發(fā)布時(shí)間：2021-10-09 19:07

　　類受體蛋白激酶作為定位在細(xì)胞膜上,負(fù)責(zé)感知外界信號(hào),傳遞信息的重要信號(hào)通路成員,在植物生長(zhǎng)過程中起著不可或缺的作用。其中,LRR型類受體蛋白激酶是植物類受體蛋白激酶中最大的一類家族成員。LRR-RLKs在植物的生長(zhǎng)發(fā)育建成,調(diào)控應(yīng)對(duì)外界脅迫過程中都發(fā)揮著重要作用。隨著土地鹽漬化進(jìn)程的日趨嚴(yán)重,培育抗鹽品種植物變得更加重要起來。二穗短柄草作為禾本科模式植物,研究其基因的耐鹽性功能,對(duì)于在其他禾本科作物中的耐鹽應(yīng)用具有重要意義。目前,LRR-RLK基因的功能研究在二穗短柄草中進(jìn)行的還比較少。本文使用生物信息學(xué)手段,通過與擬南芥的LRR-RLKs生物信息相結(jié)合,從二穗短柄草的基因組數(shù)據(jù)中分離出了LRR-RLK基因家族成員。利用系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建,染色體定位分析等方法證明了LRR-RLK基因家族在二穗短柄草中的保守性。同源比對(duì)得出在耐鹽性方面有相關(guān)表達(dá)的基因,結(jié)合反向遺傳學(xué)等實(shí)驗(yàn)手段,構(gòu)建二穗短柄草的PXL1基因表達(dá)載體,驗(yàn)證其在耐鹽性方面的功能作用。主要內(nèi)容如下:1.以擬南芥LRR-RLK保守結(jié)構(gòu)域序列信息作為索引,可以快速比對(duì)到同源性較高的基因序列。通過Pfam等在線網(wǎng)站進(jìn)行結(jié)構(gòu)域篩查,共得到... 

【文章來源】：上海師范大學(xué)上海市

【文章頁(yè)數(shù)】：70 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

二穗短柄草LRR-RLK基因結(jié)構(gòu)圖

第2章二穗短柄草LRR-RLKs的生物信息學(xué)分析上海師范大學(xué)碩士學(xué)位論文162.3.2進(jìn)化樹的構(gòu)建構(gòu)建進(jìn)化樹，可以為預(yù)測(cè)或分析目的基因的可能功能提供一些線索。比如目的基因在進(jìn)化樹上的位置可能會(huì)在與其進(jìn)化關(guān)系相近，功能相近的基因附近，通過進(jìn)化樹的結(jié)果進(jìn)行分析，可以找到與擬南芥已證實(shí)功能的同源短柄草基因，也便于為短柄草的基因家族進(jìn)行分類，確定最終要研究的二穗短柄草LRR-RLK基因家族成員。為了研究二穗短柄草中LRR-RLK基因家族成員的進(jìn)化關(guān)系，所有成員的蛋白序列都通過Clustal網(wǎng)站進(jìn)行了比對(duì)分析，比對(duì)分析的結(jié)果輸入MEGA軟件中，構(gòu)建進(jìn)化樹。為了更好地對(duì)二穗短柄草中LRR-RLK基因家族成員進(jìn)行分類。參考根據(jù)蛋白激酶的HMM搜索比對(duì)方法，一篇文章中提到對(duì)擬南芥和薔薇科的LRR-RLK基因家族成員進(jìn)行分類，共把這些基因歸類到23個(gè)亞家族中，結(jié)果的準(zhǔn)確性也在另一篇文章中得到了證實(shí)。依照這種方法，將擬南芥的225個(gè)LRR-RLK基因家族成員和二穗短柄草中的268個(gè)成員進(jìn)行多序列比對(duì)和構(gòu)建同源進(jìn)化樹，聚類結(jié)果作為分類的依據(jù)[40,63]圖2-2二穗短柄草LRR-RLK基因家族進(jìn)化樹

第 2 章 二穗短柄草 LRR-RLKs 的生物信息學(xué)分析 上海師范大學(xué)碩士學(xué)位論文僅包含 28 個(gè)（圖 2-3）。這也與染色體長(zhǎng)度有一定關(guān)系。通過計(jì)算染色體的LRR-RLK 基因分布密度，即染色體基因密度=染色體上基因數(shù)/染色體長(zhǎng)度，結(jié)果見表 2-1，可以得到，LRR-RLK 基因家族在二穗短柄草的五條染色體上分布較為均勻的結(jié)論。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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[4]植物模式識(shí)別受體激酶FLS2配體識(shí)別及其激活機(jī)制研究[D]. 孫亞東.清華大學(xué) 2015

碩士論文
[1]MORC基因家族的鑒定及其在綠色植物中的進(jìn)化研究[D]. 董煒.福建農(nóng)林大學(xué) 2019
[2]蘋果酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白MdALMT14調(diào)控蘋果耐鹽的功能研究[D]. 路靜.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019
[3]楊樹LRR-RLK基因家族的生物信息學(xué)分析及木材發(fā)育相關(guān)基因的克隆[D]. 袁煒.天津大學(xué) 2012
[4]十字花科植物基因組共線性關(guān)系的研究及應(yīng)用[D]. 方璐.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2012



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