目的:從公共數據庫下載分析數據,運用生物信息學的方法,篩選與胰腺癌發(fā)生和預后相關的關鍵基因,初步探尋相關基因在胰腺癌中的作用機制;挑選預后相關的ITGB6基因,分析其與胰腺癌臨床病理特征的關系,研究ITGB6在胰腺癌中的作用機制,研究ITGB6下調表達對胰腺癌AsPC-1細胞增殖、凋亡和細胞周期的影響。方法:在GEO數據庫中查找數據集,采用在線工具GEO2R分析得到差異基因;然后使用DAVID數據庫進行GO富集分析差異基因的主要分子功能和生物學行為,運用KEGG信號途徑富集分析差異基因作用的信號通路;運用String和Cytoscape構建PPI網絡得到關鍵基因,在GEPIA數據庫提取其中影響胰腺癌預后的基因,同時使用DGIdb探索藥物基因相互作用,初步預測胰腺癌潛在的靶向治療藥物。結合Oncomine和GEPIA分析ITGB6基因在各種腫瘤中的表達情況;從TCGA下載胰腺癌臨床信息的數據,研究ITGB6對胰腺癌臨床病理特征的影響;再構建ITGB6相關基因的PPI網絡,運用metascape分析ITGB6的分子機制;在TIMER數據庫中探索ITGB6表達與免疫浸潤細胞之間的相關性;最后... 

【文章來源】：江蘇大學江蘇省

【文章頁數】：69 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

三個數據集中的基因表達火山圖（紅色代表上調基因，綠色代表下調基因）

基于生物信息學胰腺癌關鍵基因的篩選和ITGB6在胰腺癌中的表達及機制8green：down-regulatedgenes）圖2.2共同差異基因的維恩圖Figure2.2VenndiagramofcommonDEGsfromthreeindependentmicroarraydatasets表2.2三個微陣列數據集中72個共同差異基因Table2.272commonDEGsinthethreemicroarraydatasets類別基因名稱下調基因ALB，ANPEP，AQP8，CELA2B，EGF，ERO1B，ERP27，FGL1，GP2，KIAA1324，KLK1，PAIP2B，PDIA2，PDK4，PNLIPRP1，PNLIPRP2，RBPJL，SERPINI2，TMED6，TRHDE上調基因AGR2，AHNAK2，ANLN，ANTXR1，ANXA10，CEACAM5，CEACAM6，CEMIP，CLDN18，COL10A1，COL11A1，COL12A1，COL1A1，CP，CST1，CTRL，CTSE，CXCL5，DPCR1，EDIL3，FERMT1，FN1，FXYD3，GABRP，GATM，INHBA，ITGA2，ITGB6，KRT1，KRT19，KRT7，LAMB3，LAMC2，MMP11，MMP12，NOX4，NR5A2，PLAC8，POSTN，SDR16C5，SERPINB5，SLC6A14，SLPI，SULF1，TCN1，TFF1，THBS2，TMC5，TMPRSS4，TSPAN1，VCAN，VSIG12.2.2差異基因富集分析結果為了進一步研究差異基因在胰腺癌發(fā)展中的作用，使用DAVID數據庫對DEGs進行GO分析和KEGG富集。GO分析發(fā)現，DEGs主要參與細胞外基質形成，細胞粘附，表皮細胞分化，膠原分解代謝，細胞外基質分解等生物過程。參與細胞外空間，細胞外區(qū)域，細胞外囊泡，細胞外基質等細胞組份的形成。還發(fā)現了其他分子功能，例如鈣離子結合，絲氨酸型內肽酶活性，蛋白二硫鍵異構

江蘇大學碩士學位論文9酶活性，整合素結合。通過KEGG信號通路分析，發(fā)現DEGs主要參與ECM-受體相互作用，粘著斑信號途徑，PI3K-Akt信號通路，蛋白質消化吸收以及胰腺分泌通路等。圖2.3差異基因的GO富集和KEGG信號通路氣泡圖（GO富集項；KEGG富集項），P＜0.05具有統(tǒng)計意義Figure2.3BubblemapforGOandKEGGpathwayanalysesofDEGs（GOtermandKEGGterm）.AP-value＜0.05wasconsideredstatisticallysignificant

【參考文獻】：
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本文編號：3460757