研究采用RT-PCR方法從"云薯505"中克隆并分析一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子基因StERF10。序列分析結(jié)果表明,該基因全長(zhǎng)494 bp,編碼145個(gè)氨基酸。預(yù)測(cè)蛋白相對(duì)分子質(zhì)量為16.66374 ku,理論等電點(diǎn)為9.04,此外,二級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)表明,該蛋白含有典型AP2/ERF家族轉(zhuǎn)錄因子AP2結(jié)合域,屬于不穩(wěn)定親水蛋白,主要位于細(xì)胞質(zhì)中。通過氨基酸同源性比對(duì)和進(jìn)化樹分析表明StERF10和番茄親緣關(guān)系最近,同源相似度為99.31%。同時(shí),實(shí)時(shí)熒光PCR結(jié)果表明,重金屬Pb²⁺、Ni²⁺、Zn²⁺、Cu²⁺、Cd²⁺均可誘導(dǎo)該基因表達(dá),其表達(dá)水平隨時(shí)間和組織不同而不同,在重金屬脅迫中,Pb²⁺和Ni²⁺脅迫6 h根系StERF10表達(dá)水平分別比0 h高19.43倍和21.16倍。此外,在Zn²⁺和Cu²⁺脅迫下,6h莖中StERF10表達(dá)水平分別比0 h提高2.16倍和4.46倍,Cd

【文章來源】：東北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2020,51(09)北大核心CSCD

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【部分圖文】：

St ERF10基因PCR擴(kuò)增電泳

圖2 StERF10核苷酸序列和推測(cè)的氨基酸序列由圖3可知，標(biāo)度值<0區(qū)域比>0密集，因此結(jié)合GRAVY值為負(fù)，更進(jìn)一步預(yù)測(cè)該蛋白為親水蛋白。同時(shí)，利用在線軟件Signal P-5.0預(yù)測(cè)蛋白信號(hào)肽表明，C-max、Y-max、S-max位點(diǎn)均為1,C、Y、S值均為0,SP="NO"，已知當(dāng)C、Y、S值計(jì)算結(jié)果均為‘YES’且平均值在0.5以上時(shí)，才可能存在信號(hào)肽。說明St ERF10蛋白無信號(hào)肽，屬于非分泌型蛋白。

使用SOPMA工具預(yù)測(cè)蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)，結(jié)果顯示該蛋白中77個(gè)氨基酸形成無規(guī)則螺旋（Random coil），占53.10%,48個(gè)α螺旋（Alpha helix），占33.10%;16條延伸鏈（Extended strand），占11.03%;4個(gè)氨基酸形成β轉(zhuǎn)角（Beta turn），占2.76%。利用SWISS-MODEL作三級(jí)結(jié)構(gòu)同源建模，如圖4所示。2.5 St ERF10蛋白同源性及進(jìn)化樹分析

【參考文獻(xiàn)】：
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