[目的]通過生物信息學篩選低氧處理前后胰腺癌細胞中具有表達差異并與預后相關(guān)的基因COL7A1、HIST1H2BD、MET和SDC1,實驗驗證這些基因在低氧處理和對照組人胰腺癌細胞中的表達,并研究低氧處理對胰腺癌細胞遷移和侵襲的影響,初步探討這些基因作為胰腺癌早期發(fā)展和轉(zhuǎn)移的重要診斷生物標志物和潛在治療靶點的作用。[方法]1.生物信息學分析低氧處理前后胰腺癌細胞中具有高度轉(zhuǎn)移潛能的差異基因,篩選出與預后相關(guān)的基因。2.采用實時熒光定量PCR（RT-qPCR）驗證基因COL7A1、HIST1H2BD、MET和SDC1在人非惡性永生化胰腺細胞（HPDE細胞株）和人胰腺導管癌細胞（SW1990細胞株）以及低氧處理前后這些基因在具有高度轉(zhuǎn)移潛能人胰腺癌細胞（l3.6pl細胞株）中的表達水平。3.采用劃痕實驗、Transwell遷移實驗和Transwell侵襲實驗觀察低氧處理對l3.6pl細胞遷移和侵襲能力的影響。[結(jié)果]1.HPDE細胞和20種胰腺導管癌細胞之間的差異表達基因與具有高度轉(zhuǎn)移潛能的胰腺癌細胞l3.6pl的正常氧和低氧環(huán)境之間的差異表達基因共298個（P<0.05,F>2... 

【文章來源】：南華大學湖南省

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【學位級別】：碩士

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GSE9350數(shù)據(jù)集和GSE40098數(shù)據(jù)集共有的基因數(shù)目

第3章實驗結(jié)果173.2差異基因的GO功能注釋和KEGG路徑富集分析GO功能注釋分析包括：生物過程（BP），細胞成分（CC），分子功能（MF）。差異基因的DAVID功能富集結(jié)果如下：(1)BP最重要的是凋亡的負調(diào)控（包含15個基因：MCL1,SNCA,SMAD3,BIRC3,WT1,FLNA,PPIF,SERPINB9,CDKN1A,SQSTM1,PRKAA2,ITCH,CAMK1D,ANGPTL4,DHCR24），如圖3.2和表3.2所示。圖3.2差異基因的BP富集分析P=0.05reference：-Log10(0.05)；-Log10(Pvalue)：P值的負對數(shù)轉(zhuǎn)換值；Count：參與富集分析的基因數(shù)表3.2差異基因的BP富集分析TermCount%PvalueGO:0008544~epidermisdevelopment72.3489932890.00261422GO:0006470~proteindephosphorylation82.6845637580.004544875GO:0006396~RNAprocessing72.3489932890.005028729GO:0007062~sisterchromatidcohesion72.3489932890.006715425GO:0007286~spermatiddevelopment62.0134228190.008354539GO:0006027~glycosaminoglycancatabolicprocess41.3422818790.008380757GO:0006919~activationofcysteine-typeendopeptidaseactivityinvolvedinapoptoticprocess62.0134228190.011355003GO:0043066~negativeregulationofapoptoticprocess凋亡的負調(diào)節(jié)155.0335570470.017147729GO:0071850~mitoticcellcyclearrest31.0067114090.018251893GO:0031929~TORsignaling31.0067114090.0210681Count：參與富集分析的基因數(shù)；%：參與富集分析的基因數(shù)占總差異基因之比

南華大學碩士學位論文18(2)CC中差異基因在細胞各個部位均存在，包括細胞核（101個基因）、細胞質(zhì)（100個基因）、胞漿（83個基因）、核質(zhì)（60個基因），如圖3.3和表3.3所示。圖3.3差異基因的CC富集分析P=0.05reference：-Log10(0.05)；-Log10(Pvalue)：P值的負對數(shù)轉(zhuǎn)換值；Count：參與富集分析的基因數(shù)表3.3差異基因的CC富集分析TermCount%PvalueGO:0005829~cytosol細胞核8327.852348992.15E-06GO:0005654~nucleoplasm細胞質(zhì)6020.134228190.004382975GO:0005737~cytoplasm細胞漿10033.557046980.005923621GO:0031512~motileprimarycilium31.0067114090.009557791GO:0005634~nucleus核質(zhì)10133.892617450.012353899GO:0016234~inclusionbody31.0067114090.030006059GO:0005813~centrosome134.3624161070.030506499GO:0043231~intracellularmembrane-boundedorganelle155.0335570470.046512287GO:0000775~chromosome,centromericregion41.3422818790.055779507GO:0005764~lysosome82.6845637580.057791025Count：參與富集分析的基因數(shù)；%：參與富集分析的基因數(shù)占總差異基因之比(3)MF主要為蛋白質(zhì)結(jié)合（154個基因）、poly（A）RNA結(jié)合（27個基因）、同類蛋白質(zhì)結(jié)合（21個基因），差異基因可能通過這些途徑參與腫瘤的轉(zhuǎn)移，如圖3.4和表3.4所示。

【參考文獻】：
期刊論文
[1]Challenges in diagnosis of pancreatic cancer[J]. Lulu Zhang,Santosh Sanagapalli,Alina Stoita.  World Journal of Gastroenterology. 2018(19)
[2]Epigenetics and pancreatic cancer:Pathophysiology and novel treatment aspects[J]. Daniel Neureiter,Tarkan Jger,Matthias Ocker,Tobias Kiesslich.  World Journal of Gastroenterology. 2014(24)
[3]Hedgehog signaling pathway as a new therapeutic target in pancreatic cancer[J]. Hideya Onishi,Mitsuo Katano.  World Journal of Gastroenterology. 2014(09)



本文編號：3400093