenesis, molecular genetics and chemoprevention[J]. Siddavaram Nagini.  World Journal of Gastrointestinal Oncology. 2012(07)
[4]p16 promoter hypermethylation:A useful serum marker for early detection of gastric cancer[J]. Mohammad Reza Abbaszadegan,Omeed Moaven,Hamid Reza Sima,Kamran Ghafarzadegan,Azadeh A’rabi,Mohammad Naser Forghani,Hamid Reza Raziee,Ali Mashhadinejad,Mostafa Jafarzadeh,Ehsan Esmaili-Shandiz,Ezzat Dadkhah.  World Journal of Gastroenterology. 2008(13)



本文編號：3473745