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脊椎動物核糖體蛋白基因的生物信息學(xué)分析及其在硬骨魚類中的表達(dá)研究

發(fā)布時間:2021-07-19 17:04
  核糖體(ribosome)是執(zhí)行蛋白質(zhì)生物合成的分子機(jī)器,核糖體蛋白(ribosomal protein,RP)是組成核糖體的主要成分。核糖體蛋白除參與蛋白質(zhì)合成,還與細(xì)胞其它生理進(jìn)程和核糖體外功能相關(guān)。核糖體蛋白基因是核糖體蛋白的編碼基因,近年來有關(guān)核糖體蛋白基因的結(jié)構(gòu)和功能研究取得了較大的進(jìn)展。隨著越來越多的核糖體蛋白基因從不同物種中被鑒定出來,核糖體蛋白基因已成為比較基因組學(xué)、基因組進(jìn)化和系統(tǒng)發(fā)育研究的重要分子標(biāo)記。然而,由于核糖體蛋白基因數(shù)量繁多,大多數(shù)物種尚未進(jìn)行基因組測序,使得了解其在不同物種中的完整序列信息和基因組分布非常困難,且在多數(shù)脊椎動物中還沒有被全面鑒定過,其系統(tǒng)演化還不清晰。魚類作為脊椎動物中種類最大的類群,過去由于基因組序列的缺乏,絕大多數(shù)魚類的核糖體蛋白基因數(shù)量至今尚不清楚。有關(guān)核糖體蛋白基因在脊椎動物中的表達(dá)和功能研究大多集中在少數(shù)模式動物,且局限于單個基因的研究,大部分核糖體蛋白基因在硬骨魚類中的表達(dá)模式和功能仍不清楚。那么,在不同分類地位的魚類中,其核糖體蛋白基因數(shù)量及其在基因組中的分布規(guī)律如何?核糖體蛋白基因在硬骨魚類不同組織中的表達(dá)模式如何?其表達(dá)... 

【文章來源】:西南大學(xué)重慶市 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】:151 頁

【學(xué)位級別】:博士

【部分圖文】:

脊椎動物核糖體蛋白基因的生物信息學(xué)分析及其在硬骨魚類中的表達(dá)研究


核糖體結(jié)構(gòu)示意圖(引自SchmeingandRamakrishnan,2009)

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第1章文獻(xiàn)綜述3對于的氨基酸帶入核糖體合成肽鏈。蛋白質(zhì)的翻譯過程分為翻譯起始、翻譯延伸和翻譯終止三個階段(圖2)(SchmeingandRamakrishnan,2009)。圖2核糖體的翻譯過程流程圖(引自SchmeingandRamakrishnan,2009)Figure2Thedutycycleofribosometranslationprocess(CitedfromSchmeingandRamakrishnan,2009)所有的核糖體都是由大亞基和小亞基構(gòu)成,它們只有在以mRNA為模板合成蛋白質(zhì)時結(jié)合在一起,肽鏈合成終止后,大小亞基會解離,重新游離于細(xì)胞質(zhì)基質(zhì)中。核糖體的整體結(jié)構(gòu)在原核生物和真核生物上相似。小亞基可以被分為頭部、喙部、平臺部、主體部、肩部、左腳部和右腳部區(qū)域(Klingeetal.,2011)。大亞基在核心結(jié)構(gòu)上也較保守,包括中央隆起部、兩個莖和SRL(sarcin-ricinloop)。原核生物和真核生物核糖體結(jié)構(gòu)上的差異主要體現(xiàn)在溶液面(圖3和圖4)。

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西南大學(xué)博士學(xué)位論文4圖3核糖體小亞基示意圖(引自WilsonandDoudna,2012)A,B)細(xì)菌核糖體小亞基接觸面(上圖)和溶液面(下圖)。A)用不同顏色區(qū)分16SrRNA結(jié)構(gòu)域和相關(guān)核糖體蛋白:b,主體(藍(lán)色);h,頭部(紅色);pt,平臺(綠色);h44,螺旋域44(黃色)。B)16SrRNA用灰色表示,核糖體蛋白用其它顏色并標(biāo)注名稱。C-E)真核生物核糖體小亞基的接觸面和溶液面。C)紅色表示真核生物特異的核糖體蛋白,粉紅色表示rRNA,灰色表示保守的rRNA,藍(lán)色表示核糖體蛋白;D,E)灰色表示18SrRNA,核糖體蛋白用其它顏色表示并標(biāo)注名稱。Figure3Thesmallribosomalsubunit(CitedfromWilsonandDoudna,2012)(A,B)Interface(upper)andsolvent(lower)viewsofthebacterial30Ssubunit.(A)16SrRNAdomainsandassociatedRPproteinscoloreddistinctly:b,body(blue);h,head(red);pt,platform(green);andh44,helix44(yellow).(B)16SrRNAcoloredgrayandRPproteinscoloreddistinctlyandlabeled.(C–E)Interfaceandsolventviewsoftheeukaryotic40Ssubunit,with(C)eukaryotic-specificRPproteins(red)andrRNA(pink)shownrelativetoconservedrRNA(gray)andRPproteins(blue),andwith(D,E)18SrRNAcoloredgrayandRPproteinscoloreddistinctlyandlabeled.

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]The role of ribosomal proteins in the regulation of cell proliferation, tumorigenesis, and genomic integrity[J]. Xilong Xu,Xiufang Xiong,Yi Sun.  Science China(Life Sciences). 2016(07)



本文編號:3291081

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