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Pb 2+ 脅迫下香蒲差異表達基因的分析及克隆

發(fā)布時間:2021-09-12 17:00
  香蒲(Typha orientalis Presl)為多年生草本植物,具有發(fā)達的根狀莖,可形成地下莖網(wǎng),是一種新型的Pb富集型植物,但目前有關(guān)香蒲對Pb2+的耐性機理尚未明確。因此,本文選取香蒲為實驗材料,采用Hoagland營養(yǎng)液水培法,在前期實驗的基礎(chǔ)上,進行0.1 mmol·L-1、0.25 mmol·L-lPb2+處理,通過轉(zhuǎn)錄組測序研究不同Pb2+處理組香蒲根部的差異表達基因,分析與Pb2+耐性相關(guān)的目的基因;利用qRT-PCR方法驗證了 13個差異表達基因的表達量;通過RACE技術(shù)克隆獲得與Pb耐性相關(guān)的谷胱甘肽S轉(zhuǎn)移酶基因(ToGST)全長,并對該基因進行了生物信息學(xué)分析;研究其它非生物脅迫(干旱和鹽脅迫)下ToGST基因表達量的變化,以期闡明香蒲對Pb2+的耐性機理,并為利用香蒲進行環(huán)境中的Pb2+污染修復(fù)提供理論依據(jù)。主要研究結(jié)果如下:1.轉(zhuǎn)錄組測序:通過對對照組以及0.1mmol·L-1、0.25mmol·L-1Pb2+處理組的根部樣品進行轉(zhuǎn)錄組測序,拼接組裝后得到84,530條Unigene,平均長度是806.04 nt,N50長度為1,422 nt。經(jīng)過Unig... 

【文章來源】:揚州大學(xué)江蘇省

【文章頁數(shù)】:117 頁

【學(xué)位級別】:碩士

【部分圖文】:

Pb 2+ 脅迫下香蒲差異表達基因的分析及克隆


圖2.1?Unigene長度分布圖??Fi2.1?Historam?of?lenth?distribute?of?uniene??

差異表達基因,統(tǒng)計表,數(shù)目,表達差異


據(jù)庫中有重要位點,并且有24677Unigenes至少在GO?terms中得到注釋。??2.3.4基因表達分析??差異表達基因數(shù)目統(tǒng)計如下圖2.2;鹕綀D(Volcano?Plot)可以直觀地展現(xiàn)??所有基因的FDR與Fold?Change之間的關(guān)系(圖2.3),綠色和紅色的點代表有??顯著性表達差異的基因

差異表達基因


2.3.5差異基因表達水平聚類分析??對篩選出的差異表達基因做層次聚類分析,差異基因聚類分析可以快速的選??擇共表達基因。Heatmap如圖2.5所示,顏色從紅到藍表示表達水平從低到高,??紅色代表高表達基因,綠色代表低表達基因,從結(jié)果可以看出,T03表達模式變??化顯著,T01與T02轉(zhuǎn)錄本的表達模式相似。??

【參考文獻】:
期刊論文
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[2]蘆葦和香蒲對重金屬鉬的吸收特性研究[J]. 練建軍,許士國,韓成偉.  環(huán)境科學(xué). 2011(11)
[3]東方香蒲(Typha orientalis Presl)對重度污染土壤中As、Cd、Pb的耐性與累積特征[J]. 王鳳永,郭朝暉,苗旭峰,肖細元.  農(nóng)業(yè)環(huán)境科學(xué)學(xué)報. 2011(10)
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博士論文
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碩士論文
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[3]RACE技術(shù)克隆大菱鲆蛋白磷酸酶1催化亞基基因和金屬蛋白酶基因及其序列分析[D]. 亓飛.中國海洋大學(xué) 2006



本文編號:3394604

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