目的基于CMap數(shù)據(jù)庫(kù)篩選骨質(zhì)疏松癥（OP）相關(guān)基因及潛在治療藥物,為OP的治療提供新思路。方法檢索GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中關(guān)于OP的相關(guān)芯片,采用R語(yǔ)言分析差異基因;檢索疾病基因公共數(shù)據(jù)庫(kù),獲得已知OP的相關(guān)致病基因,通過(guò)映射獲得OP的致病關(guān)鍵靶點(diǎn),構(gòu)建作用靶點(diǎn)的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用關(guān)系（PPI）網(wǎng)絡(luò),利用DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)關(guān)鍵基因進(jìn)行GO分析和KEGG通路分析,采用關(guān)聯(lián)性圖譜（CMap）數(shù)據(jù)庫(kù)篩選出負(fù)相關(guān)的小分子化合物。結(jié)果檢索GEO數(shù)據(jù)庫(kù)篩選出GSE56116的芯片,利用R語(yǔ)言分析篩選出69個(gè)上調(diào)基因和106個(gè)下調(diào)基因;通過(guò)檢索GAD、TTD、OMIM、DrugBank、PharmGKB和DisGeNET數(shù)據(jù)庫(kù),得到691個(gè)與OP發(fā)病相關(guān)的已知靶點(diǎn),通過(guò)映射獲得OP致病的14個(gè)關(guān)鍵基因;DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)富集分析結(jié)果顯示,OP關(guān)鍵靶點(diǎn)主要與免疫反應(yīng)、對(duì)過(guò)氧化氫的反應(yīng)、抗原處理和呈遞等生物學(xué)過(guò)程相關(guān)。借助CMap數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)果顯示,地高辛、橙皮苷等小分子化合物具有較高的負(fù)相關(guān)。結(jié)論借助生物信息學(xué)和CMap數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘,地高辛和橙皮苷等小分子化合物可能為OP的候選治療藥物。同時(shí),本研究方法為發(fā)現(xiàn)疾病... 

【文章來(lái)源】：西部醫(yī)學(xué). 2020,32(08)

【文章頁(yè)數(shù)】：6 頁(yè)

【部分圖文】：

基于CMap數(shù)據(jù)庫(kù)篩選OP相關(guān)基因及候選治療藥物的流程圖

通過(guò)對(duì)基因芯片進(jìn)行分析,獲取OP患者和健康志愿者的外周血液中基因改變,進(jìn)一步分析OP可能的作用靶點(diǎn)是否與這些明顯改變的基因相關(guān)。利用Limma包分析GEO芯片數(shù)據(jù)庫(kù)中GSE56116數(shù)據(jù)集,共找出175個(gè)明顯影響和改變的基因,其中69個(gè)上調(diào)基因和106個(gè)下調(diào)基因,這些基因可能與OP作用機(jī)制密切相關(guān)。采用R語(yǔ)言繪制差異表達(dá)基因的火山圖,見圖2。2.2 基于公共數(shù)據(jù)庫(kù)的OP致病靶點(diǎn)

OP關(guān)鍵靶點(diǎn)的熱圖分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]原發(fā)性骨質(zhì)疏松癥診治指南（2011年）[J].   中華骨質(zhì)疏松和骨礦鹽疾病雜志. 2011(01)



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