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花鱸病毒感染后qPCR內(nèi)參基因的篩選與應(yīng)用

發(fā)布時(shí)間:2021-09-11 21:38
  在開(kāi)展花鱸(Lateolabrax maculatus)抗病毒飼料評(píng)價(jià)而采用qPCR進(jìn)行病毒增殖以及免疫基因表達(dá)分析中需要首先確定病毒感染后穩(wěn)定的內(nèi)參基因。本研究選取12個(gè)組織/細(xì)胞(中腸、肌肉、胃、腦、心、肝、鰓、頭腎、后腎、胸鰭、脾和花鱸腎細(xì)胞),采用qPCR方法檢測(cè)花鱸虹彩病毒(Lateolabrax maculatus iridovirus,LMIV)感染前后RNAPoLⅡ、HPRT、TUBA、ACTB、18S rRNA、B2M、RPL7及EF1A8個(gè)基因的Ct值,采用GeNorm、NormFinder、BestKeeper軟件評(píng)估內(nèi)參基因表達(dá)的穩(wěn)定性。以篩選的內(nèi)參基因?yàn)榛A(chǔ)建立qPCR方法,在LMIV感染花鱸腎細(xì)胞系10、24、48、72、96、120 h后對(duì)病毒ORF92R、基因進(jìn)行表達(dá)分析。GeNorm軟件結(jié)果表明8個(gè)候選內(nèi)參基因在感染LMIV后的花鱸不同組織/細(xì)胞中的表達(dá)穩(wěn)定性為:RNAPoLⅡ=HPRT>RPL7>TUBA>ACTB>18SrRNA>B2M>EF1A。NormFinder軟件結(jié)果顯示18S rRNA在對(duì)照組花鱸不同組... 

【文章來(lái)源】:飼料工業(yè). 2020,41(24)北大核心

【文章頁(yè)數(shù)】:9 頁(yè)

【部分圖文】:

花鱸病毒感染后qPCR內(nèi)參基因的篩選與應(yīng)用


攻毒組和對(duì)照組花鱸脾LMIV檢測(cè)電泳圖

熔解曲線,內(nèi)參,基因,病毒


Ge Norm分析顯示8個(gè)候選基因在正;|不同組織/細(xì)胞中表達(dá)穩(wěn)定性為:RNAPo LⅡ=RPL7>18S r RNA>HPRT>ACTB>B2M>TUBA>EF1A,其中RNAPo LⅡ和RPL7是表達(dá)最穩(wěn)定的內(nèi)參基因;攻毒后8個(gè)內(nèi)參基因表達(dá)穩(wěn)定性為:RNAPo LⅡ=HPRT>RPL7>TUBA>ACTB>18S r RNA>B2M>EF1A,其中RNAPo LⅡ和HPRT的M值最小,是最穩(wěn)定的內(nèi)參基因,EF1A表達(dá)穩(wěn)定性最差(圖3A);根據(jù)配對(duì)變異Vn/n+1值可以篩選多個(gè)內(nèi)參基因,最小配對(duì)變異值V2/3>0.15,且V3/4<0.15,因此選取3個(gè)內(nèi)參基因(圖4);因此在LMIV感染后選取3個(gè)內(nèi)參基因(圖4A),即RNAPo LⅡ、RPL7及HPRT。2.3.2 NormFinder軟件分析

基因,穩(wěn)定值,內(nèi)參,花鱸


Best Keeper軟件分析結(jié)果表明攻毒組中,TUBA、ACTB、18S r RNA、B2M、EF1A基因的SD>1,均不適合作為內(nèi)參基因使用,對(duì)照組中HPRT、TUBA、ACTB、B2M、EF1A基因的SD>1,也不適合作為內(nèi)參基因。8個(gè)內(nèi)參基因在攻毒后花鱸不同組織/細(xì)胞中RPL7的SD值最。0.68);18S r RNA在對(duì)照組中SD值最。0.66)(表4)。圖4 Vn/n+1比值分析

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
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碩士論文
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本文編號(hào):3393764

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