類受體蛋白激酶作為定位在細胞膜上,負責感知外界信號,傳遞信息的重要信號通路成員,在植物生長過程中起著不可或缺的作用。其中,LRR型類受體蛋白激酶是植物類受體蛋白激酶中最大的一類家族成員。LRR-RLKs在植物的生長發(fā)育建成,調(diào)控應對外界脅迫過程中都發(fā)揮著重要作用。隨著土地鹽漬化進程的日趨嚴重,培育抗鹽品種植物變得更加重要起來。二穗短柄草作為禾本科模式植物,研究其基因的耐鹽性功能,對于在其他禾本科作物中的耐鹽應用具有重要意義。目前,LRR-RLK基因的功能研究在二穗短柄草中進行的還比較少。本文使用生物信息學手段,通過與擬南芥的LRR-RLKs生物信息相結合,從二穗短柄草的基因組數(shù)據(jù)中分離出了LRR-RLK基因家族成員。利用系統(tǒng)進化樹構建,染色體定位分析等方法證明了LRR-RLK基因家族在二穗短柄草中的保守性。同源比對得出在耐鹽性方面有相關表達的基因,結合反向遺傳學等實驗手段,構建二穗短柄草的PXL1基因表達載體,驗證其在耐鹽性方面的功能作用。主要內(nèi)容如下:1.以擬南芥LRR-RLK保守結構域序列信息作為索引,可以快速比對到同源性較高的基因序列。通過Pfam等在線網(wǎng)站進行結構域篩查,共得到... 

【文章來源】：上海師范大學上海市

【文章頁數(shù)】：70 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

二穗短柄草LRR-RLK基因結構圖

第2章二穗短柄草LRR-RLKs的生物信息學分析上海師范大學碩士學位論文162.3.2進化樹的構建構建進化樹，可以為預測或分析目的基因的可能功能提供一些線索。比如目的基因在進化樹上的位置可能會在與其進化關系相近，功能相近的基因附近，通過進化樹的結果進行分析，可以找到與擬南芥已證實功能的同源短柄草基因，也便于為短柄草的基因家族進行分類，確定最終要研究的二穗短柄草LRR-RLK基因家族成員。為了研究二穗短柄草中LRR-RLK基因家族成員的進化關系，所有成員的蛋白序列都通過Clustal網(wǎng)站進行了比對分析，比對分析的結果輸入MEGA軟件中，構建進化樹。為了更好地對二穗短柄草中LRR-RLK基因家族成員進行分類。參考根據(jù)蛋白激酶的HMM搜索比對方法，一篇文章中提到對擬南芥和薔薇科的LRR-RLK基因家族成員進行分類，共把這些基因歸類到23個亞家族中，結果的準確性也在另一篇文章中得到了證實。依照這種方法，將擬南芥的225個LRR-RLK基因家族成員和二穗短柄草中的268個成員進行多序列比對和構建同源進化樹，聚類結果作為分類的依據(jù)[40,63]圖2-2二穗短柄草LRR-RLK基因家族進化樹

第 2 章 二穗短柄草 LRR-RLKs 的生物信息學分析 上海師范大學碩士學位論文僅包含 28 個（圖 2-3）。這也與染色體長度有一定關系。通過計算染色體的LRR-RLK 基因分布密度，即染色體基因密度=染色體上基因數(shù)/染色體長度，結果見表 2-1，可以得到，LRR-RLK 基因家族在二穗短柄草的五條染色體上分布較為均勻的結論。

【參考文獻】：
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