前列腺癌差異基因表達(dá)及信號(hào)通路的生物信息學(xué)分析
發(fā)布時(shí)間:2021-07-17 19:22
目的通過(guò)生物信息挖掘技術(shù)對(duì)前列腺癌基因表達(dá)譜進(jìn)行分析后得到差異基因及所涉及生物學(xué)信號(hào)通路。方法使用生物信息挖掘技術(shù)對(duì)GSE46602、GSE55945、GSE69223基因表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析后取交集得到差異表達(dá)基因(DEGs),后使用DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)DEGs進(jìn)行基因本體論(GO)及生物信號(hào)通路(KEGG)富集分析,使用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)及Cytoscape的cytoHubba應(yīng)用程序得到蛋白互作(PPI)網(wǎng)絡(luò)及關(guān)鍵基因并進(jìn)行排序,最后將所得關(guān)鍵基因在TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行驗(yàn)證。結(jié)果通過(guò)對(duì)GEO數(shù)據(jù)庫(kù)前列腺癌的3個(gè)數(shù)據(jù)集使用R軟件等工具進(jìn)行分析,總共發(fā)現(xiàn)了225個(gè)DEGs,其中55個(gè)表達(dá)上調(diào)、170個(gè)表達(dá)下調(diào)。通過(guò)GO功能富集分析及KEGG通路分析發(fā)現(xiàn)這些基因富集在細(xì)胞遷移調(diào)節(jié)和血管生成等功能中,以及磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶(PI3K/Akt)和p53等信號(hào)上。構(gòu)建DEGs的PPI互作網(wǎng)絡(luò)并通過(guò)cytoHubba篩選出最重要的10個(gè)基因并與TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)進(jìn)行對(duì)比,發(fā)現(xiàn)堿性螺旋環(huán)螺旋轉(zhuǎn)錄因子1(TWIST1)、Snail家族轉(zhuǎn)錄抑制因子2(SNAI2)、血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子受體2(...
【文章來(lái)源】:中華實(shí)驗(yàn)外科雜志. 2020,37(12)北大核心CSCD
【文章頁(yè)數(shù)】:4 頁(yè)
本文編號(hào):3288784
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