癌癥的發(fā)生率以及死亡率日益上升,其防治的關(guān)鍵在于早診斷、早治療。但由于癌癥的復(fù)雜性,其機(jī)制的揭示成為世界難題。目前基于大數(shù)據(jù)的癌癥研究是癌癥機(jī)制揭示重要手段之一。本研究從TGGA中獲取11種人類常見癌癥的大數(shù)據(jù)（包括乳腺浸潤性癌、結(jié)腸癌、結(jié)直腸腺癌、頭頸癌、腎透明細(xì)胞癌、腎乳頭狀細(xì)胞癌、肝癌、肺腺癌、肺鱗癌、胃腺癌和胸腺癌）,并分別對(duì)這11種癌癥病人的基因組突變數(shù)據(jù)、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),及兩者整合的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析和研究。研究結(jié)果如下:本研究首先通過對(duì)癌癥基因組分析,發(fā)現(xiàn)癌癥晚期細(xì)胞群異質(zhì)性高的原因與癌癥早期的原因可能并不相同。通過分析正常組與癌癥組之間基因共表達(dá)關(guān)系的變化,發(fā)現(xiàn)在癌癥組織中轉(zhuǎn)錄因子和靶基因之間普遍存在的相關(guān)關(guān)系下降的現(xiàn)象,并篩選出可能對(duì)癌癥有重要影響作用的普遍性的和特異性的轉(zhuǎn)錄因子-靶基因基因?qū)�。其中一些基因�(qū)?如XRCC5-XRCC6,已經(jīng)被報(bào)道與多種癌癥的進(jìn)展相關(guān),而另一些基因?qū)?如IRF1-PSMB9,分析其可能參與肺癌、腎癌相關(guān)癌癥發(fā)展通路;如CENPA-NEK2,可能與腎癌、胃腺癌和胸腺癌的發(fā)展相關(guān),但仍沒文獻(xiàn)報(bào)道這些基因?qū)εc癌癥的聯(lián)系。因而這些基因?qū)O有潛力成為新的癌... 

【文章來源】：華南理工大學(xué)廣東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：77 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

正常組織與癌癥組織平均PCC值對(duì)比（早期和晚期）

華南理工大學(xué)碩士學(xué)位論文24圖.3-5 正常組織與癌癥組織平均 PCC 值對(duì)比（stage1-4）Fig.3-5 The average PCC values of TF-TG pairs between HC and tumor tissues (stage1-4)3.3.3 癌癥的普遍性與特異性分析為了挖掘出組織特異性 TF-TG 基因?qū)痛嬖谟诙喾N癌癥類型中的普遍性 TF-TG 基因?qū)�，我們作進(jìn)一步過濾以篩選出符合要求的基因?qū)Α?duì)于正常組，正常組織中 r_hc>0.8，而在早期和晚期的癌癥組織中 r_tumor<0.4 的基因?qū)Ρ欢x為正常組的特異 TF-TG 基因?qū)�。�?duì)于癌癥組，正常組織中 r_hc<0.4，而在早期或晚期的癌組織中 r_tumor>0.8 的基因?qū)Ρ欢x為早期或晚期的特異基因?qū)�。分別對(duì) 11 種癌癥進(jìn)行篩選后，為探究癌癥之間的共性與特異性，我們跨癌癥分析對(duì)比篩選獲得的 TF-TG 基因?qū)ΑＮ覀兌x在多種癌癥中都能篩選出的 TF-TG 基因?qū)槠毡樾?TF-TG 基因?qū)�，而只在一種癌癥中被篩選出來的 TF-TG 基因?qū)榻M織特異性 TF-TG 基因?qū)Α?.3.4 癌癥細(xì)胞系驗(yàn)證為了檢驗(yàn)對(duì)比分析結(jié)果的準(zhǔn)確性

第四章 泛癌癥基因突變與表達(dá)整合分析39圖.4-1 候選癌癥驅(qū)動(dòng)基因與差異表達(dá)基因?qū)Ρ确治鼋Y(jié)果Fig.4-1 Comparative analysis of candidate cancer driver genes and differentially expressed genes本研究用 DAVID 分析工具對(duì)篩選出的潛在癌癥驅(qū)動(dòng)基因進(jìn)行 KEGG 和 GO 分析。分析結(jié)果表明（表.4-2），相當(dāng)一部分分析所得的潛在癌癥癌癥驅(qū)動(dòng)基因已被實(shí)驗(yàn)證明與癌癥發(fā)生發(fā)展的多種通路相關(guān)。例如 BRCA 篩選出的驅(qū)動(dòng)基因中約 55.6%的基因已有文獻(xiàn)報(bào)道與癌癥的發(fā)生發(fā)展相關(guān)，如 BAX 基因被報(bào)道控制其表達(dá)量可通過 p53 通路誘導(dǎo)乳腺癌細(xì)胞凋亡[125, 126]；KLF4 基因則被報(bào)道通過調(diào)控其表達(dá)可抑制乳腺癌細(xì)胞的腦轉(zhuǎn)移[127]。而 STAD 則有約 45.7%驅(qū)動(dòng)基因已有文獻(xiàn)報(bào)道與癌癥相關(guān)，如 GLI1 基因已被報(bào)道其在胃癌中會(huì)異常表達(dá)可作為 STAD 的標(biāo)志物[128]，而使其下調(diào)表達(dá)能抑制口腔癌、胃癌等癌細(xì)胞的惡性分裂[129]；TIAM1 基因則已被報(bào)道可作為胃癌細(xì)胞發(fā)展以及轉(zhuǎn)移的標(biāo)志物[130]�？偟膩碚f，在所有篩選出的各類型癌癥的驅(qū)動(dòng)基因中平均約 45.2%的基因已被報(bào)道，這結(jié)果表明本研究篩選得出的潛在癌癥驅(qū)動(dòng)基因具有一定的準(zhǔn)確性。由于數(shù)量較多，表 4-2 只列出部分未被報(bào)道的基因

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3405009