目的:盤基網(wǎng)柄菌是研究藥物作用機理、細胞信號轉(zhuǎn)導和神經(jīng)退行性病變的模式生物。對盤基網(wǎng)柄菌DJ-1基因進行克隆和序列分析,可以為研究DJ-1基因在腫瘤抑制和神經(jīng)退行性病變中的作用機理奠定基礎(chǔ)。方法:以盤基網(wǎng)柄菌總基因組為模板,利用Primer5.0設(shè)計特異性引物擴增盤基網(wǎng)柄菌DJ-1基因,并將擴增的DJ-1基因插入大腸桿菌原核表達質(zhì)粒pUC18,進行酶切、連接、E.coliDH5α菌株轉(zhuǎn)化和篩選、DJ-1序列測定以及DJ-1的核苷酸和蛋白質(zhì)序列分析。結(jié)果:盤基網(wǎng)柄菌DJ-1基因全長618 bp,無內(nèi)含子,共編碼205個氨基酸。在系統(tǒng)發(fā)育上與梭菌屬形成兩個分支,本屬內(nèi)D. discoideum和D. purpureum親緣關(guān)系相近。盤基網(wǎng)柄菌DJ-1蛋白質(zhì)的分子量約為22.87 kD,其等電點為5.31,含86個非極性氨基酸和119個極性氨基酸,無信號肽識別序列和跨膜結(jié)構(gòu)。DJ-1蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)以α-螺旋、無規(guī)卷曲和延伸鏈為主。Pretotar軟件預測DJ-1位于盤基網(wǎng)柄菌細胞內(nèi)質(zhì)網(wǎng)上。結(jié)論:盤基網(wǎng)柄菌DJ-1基因與人類DJ-1基因具有高度相似性,對其進行克隆和生物信息學分析可以為今后利用... 

【文章來源】：陜西農(nóng)業(yè)科學. 2020,66(08)

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【部分圖文】：

DJ-1的PCR產(chǎn)物和pUC18-DJ-1 的限制性酶切產(chǎn)物

測序結(jié)果表明:盤基網(wǎng)柄菌DJ-1基因全長618 bp,不含內(nèi)含子,共編碼205 個氨基酸。將測序所得盤基網(wǎng)柄菌DJ-1基因序列與GenBank公布的13株不同來源DJ-1核苷酸序列進行對比。結(jié)果顯示本研究所用盤基網(wǎng)柄菌AX2菌株的DJ-1核苷酸序列與盤基網(wǎng)柄菌AX4菌株完全相同,與其同屬不同種D.purpureum相似度為69 %,而與梭菌屬10個不同菌株的相似程度介于67%～73 %之間(圖2)。2.2.2 DJ-1 蛋白系統(tǒng)進化分析

對本研究盤基網(wǎng)柄菌AX2的DJ-1序列和2.2.2檢索的13個同源序列采用鄰接法(Neighbor-Joining, NJ)進行系統(tǒng)發(fā)育進化分析。結(jié)果表明:盤基網(wǎng)柄菌屬(Dictyostelium)與梭菌屬(Clostridium)形成兩個分支,盤基網(wǎng)柄菌本屬內(nèi)D. discoideum與D. purpureum兩個種親緣關(guān)系較近,而D. discoideum種內(nèi)兩個菌株AX2和AX4屬于同源(圖3)。2.2.3 DJ-1蛋白的理化性質(zhì)分析

【參考文獻】：
期刊論文
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[3]盤基網(wǎng)柄菌——研究胞外誘捕起源和機制的模型[J]. 薛德明,侯連生.  生物學教學. 2017(06)
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[5]盤基網(wǎng)柄菌發(fā)育期間蛞蝓體的形態(tài)學研究[J]. 李麗,王大磊,侯連生.  華東師范大學學報(自然科學版). 2010(06)



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