目的采用生物信息學(xué)分析,篩選與三陰性乳腺癌（triple-negative breast cancer, TNBC）發(fā)生發(fā)展相關(guān)的關(guān)鍵基因和通路。方法選取GEO （Gene Expression Omnibus）數(shù)據(jù)庫中TNBC基因芯片數(shù)據(jù)集GSE76124及正常乳腺組織數(shù)據(jù)集GSE112825,應(yīng)用R軟件篩選差異表達基因。使用DAVID數(shù)據(jù)庫對上述差異表達基因進行GO （Gene Ontology）功能分析及KEGG （Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome）通路分析。應(yīng)用STRING在線數(shù)據(jù)庫和Cytoscape軟件構(gòu)建蛋白質(zhì)相互作用（protein-protein interaction,PPI）網(wǎng)絡(luò),并篩選TNBC的hub genes、樞紐模塊和seed genes。結(jié)果分析芯片數(shù)據(jù),篩選得到1091個差異表達基因,GO和KEGG分析結(jié)果顯示,差異表達基因與芳香類物質(zhì)生物合成、雜環(huán)生物合成等過程有關(guān),并富集在cancer通路、PI3K/AKT通路上。通過構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)篩選得到了10個hub genes、2個樞紐模塊和19個seed gene... 

【文章來源】：承德醫(yī)學(xué)院學(xué)報. 2020,37(05)

【文章頁數(shù)】：9 頁

【部分圖文】：

正常乳腺組織基因芯片數(shù)據(jù)集GSE112825的質(zhì)量控制

差異基因的可視化

在DAVID在線數(shù)據(jù)庫對1091個差異表達基因進行GO功能分析和KEGG通路分析。GO分析結(jié)果顯示：差異表達基因參與的BP包括芳香類物質(zhì)生物合成(aromatic compound biosynthetic process)、雜環(huán)生物合成過程(heterocycle biosynthetic process)、氮化合物代謝調(diào)控(regulation of nitrogen compound metabolic process)等(圖3A);CC主要為細(xì)胞外區(qū)域(extracellular region)、細(xì)胞外區(qū)域部分(extracellular region part)、胞漿(cytosol)等(圖3B);MF主要包括受體結(jié)合(receptor binding)、糖胺聚糖結(jié)合(glycosaminoglycan binding)、趨化因子受體結(jié)合(chemokine receptor binding)等(圖3C)。KEGG結(jié)果顯示差異表達基因在cancer通路、PI3K/AKT通路中富集(圖3D)。2.4 PPI構(gòu)建及可視化

【參考文獻】：
期刊論文
[1]2018全球癌癥統(tǒng)計報告解讀[J]. 王寧,劉碩,楊雷,張希,袁延楠,李慧超,季加孚.  腫瘤綜合治療電子雜志. 2019(01)
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本文編號：3341976