為進(jìn)一步挖掘小鼠高脂響應(yīng)基因并闡明其分子機(jī)制,采用生物信息學(xué)方法分析正常和高脂誘導(dǎo)小鼠肝臟的基因表達(dá)譜芯片,鑒定出82個(gè)與小鼠高脂響應(yīng)相關(guān)的差異表達(dá)基因（differentially expressed genes,DEGs）。對(duì)DEGs進(jìn)行基因本體（gene ontology,GO）分析,結(jié)果顯示這些DEGs主要參與了膽固醇運(yùn)輸、類固醇生物合成和脂質(zhì)穩(wěn)態(tài)等生物學(xué)過(guò)程。京都百科全書(shū)基因和基因組（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）分析結(jié)果表明,DEGs主要和系統(tǒng)性紅斑狼瘡、類固醇激素生物合成、膽固醇代謝等通路有關(guān)。對(duì)DEGs構(gòu)建蛋白-蛋白相互作用（proteinprotein interaction,PPI）網(wǎng)絡(luò),通過(guò)cytoHubba計(jì)算得到Pcsk9、Lpl、Cd68、Saa3、Lgals3、Cxcl9、Orm2、Abcg5、H2-Ab1、Lyz2、Anxa5、Anxa2等12個(gè)關(guān)鍵基因（hub genes）,其中,Pcsk9、Lpl、Abcg5為已報(bào)道的血脂代謝相關(guān)基因,其余9個(gè)為新發(fā)現(xiàn)的小鼠高脂響應(yīng)基因。研究結(jié)果將有助于闡明... 

【文章來(lái)源】：東華大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2020,46(04)北大核心

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【部分圖文】：

樣本相關(guān)性熱圖

為進(jìn)一步在分子和通路層面了解DEGs的功能，使用R 3.6.0軟件中的clusterProfiler包對(duì)DEGs進(jìn)行GO和KEGG分析。GO分析結(jié)果如表1所示，這些DEGs生物學(xué)過(guò)程（biological process,BP）主要與膽固醇運(yùn)輸、類固醇生物合成、免疫反應(yīng)和脂質(zhì)穩(wěn)態(tài)等密切相關(guān)。KEGG分析結(jié)果如表2所示，這些DEGs主要參與了系統(tǒng)性紅斑狼瘡、過(guò)氧化物酶體增殖物激活受體（peroxisome proliferator activated receptor,PPAR）信號(hào)通路、類固醇激素生物合成、膽固醇代謝等信號(hào)通路。GO和KEGG富集在脂質(zhì)代謝方面的結(jié)果表明，DEGs中存在潛在的高脂響應(yīng)基因參與到了小鼠的脂質(zhì)代謝進(jìn)程中。2.3 PPI網(wǎng)絡(luò)分析

PPI網(wǎng)絡(luò)分析有利于從全局的角度研究與疾病發(fā)生相關(guān)的蛋白與蛋白之間的相互作用關(guān)系。將共計(jì)82個(gè)DEGs導(dǎo)入STRING和Cytoscape中進(jìn)行分析，結(jié)果顯示共有66個(gè)DEGs被納入到PPI網(wǎng)絡(luò)中，包含66個(gè)節(jié)點(diǎn)蛋白和218條相互作用關(guān)系，如圖3所示。該網(wǎng)絡(luò)的確立可用來(lái)提取子網(wǎng)絡(luò)以發(fā)現(xiàn)在網(wǎng)絡(luò)中聯(lián)系更緊密的群組和模塊，也可用來(lái)通過(guò)計(jì)算hub genes從而確立網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵基因。2.4 hub genes的篩選與分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]中國(guó)成人血脂異常防治指南（2016年修訂版）[J]. 諸駿仁,高潤(rùn)霖,趙水平,陸國(guó)平,趙冬,李建軍.  中國(guó)循環(huán)雜志. 2016(10)



本文編號(hào)：3279177