花鱸病毒感染后qPCR內(nèi)參基因的篩選與應(yīng)用
發(fā)布時(shí)間:2021-09-11 21:38
在開(kāi)展花鱸(Lateolabrax maculatus)抗病毒飼料評(píng)價(jià)而采用qPCR進(jìn)行病毒增殖以及免疫基因表達(dá)分析中需要首先確定病毒感染后穩(wěn)定的內(nèi)參基因。本研究選取12個(gè)組織/細(xì)胞(中腸、肌肉、胃、腦、心、肝、鰓、頭腎、后腎、胸鰭、脾和花鱸腎細(xì)胞),采用qPCR方法檢測(cè)花鱸虹彩病毒(Lateolabrax maculatus iridovirus,LMIV)感染前后RNAPoLⅡ、HPRT、TUBA、ACTB、18S rRNA、B2M、RPL7及EF1A8個(gè)基因的Ct值,采用GeNorm、NormFinder、BestKeeper軟件評(píng)估內(nèi)參基因表達(dá)的穩(wěn)定性。以篩選的內(nèi)參基因?yàn)榛A(chǔ)建立qPCR方法,在LMIV感染花鱸腎細(xì)胞系10、24、48、72、96、120 h后對(duì)病毒ORF92R、基因進(jìn)行表達(dá)分析。GeNorm軟件結(jié)果表明8個(gè)候選內(nèi)參基因在感染LMIV后的花鱸不同組織/細(xì)胞中的表達(dá)穩(wěn)定性為:RNAPoLⅡ=HPRT>RPL7>TUBA>ACTB>18SrRNA>B2M>EF1A。NormFinder軟件結(jié)果顯示18S rRNA在對(duì)照組花鱸不同組...
【文章來(lái)源】:飼料工業(yè). 2020,41(24)北大核心
【文章頁(yè)數(shù)】:9 頁(yè)
【部分圖文】:
攻毒組和對(duì)照組花鱸脾LMIV檢測(cè)電泳圖
Ge Norm分析顯示8個(gè)候選基因在正;|不同組織/細(xì)胞中表達(dá)穩(wěn)定性為:RNAPo LⅡ=RPL7>18S r RNA>HPRT>ACTB>B2M>TUBA>EF1A,其中RNAPo LⅡ和RPL7是表達(dá)最穩(wěn)定的內(nèi)參基因;攻毒后8個(gè)內(nèi)參基因表達(dá)穩(wěn)定性為:RNAPo LⅡ=HPRT>RPL7>TUBA>ACTB>18S r RNA>B2M>EF1A,其中RNAPo LⅡ和HPRT的M值最小,是最穩(wěn)定的內(nèi)參基因,EF1A表達(dá)穩(wěn)定性最差(圖3A);根據(jù)配對(duì)變異Vn/n+1值可以篩選多個(gè)內(nèi)參基因,最小配對(duì)變異值V2/3>0.15,且V3/4<0.15,因此選取3個(gè)內(nèi)參基因(圖4);因此在LMIV感染后選取3個(gè)內(nèi)參基因(圖4A),即RNAPo LⅡ、RPL7及HPRT。2.3.2 NormFinder軟件分析
Best Keeper軟件分析結(jié)果表明攻毒組中,TUBA、ACTB、18S r RNA、B2M、EF1A基因的SD>1,均不適合作為內(nèi)參基因使用,對(duì)照組中HPRT、TUBA、ACTB、B2M、EF1A基因的SD>1,也不適合作為內(nèi)參基因。8個(gè)內(nèi)參基因在攻毒后花鱸不同組織/細(xì)胞中RPL7的SD值最。0.68);18S r RNA在對(duì)照組中SD值最。0.66)(表4)。圖4 Vn/n+1比值分析
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]達(dá)氏鱘實(shí)時(shí)熒光定量PCR內(nèi)參基因的篩選[J]. 武夢(mèng)斌,葉歡,岳華梅,阮瑞,杜浩,周從利,向浩,李創(chuàng)舉. 中國(guó)水產(chǎn)科學(xué). 2020(07)
