Sox基因家族是一類與哺乳動(dòng)物睪丸決定基因相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子,廣泛存在于整個(gè)生物界中,參與生物的多個(gè)發(fā)育過程。本文中所研究的SoxD亞族屬于Sox基因家族,已經(jīng)被證實(shí)參與小鼠和人等生物的神經(jīng)發(fā)育調(diào)控,在生物神經(jīng)發(fā)育的多個(gè)過程及組織中都有表達(dá),但它在淡水魚中的研究還比較少。本研究首先從本實(shí)驗(yàn)室構(gòu)建的鯉魚轉(zhuǎn)錄組庫(kù)中挑選出黃河鯉SoxD亞家族中的3個(gè)基因CcSox5、CcSox6和CcSox13,通過Blast搜索、DNAman比對(duì)、PCR測(cè)序驗(yàn)證等方法確定3個(gè)基因的全長(zhǎng)序列,然后利用生物信息學(xué)的方法對(duì)基因序列結(jié)構(gòu)進(jìn)行了分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn):黃河鯉SoxD亞族3個(gè)基因的全長(zhǎng)分別為2800 bp、3000 bp、2366 bp,分別編碼780、784、602個(gè)氨基酸,每個(gè)基因都包含72個(gè)氨基酸的Sox基因家族特有的HMG-box基序。CcSox5和CcSox6分別含有2個(gè)外顯子,1個(gè)內(nèi)含子;CcSox13含有4個(gè)外顯子,3個(gè)內(nèi)含子。染色體同線性分析結(jié)果顯示CcSox5和CcSox13在不同的物種中都與基因etnk相鄰,這一點(diǎn)在進(jìn)化上比較保守,但是Sox6未找到與其鄰近的保守基因。分析3個(gè)基因5’側(cè)翼上游... 

【文章來源】：河南師范大學(xué)河南省

【文章頁(yè)數(shù)】：78 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

CcSox5,CcSox6andCcSox13的基因組結(jié)構(gòu)分析

圖 3-5 CcSoxD 基因的同線性分析注：方框代表基因所在染色體；箭頭代表基因的方向；Chr 代表染色體；Scaffold 代表骨架；Fig 3-5 Chromosome syntenic relationship of the CcSoxD genesNote：Rectangles: Genes in Chromosome; Arrow: Gene –coding direction; Chr: Chromosome檢索三個(gè)基因起始密碼子上游 2000 bp 的序列并用在線軟件 MatInspector 對(duì)這 2 序列上轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行搜索與分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)了一些功能性的轉(zhuǎn)錄因子，如6 所示。有一些蛋白如 BSX、BRN4 和 NGN-NEUROD 與神經(jīng)發(fā)育密切相關(guān)；一些因子如 Oct4、Nanog 和 FOXP1 與干細(xì)胞以及細(xì)胞的多能性有關(guān)；還有一些轉(zhuǎn)錄因合位點(diǎn)如 AP1、CEBPB、NF-Y 和 SF1 等能調(diào)控基因的表達(dá)。

圖 3-6 CcSoxD 基因 5’上游的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)分析Fig 3-6 Transcription factor binding sites in the promoter of CcSoxD河鯉 SoxD 亞族基因表達(dá)模式分析黃河鯉各組織總 RNA 的提取照 2.2.5 中所描述的總 RNA 的提取方法提取黃河鯉幼魚、2 年生成魚的各

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3403921