發(fā)布時(shí)間：2021-09-18 11:55

　　[目的]通過生物信息學(xué)篩選低氧處理前后胰腺癌細(xì)胞中具有表達(dá)差異并與預(yù)后相關(guān)的基因COL7A1、HIST1H2BD、MET和SDC1,實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證這些基因在低氧處理和對(duì)照組人胰腺癌細(xì)胞中的表達(dá),并研究低氧處理對(duì)胰腺癌細(xì)胞遷移和侵襲的影響,初步探討這些基因作為胰腺癌早期發(fā)展和轉(zhuǎn)移的重要診斷生物標(biāo)志物和潛在治療靶點(diǎn)的作用。[方法]1.生物信息學(xué)分析低氧處理前后胰腺癌細(xì)胞中具有高度轉(zhuǎn)移潛能的差異基因,篩選出與預(yù)后相關(guān)的基因。2.采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR（RT-qPCR）驗(yàn)證基因COL7A1、HIST1H2BD、MET和SDC1在人非惡性永生化胰腺細(xì)胞（HPDE細(xì)胞株）和人胰腺導(dǎo)管癌細(xì)胞（SW1990細(xì)胞株）以及低氧處理前后這些基因在具有高度轉(zhuǎn)移潛能人胰腺癌細(xì)胞（l3.6pl細(xì)胞株）中的表達(dá)水平。3.采用劃痕實(shí)驗(yàn)、Transwell遷移實(shí)驗(yàn)和Transwell侵襲實(shí)驗(yàn)觀察低氧處理對(duì)l3.6pl細(xì)胞遷移和侵襲能力的影響。[結(jié)果]1.HPDE細(xì)胞和20種胰腺導(dǎo)管癌細(xì)胞之間的差異表達(dá)基因與具有高度轉(zhuǎn)移潛能的胰腺癌細(xì)胞l3.6pl的正常氧和低氧環(huán)境之間的差異表達(dá)基因共298個(gè)（P<0.05,F>2... 

【文章來源】：南華大學(xué)湖南省

【文章頁數(shù)】：81 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

GSE9350數(shù)據(jù)集和GSE40098數(shù)據(jù)集共有的基因數(shù)目

第3章實(shí)驗(yàn)結(jié)果173.2差異基因的GO功能注釋和KEGG路徑富集分析GO功能注釋分析包括：生物過程（BP），細(xì)胞成分（CC），分子功能（MF）。差異基因的DAVID功能富集結(jié)果如下：(1)BP最重要的是凋亡的負(fù)調(diào)控（包含15個(gè)基因：MCL1,SNCA,SMAD3,BIRC3,WT1,FLNA,PPIF,SERPINB9,CDKN1A,SQSTM1,PRKAA2,ITCH,CAMK1D,ANGPTL4,DHCR24），如圖3.2和表3.2所示。圖3.2差異基因的BP富集分析P=0.05reference：-Log10(0.05)；-Log10(Pvalue)：P值的負(fù)對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換值；Count：參與富集分析的基因數(shù)表3.2差異基因的BP富集分析TermCount%PvalueGO:0008544~epidermisdevelopment72.3489932890.00261422GO:0006470~proteindephosphorylation82.6845637580.004544875GO:0006396~RNAprocessing72.3489932890.005028729GO:0007062~sisterchromatidcohesion72.3489932890.006715425GO:0007286~spermatiddevelopment62.0134228190.008354539GO:0006027~glycosaminoglycancatabolicprocess41.3422818790.008380757GO:0006919~activationofcysteine-typeendopeptidaseactivityinvolvedinapoptoticprocess62.0134228190.011355003GO:0043066~negativeregulationofapoptoticprocess凋亡的負(fù)調(diào)節(jié)155.0335570470.017147729GO:0071850~mitoticcellcyclearrest31.0067114090.018251893GO:0031929~TORsignaling31.0067114090.0210681Count：參與富集分析的基因數(shù)；%：參與富集分析的基因數(shù)占總差異基因之比

南華大學(xué)碩士學(xué)位論文18(2)CC中差異基因在細(xì)胞各個(gè)部位均存在，包括細(xì)胞核（101個(gè)基因）、細(xì)胞質(zhì)（100個(gè)基因）、胞漿（83個(gè)基因）、核質(zhì)（60個(gè)基因），如圖3.3和表3.3所示。圖3.3差異基因的CC富集分析P=0.05reference：-Log10(0.05)；-Log10(Pvalue)：P值的負(fù)對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換值；Count：參與富集分析的基因數(shù)表3.3差異基因的CC富集分析TermCount%PvalueGO:0005829~cytosol細(xì)胞核8327.852348992.15E-06GO:0005654~nucleoplasm細(xì)胞質(zhì)6020.134228190.004382975GO:0005737~cytoplasm細(xì)胞漿10033.557046980.005923621GO:0031512~motileprimarycilium31.0067114090.009557791GO:0005634~nucleus核質(zhì)10133.892617450.012353899GO:0016234~inclusionbody31.0067114090.030006059GO:0005813~centrosome134.3624161070.030506499GO:0043231~intracellularmembrane-boundedorganelle155.0335570470.046512287GO:0000775~chromosome,centromericregion41.3422818790.055779507GO:0005764~lysosome82.6845637580.057791025Count：參與富集分析的基因數(shù)；%：參與富集分析的基因數(shù)占總差異基因之比(3)MF主要為蛋白質(zhì)結(jié)合（154個(gè)基因）、poly（A）RNA結(jié)合（27個(gè)基因）、同類蛋白質(zhì)結(jié)合（21個(gè)基因），差異基因可能通過這些途徑參與腫瘤的轉(zhuǎn)移，如圖3.4和表3.4所示。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Challenges in diagnosis of pancreatic cancer[J]. Lulu Zhang,Santosh Sanagapalli,Alina Stoita.  World Journal of Gastroenterology. 2018(19)
[2]Epigenetics and pancreatic cancer:Pathophysiology and novel treatment aspects[J]. Daniel Neureiter,Tarkan Jger,Matthias Ocker,Tobias Kiesslich.  World Journal of Gastroenterology. 2014(24)
[3]Hedgehog signaling pathway as a new therapeutic target in pancreatic cancer[J]. Hideya Onishi,Mitsuo Katano.  World Journal of Gastroenterology. 2014(09)



本文編號(hào)：3400093