目的:本文致力于研究口腔鱗狀細胞癌的發(fā)病機制。材料與方法:本研究分析從公共數(shù)據(jù)庫Gene Expression Omnibus中得到的口腔鱗癌編號GSE23558表達譜芯片數(shù)據(jù)和口腔鱗癌編號GSE25103 SNP數(shù)據(jù)。GSE23558包括27個疾病樣品,4個獨立的和1個合并的正常樣品。GSE25103包括112個疾病樣品和10個正常樣品。利用limma包和plink軟件分別獲得差異表達基因（DEGs）和風險單核苷酸多態(tài)性（SNPs）。然后,使用Fisher’s組合方法從攜帶SNP和DEG的基因的共同基因中篩選候選疾病基因。使用TargetMine在線工具,通過功能和途徑富集分析,分析候選疾病基因的潛在功能。對得到的候選致病基因,根據(jù)STRING和Cytoscape軟件,構(gòu)建蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò),并利用ClusterONE對蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)的模塊進行分析。結(jié)果:與正常樣本相比,我們在疾病樣本中計算得到了 2353個差異表達基因和35635個風險SNP。其中,CA9是最重要的上調(diào)基因。獲得的754個候選疾病基因中,包括299個上調(diào)的（例如,VEGFC和FAT1）和455個下調(diào)的基因。對于候選疾病... 

【文章來源】：武漢大學湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：478 頁

【學位級別】：博士

【部分圖文】：

圖７致病基因蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)（圖中灰色的節(jié)點表示下調(diào)基因，白色節(jié)點??表示上調(diào)基因，節(jié)點的大小與度高低成正比，邊的粗細與ｃｏｍｂｉｎｅｄ?ｓｃｏｒｅ成??正比）??

該種聚類方法經(jīng)常被使用。??本實驗對圖７的網(wǎng)絡(luò)進行模塊劃分。結(jié)果我們得到６個顯著的模塊。對這??幾個模塊進行ＧＯ?ＢＰ功能分析，模塊結(jié)果如圖８。圖８可見蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)劃??分的６個模塊（模塊１，模塊２，模塊３，模塊４，模塊５和模塊６），?ＦＮ１與??ＣＣＮＡ２分別參與到蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中６個模塊中的第１和第２模塊中。對這六個模??塊分別進行功能富集。得到結(jié)果如表２所示。６個模塊富集的主要功能為非編??碼ＲＮＡ處理，細胞粘連，Ｇ蛋白偶聯(lián)收拾信號通路，細胞循環(huán)等。均有癌細胞??增殖形成有關(guān)。??、?＊?？??／?輸，－？??？＇獸…、：、：：：；??命＾?＾?＾?令了?，．餐令，，？??圖７致病基因蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)（圖中灰色的節(jié)點表示下調(diào)基因，白色節(jié)點??表示上調(diào)基因，節(jié)點的大小與度高低成正比，邊的粗細與ｃｏｍｂｉｎｅｄ?ｓｃｏｒｅ成??正比）??３０??

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3297065