癌癥的發(fā)生率以及死亡率日益上升,其防治的關(guān)鍵在于早診斷、早治療。但由于癌癥的復(fù)雜性,其機制的揭示成為世界難題。目前基于大數(shù)據(jù)的癌癥研究是癌癥機制揭示重要手段之一。本研究從TGGA中獲取11種人類常見癌癥的大數(shù)據(jù)（包括乳腺浸潤性癌、結(jié)腸癌、結(jié)直腸腺癌、頭頸癌、腎透明細胞癌、腎乳頭狀細胞癌、肝癌、肺腺癌、肺鱗癌、胃腺癌和胸腺癌）,并分別對這11種癌癥病人的基因組突變數(shù)據(jù)、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),及兩者整合的數(shù)據(jù)進行分析和研究。研究結(jié)果如下:本研究首先通過對癌癥基因組分析,發(fā)現(xiàn)癌癥晚期細胞群異質(zhì)性高的原因與癌癥早期的原因可能并不相同。通過分析正常組與癌癥組之間基因共表達關(guān)系的變化,發(fā)現(xiàn)在癌癥組織中轉(zhuǎn)錄因子和靶基因之間普遍存在的相關(guān)關(guān)系下降的現(xiàn)象,并篩選出可能對癌癥有重要影響作用的普遍性的和特異性的轉(zhuǎn)錄因子-靶基因基因?qū)�。其中一些基因�(qū)?如XRCC5-XRCC6,已經(jīng)被報道與多種癌癥的進展相關(guān),而另一些基因?qū)?如IRF1-PSMB9,分析其可能參與肺癌、腎癌相關(guān)癌癥發(fā)展通路;如CENPA-NEK2,可能與腎癌、胃腺癌和胸腺癌的發(fā)展相關(guān),但仍沒文獻報道這些基因?qū)εc癌癥的聯(lián)系。因而這些基因?qū)O有潛力成為新的癌... 

【文章來源】：華南理工大學廣東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：77 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

正常組織與癌癥組織平均PCC值對比（早期和晚期）

華南理工大學碩士學位論文24圖.3-5 正常組織與癌癥組織平均 PCC 值對比（stage1-4）Fig.3-5 The average PCC values of TF-TG pairs between HC and tumor tissues (stage1-4)3.3.3 癌癥的普遍性與特異性分析為了挖掘出組織特異性 TF-TG 基因?qū)痛嬖谟诙喾N癌癥類型中的普遍性 TF-TG 基因?qū)�，我們作進一步過濾以篩選出符合要求的基因?qū)Ατ谡＝M，正常組織中 r_hc>0.8，而在早期和晚期的癌癥組織中 r_tumor<0.4 的基因?qū)Ρ欢x為正常組的特異 TF-TG 基因?qū)�。對于癌癥組，正常組織中 r_hc<0.4，而在早期或晚期的癌組織中 r_tumor>0.8 的基因?qū)Ρ欢x為早期或晚期的特異基因?qū)Α７謩e對 11 種癌癥進行篩選后，為探究癌癥之間的共性與特異性，我們跨癌癥分析對比篩選獲得的 TF-TG 基因?qū)�。我們定義在多種癌癥中都能篩選出的 TF-TG 基因?qū)槠毡樾?TF-TG 基因?qū)Γ辉谝环N癌癥中被篩選出來的 TF-TG 基因?qū)榻M織特異性 TF-TG 基因?qū)Α?.3.4 癌癥細胞系驗證為了檢驗對比分析結(jié)果的準確性

第四章 泛癌癥基因突變與表達整合分析39圖.4-1 候選癌癥驅(qū)動基因與差異表達基因?qū)Ρ确治鼋Y(jié)果Fig.4-1 Comparative analysis of candidate cancer driver genes and differentially expressed genes本研究用 DAVID 分析工具對篩選出的潛在癌癥驅(qū)動基因進行 KEGG 和 GO 分析。分析結(jié)果表明（表.4-2），相當一部分分析所得的潛在癌癥癌癥驅(qū)動基因已被實驗證明與癌癥發(fā)生發(fā)展的多種通路相關(guān)。例如 BRCA 篩選出的驅(qū)動基因中約 55.6%的基因已有文獻報道與癌癥的發(fā)生發(fā)展相關(guān)，如 BAX 基因被報道控制其表達量可通過 p53 通路誘導(dǎo)乳腺癌細胞凋亡[125, 126]；KLF4 基因則被報道通過調(diào)控其表達可抑制乳腺癌細胞的腦轉(zhuǎn)移[127]。而 STAD 則有約 45.7%驅(qū)動基因已有文獻報道與癌癥相關(guān)，如 GLI1 基因已被報道其在胃癌中會異常表達可作為 STAD 的標志物[128]，而使其下調(diào)表達能抑制口腔癌、胃癌等癌細胞的惡性分裂[129]；TIAM1 基因則已被報道可作為胃癌細胞發(fā)展以及轉(zhuǎn)移的標志物[130]�？偟膩碚f，在所有篩選出的各類型癌癥的驅(qū)動基因中平均約 45.2%的基因已被報道，這結(jié)果表明本研究篩選得出的潛在癌癥驅(qū)動基因具有一定的準確性。由于數(shù)量較多，表 4-2 只列出部分未被報道的基因

【參考文獻】：
期刊論文
[1]關(guān)于本科生醫(yī)學遺傳學多基因病教學的幾點思考[J]. 潘有福,張志敏,李學英.  現(xiàn)代醫(yī)藥衛(wèi)生. 2017(17)
[2]人類癌癥防控的現(xiàn)狀與展望[J]. 秦健勇.  科技導(dǎo)報. 2015(08)
[3]Ang-2、Tie-2和VEGFR-2表達在大腸癌血管生成和預(yù)后中的作用[J]. 劉新蘭,李亦功,魏建敏,趙艷嬌.  南方醫(yī)科大學學報. 2012(11)
[4]癌癥的起源及發(fā)展現(xiàn)狀[J]. 貝延.  首都醫(yī)藥. 2012(03)
[5]人類癌癥與遺傳的關(guān)系[J]. 鄒姝姝,張虹,喬娜,朱小文.  重慶工學院學報(自然科學版). 2007(10)



本文編號：3405009