薄皮甜瓜(Cucumis melo L. var. chinensis Pangalo)果皮花斑的遺傳分析及基因定位
發(fā)布時間:2021-10-20 10:43
甜瓜(Cucumis melo L.),屬葫蘆科甜瓜屬(2n=2x=24),是一年生的蔓性草本植物,我國甜瓜的播種面積居世界第一。薄皮甜瓜是中國特色品種,因為具有較好的經(jīng)濟效益,種植的面積逐年增長。本試驗以薄皮甜瓜(Cucumis melo L.var.chinensis Pangalo)材料IM16559(P1,無斑)、IM16553(P2,有斑)及其配制的F1(正交)、F’1(反交)、F2群體、BC1P1群體和BC1P2群體為材料,將六世代群體田間調(diào)查結(jié)果和F2群體有斑、無斑DNA混池測序結(jié)果相結(jié)合,得到薄皮甜瓜果皮花斑基因的初步候選區(qū)間。又擴大群體,通過重組單株的篩選和分子標(biāo)記的加密進一步縮小區(qū)間,挖掘與基因連鎖的分子標(biāo)記并進行候選區(qū)間的分析。本試驗的研究結(jié)果如下:1.薄皮甜瓜果皮花斑的遺傳分析田間調(diào)查發(fā)現(xiàn),P2、F1(...
【文章來源】:中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市
【文章頁數(shù)】:53 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
技術(shù)路線
士學(xué)位論文 第二章 薄皮甜瓜果第二章 薄皮甜瓜果皮花斑的遺傳分析性狀是甜瓜重要的外觀品質(zhì)之一,目前國內(nèi)外對于甜瓜果皮花群體進行性狀的遺傳分析在植物中有廣泛的應(yīng)用,如黃瓜(申,2012)、甘藍(Han et al., 2015)等。本研究采用薄皮甜瓜(C)構(gòu)建的六世代群體為材料,通過表型的調(diào)查和分析來明確果皮礎(chǔ)研究進行了一定的補充。法驗材料是 2 份薄皮甜瓜(Cucumis melo L. var. chinensis Pangal綠色點狀花斑的 IM16553 及其構(gòu)建的六世代群體。親本及雜交驗材料均由中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜花卉研究所西甜瓜課題組提供
業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文 第三章 薄皮甜瓜果皮花斑基因 CmSp-1 的 測序數(shù)據(jù)的質(zhì)控于測序起點處存在少量 DNA 簇的重疊,分析軟件在對重疊區(qū)進行分析時 5′ 端前誤率相對較高。由于測序過程中化學(xué)試劑的消耗,測序錯誤率會隨著序列長度的增而在對堿基測序質(zhì)量進行分析時,樣品中分布在前 4 個堿基和后十幾個堿基的質(zhì)量測序堿基。錯誤率分布如圖 3.2 所示,橫坐標(biāo)為 reads 的堿基位置,縱坐標(biāo)為單堿151 bp為雙端測序序列的第一端測序reads的錯誤率分布情況,后151 bp為另一端測率分布情況。由圖 3.2 可以看出,測序序列堿基質(zhì)量分布在前 4 個堿基和后十幾個會低于中間測序堿基,但其質(zhì)量值都高于 Q30,表明測序序列正確率高于 99.9%,分析。堿基類型分布用于檢測有無 AT、GC 分離現(xiàn)象(圖 3.3),根據(jù)堿基互補配對T 和 C 與 G 的含量分別是一致的,圖中橫坐標(biāo)為 reads 的堿基位置,縱坐標(biāo)為堿基所色、藍色、紅色、紫色分別代表堿基 G、C、A、T,灰色代表測序中識別不出的堿1 bp 為雙端測序序列的第一端測序 reads 的堿基分布,后 151 bp 為另一端測序 reads結(jié)果顯示 AT、CG 堿基基本不發(fā)生分離且曲線較平緩,說明測序結(jié)果正常。
本文編號:3446766
【文章來源】:中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市
【文章頁數(shù)】:53 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
技術(shù)路線
士學(xué)位論文 第二章 薄皮甜瓜果第二章 薄皮甜瓜果皮花斑的遺傳分析性狀是甜瓜重要的外觀品質(zhì)之一,目前國內(nèi)外對于甜瓜果皮花群體進行性狀的遺傳分析在植物中有廣泛的應(yīng)用,如黃瓜(申,2012)、甘藍(Han et al., 2015)等。本研究采用薄皮甜瓜(C)構(gòu)建的六世代群體為材料,通過表型的調(diào)查和分析來明確果皮礎(chǔ)研究進行了一定的補充。法驗材料是 2 份薄皮甜瓜(Cucumis melo L. var. chinensis Pangal綠色點狀花斑的 IM16553 及其構(gòu)建的六世代群體。親本及雜交驗材料均由中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜花卉研究所西甜瓜課題組提供
業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文 第三章 薄皮甜瓜果皮花斑基因 CmSp-1 的 測序數(shù)據(jù)的質(zhì)控于測序起點處存在少量 DNA 簇的重疊,分析軟件在對重疊區(qū)進行分析時 5′ 端前誤率相對較高。由于測序過程中化學(xué)試劑的消耗,測序錯誤率會隨著序列長度的增而在對堿基測序質(zhì)量進行分析時,樣品中分布在前 4 個堿基和后十幾個堿基的質(zhì)量測序堿基。錯誤率分布如圖 3.2 所示,橫坐標(biāo)為 reads 的堿基位置,縱坐標(biāo)為單堿151 bp為雙端測序序列的第一端測序reads的錯誤率分布情況,后151 bp為另一端測率分布情況。由圖 3.2 可以看出,測序序列堿基質(zhì)量分布在前 4 個堿基和后十幾個會低于中間測序堿基,但其質(zhì)量值都高于 Q30,表明測序序列正確率高于 99.9%,分析。堿基類型分布用于檢測有無 AT、GC 分離現(xiàn)象(圖 3.3),根據(jù)堿基互補配對T 和 C 與 G 的含量分別是一致的,圖中橫坐標(biāo)為 reads 的堿基位置,縱坐標(biāo)為堿基所色、藍色、紅色、紫色分別代表堿基 G、C、A、T,灰色代表測序中識別不出的堿1 bp 為雙端測序序列的第一端測序 reads 的堿基分布,后 151 bp 為另一端測序 reads結(jié)果顯示 AT、CG 堿基基本不發(fā)生分離且曲線較平緩,說明測序結(jié)果正常。
本文編號:3446766
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