[2]真鯛虹彩病毒引起養(yǎng)殖斑石鯛大規(guī)模死亡的研究[J]. 王海波,史成銀,謝國(guó)駟,劉冉陽(yáng),任寧欣. 漁業(yè)科學(xué)進(jìn)展. 2020(04)
[3]飼料中添加復(fù)合芽孢桿菌對(duì)凡納濱對(duì)蝦抗病毒感染能力及抗病基因表達(dá)的影響[J]. 孫博超,楊運(yùn)楷,李玉宏,宋曉玲,黃倢. 漁業(yè)科學(xué)進(jìn)展. 2019(03)
[4]利用geNorm、NormFinder和BestKeeper軟件進(jìn)行內(nèi)參基因穩(wěn)定性分析的方法[J]. 吳建陽(yáng),何冰,杜玉潔,李偉才,魏永贊. 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技. 2017(05)
[5]我國(guó)花鱸養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)現(xiàn)狀與種子工程研究進(jìn)展[J]. 溫海深,張美昭,李吉方,何峰,李昀. 漁業(yè)信息與戰(zhàn)略. 2016(02)
[6]β-葡聚糖對(duì)花鱸免疫和抗氧化指標(biāo)的影響[J]. 曹俊明,吳春玉,黃燕華,王國(guó)霞,趙紅霞,莫文艷,齊飛,伏櫪龍. 水產(chǎn)科學(xué). 2015(01)
[7]水產(chǎn)動(dòng)物的病毒基因組及其病毒與宿主的相互作用[J]. 張奇亞,桂建芳. 中國(guó)科學(xué):生命科學(xué). 2014(12)
[8]飼料中添加益生菌對(duì)凡納濱對(duì)蝦(Litopenaeus vannamei)非特異免疫基因表達(dá)量和抗病力的影響[J]. 孫艷,劉飛,宋曉玲,麥康森,李玉宏,黃倢. 海洋與湖沼. 2012(04)
[9]熒光定量PCR技術(shù)在分子檢測(cè)上的研究進(jìn)展[J]. 李安,謝金文,魏加貴,沈志強(qiáng). 中國(guó)畜牧獸醫(yī). 2009(04)
[10]核糖體蛋白L7A在骨肉瘤組織中的表達(dá)及臨床意義[J]. 鄭水兒,林峰,沈贊,湯麗娜,姚陽(yáng). 中國(guó)癌癥雜志. 2009(02)
碩士論文
[1]枯草芽孢桿菌對(duì)櫻桃谷肉鴨增重、先天性免疫應(yīng)答及抗病力的影響[D]. 郝光恩.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
本文編號(hào):3393764
【文章來(lái)源】:飼料工業(yè). 2020,41(24)北大核心
【文章頁(yè)數(shù)】:9 頁(yè)
【部分圖文】:
攻毒組和對(duì)照組花鱸脾LMIV檢測(cè)電泳圖
Ge Norm分析顯示8個(gè)候選基因在正;|不同組織/細(xì)胞中表達(dá)穩(wěn)定性為:RNAPo LⅡ=RPL7>18S r RNA>HPRT>ACTB>B2M>TUBA>EF1A,其中RNAPo LⅡ和RPL7是表達(dá)最穩(wěn)定的內(nèi)參基因;攻毒后8個(gè)內(nèi)參基因表達(dá)穩(wěn)定性為:RNAPo LⅡ=HPRT>RPL7>TUBA>ACTB>18S r RNA>B2M>EF1A,其中RNAPo LⅡ和HPRT的M值最小,是最穩(wěn)定的內(nèi)參基因,EF1A表達(dá)穩(wěn)定性最差(圖3A);根據(jù)配對(duì)變異Vn/n+1值可以篩選多個(gè)內(nèi)參基因,最小配對(duì)變異值V2/3>0.15,且V3/4<0.15,因此選取3個(gè)內(nèi)參基因(圖4);因此在LMIV感染后選取3個(gè)內(nèi)參基因(圖4A),即RNAPo LⅡ、RPL7及HPRT。2.3.2 NormFinder軟件分析
