[目的]對超積累型東南景天ABC轉(zhuǎn)運蛋白家族成員Sa12F279開展生物信息學分析及表達分析,為探究ABC類轉(zhuǎn)運蛋白在鎘、干旱、鹽堿等非生物脅迫中的功能提供參考。[方法]通過對超積累型東南景天轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫進行比對分析,獲得1個ABC家族成員的基因。通過生物信息學方法分析Sa12F279基因的進化關系、蛋白結構域構成、核心結構域同源比對及在組學數(shù)據(jù)中相關的互作蛋白分類;借助實時定量PCR技術分析該基因在鹽堿、干旱及ABA激素脅迫下根中的表達變化。[結果]通過比對分析獲得ABC家族成員Sa12F279基因,該基因的開放閱讀框長度為4 497 bp,編碼蛋白長度為1 498個氨基酸,相對分子量為167.1 KD,等電點為6.92。進化分析顯示:Sa12F279基因與C亞類成員聚為一簇,且在結構域構成上符合ABC家族的保守排布。共表達網(wǎng)絡分析顯示:Sa12F279與567個基因存在功能上的關聯(lián),對這些基因進行功能注釋發(fā)現(xiàn),其中39.8%的基因執(zhí)行代謝相關功能,29.3%的基因與細胞內(nèi)進程相關,10.2%的基因涉及生物調(diào)控,7.1%的基因參與轉(zhuǎn)運活性。對鎘脅迫前后轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析顯示,Sa12F2... 

【文章來源】：林業(yè)科學研究. 2020,33(03)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：10 頁

【參考文獻】：
期刊論文
[1]礦山型東南景天cDNA表達文庫構建與耐鎘基因篩選[J]. 劉明英,喬桂榮,蔣晶,邱文敏,卓仁英.  林業(yè)科學研究. 2012(03)
[2]Accumulation of Zinc, Cadmium, and Lead in Four Populations of Sedum alfredii Growing on Lead/Zinc Mine Spoils[J]. Dong-Mei Deng1,2, Jin-Chuan Deng1,3, Jin-Tian Li1, Jun Zhang1, Min Hu1, Zhou Lin1 and Bin Liao1 (1School of Life Sciences and State Key Laboratory of Biocontrol, Sun Yat-sen University, Guangzhou 510275, China; 2Department of Biological and Chemical Engineering, Guangxi University of Technology, Liuzhou 545006, China; 3Department of Environmental Science and Engineering, Zhongkai Agrotechnical College, Guangzhou 510225, China).  Journal of Integrative Plant Biology. 2008(06)



本文編號：3317045