油茶（Camellia oleifera Abel.）是我國(guó)南方特有的木本食用油料樹種,炭疽病是油茶的主要病害,抗病油茶良種是油茶產(chǎn)業(yè)化發(fā)展必要的基礎(chǔ)條件,但油茶抗病潛在的分子機(jī)制至今還不清楚。MicroRNA（miRNA）是一類廣泛存在于真核生物中具有調(diào)控功能的內(nèi)源性非編碼單鏈RNA,長(zhǎng)度約20-24個(gè)核苷酸,在生長(zhǎng)發(fā)育和逆境脅迫應(yīng)答中具有重要的調(diào)控作用。本研究利用高通量測(cè)序分析技術(shù)和生物信息學(xué)等手段,通過對(duì)油茶的miRNAs表達(dá)譜分析,共挖掘出了油茶中93個(gè)家族的226個(gè)保守miRNAs及54個(gè)新miRNAs。利用TargetFinder軟件對(duì)抗病油茶品種和易感油茶品種差異表達(dá)的miRNAs進(jìn)行了靶基因預(yù)測(cè)和功能注釋,發(fā)現(xiàn)了可能參與油茶生長(zhǎng)發(fā)育中蛋白質(zhì)合成、新陳代謝、以及響應(yīng)逆境脅迫等過程的油茶miRNAs,其中有8個(gè)抗病相關(guān)的miRNAs。篩選出的miRNAs和候選靶基因還有待進(jìn)一步利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR和特殊莖環(huán)qRT-PCR進(jìn)行驗(yàn)證。研究結(jié)果豐富了油茶miRNA信息,也為進(jìn)一步揭示油茶的抗炭疽病分子機(jī)制奠定了重要基礎(chǔ)。此外,作為上述研究的補(bǔ)充,在生理生化水平上,本研究對(duì)自然狀... 

【文章來源】：安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)安徽省

【文章頁(yè)數(shù)】：103 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

油茶品種RNA質(zhì)量檢測(cè)

圖 3.2 小 RNA 文庫(kù)構(gòu)建流程圖Figure 3.2 Flow chart of small RNAlibrary construction.3.2 測(cè)序數(shù)據(jù)生物學(xué)分析對(duì)利用 Illumina Hisep 2000/2500 測(cè)序獲得的原始序列，使用聯(lián)川生的軟件，即 ACGT101-miR (LCSciences,Houston,Texas,USA) 進(jìn)行分1. 去除 3′接頭及垃圾序列，獲取 clean data；2. 長(zhǎng)度篩選：保留堿基長(zhǎng)度在 18-25nt 的序列；3. 各種 RNA 數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)分析：將剩余序列比對(duì)（不含 miRNA）mRepbase 數(shù)據(jù)庫(kù)，并進(jìn)行過濾；4. miRNAs 鑒定：獲取有效數(shù)據(jù)后，比對(duì)前體和基因組進(jìn)行 miRN.3.3 保守 miRNAs 鑒定把注釋后剩余的小 RNA 序列，通過 BLAST 比對(duì)到 miRBase21.0 數(shù)和基因組進(jìn)行比對(duì)，分析 5′和 3′末端長(zhǎng)度變化同時(shí)允許序列中況出現(xiàn)。由此獲得的成熟序列 miRNAs 即為油茶保守 miRNAs。通

圖 3.3 油茶 clean reads 總數(shù)的長(zhǎng)度統(tǒng)計(jì)Fig3.3 Length distribution of Total clean reads of C. oleifera圖 3.4 油茶 clean reads 種數(shù)的長(zhǎng)度統(tǒng)計(jì)Fig3.4 Length distribution of Unique clean reads of C. oleifera


本文編號(hào)：3460850