Best Keeper軟件分析結(jié)果表明攻毒組中,TUBA、ACTB、18S r RNA、B2M、EF1A基因的SD>1,均不適合作為內(nèi)參基因使用,對(duì)照組中HPRT、TUBA、ACTB、B2M、EF1A基因的SD>1,也不適合作為內(nèi)參基因。8個(gè)內(nèi)參基因在攻毒后花鱸不同組織/細(xì)胞中RPL7的SD值最。0.68);18S r RNA在對(duì)照組中SD值最。0.66)(表4)。圖4 Vn/n+1比值分析
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]達(dá)氏鱘實(shí)時(shí)熒光定量PCR內(nèi)參基因的篩選[J]. 武夢(mèng)斌,葉歡,岳華梅,阮瑞,杜浩,周從利,向浩,李創(chuàng)舉. 中國(guó)水產(chǎn)科學(xué). 2020(07)
[2]真鯛虹彩病毒引起養(yǎng)殖斑石鯛大規(guī)模死亡的研究[J]. 王海波,史成銀,謝國(guó)駟,劉冉陽(yáng),任寧欣. 漁業(yè)科學(xué)進(jìn)展. 2020(04)
[3]飼料中添加復(fù)合芽孢桿菌對(duì)凡納濱對(duì)蝦抗病毒感染能力及抗病基因表達(dá)的影響[J]. 孫博超,楊運(yùn)楷,李玉宏,宋曉玲,黃倢. 漁業(yè)科學(xué)進(jìn)展. 2019(03)
[4]利用geNorm、NormFinder和BestKeeper軟件進(jìn)行內(nèi)參基因穩(wěn)定性分析的方法[J]. 吳建陽(yáng),何冰,杜玉潔,李偉才,魏永贊. 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技. 2017(05)
[5]我國(guó)花鱸養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)現(xiàn)狀與種子工程研究進(jìn)展[J]. 溫海深,張美昭,李吉方,何峰,李昀. 漁業(yè)信息與戰(zhàn)略. 2016(02)
[6]β-葡聚糖對(duì)花鱸免疫和抗氧化指標(biāo)的影響[J]. 曹俊明,吳春玉,黃燕華,王國(guó)霞,趙紅霞,莫文艷,齊飛,伏櫪龍. 水產(chǎn)科學(xué). 2015(01)
[7]水產(chǎn)動(dòng)物的病毒基因組及其病毒與宿主的相互作用[J]. 張奇亞,桂建芳. 中國(guó)科學(xué):生命科學(xué). 2014(12)
[8]飼料中添加益生菌對(duì)凡納濱對(duì)蝦(Litopenaeus vannamei)非特異免疫基因表達(dá)量和抗病力的影響[J]. 孫艷,劉飛,宋曉玲,麥康森,李玉宏,黃倢. 海洋與湖沼. 2012(04)
[9]熒光定量PCR技術(shù)在分子檢測(cè)上的研究進(jìn)展[J]. 李安,謝金文,魏加貴,沈志強(qiáng). 中國(guó)畜牧獸醫(yī). 2009(04)
[10]核糖體蛋白L7A在骨肉瘤組織中的表達(dá)及臨床意義[J]. 鄭水兒,林峰,沈贊,湯麗娜,姚陽(yáng). 中國(guó)癌癥雜志. 2009(02)
碩士論文
[1]枯草芽孢桿菌對(duì)櫻桃谷肉鴨增重、先天性免疫應(yīng)答及抗病力的影響[D]. 郝光恩.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
本文編號(hào):3393764
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