目的:乳腺癌是全世界女性中最常見的癌癥,也是與癌癥相關死亡的主要原因之一。在乳腺癌中,腫瘤相關巨噬細胞（Tumour-associated macrophages,TAM）可以大量存在,并且可能占腫瘤細胞總數(shù)的50%以上。有研究表明TAM與乳腺癌預后不良密切相關,而且TAM會影響常規(guī)療法（如化學療法和放射療法）和免疫療法的治療效果,因此減少巨噬細胞浸潤,抑制所涉及的信號傳導途徑或中斷TAM與腫瘤細胞之間的相互作用可能是乳腺癌潛在的治療手段。本研究將免疫浸潤與加權網(wǎng)絡共表達分析（Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA）將結合,旨在找出乳腺癌TAM相關的核心節(jié)點基因,為乳腺癌診斷與治療提供新的思路。方法:1.乳腺癌芯片數(shù)據(jù)來源于GEO（Gene Expression Omnibus）數(shù)據(jù)庫,利用R語言中的affy包對芯片數(shù)據(jù)標準化。將標準化的基因表達數(shù)據(jù)上傳到CIBERSORT,計算出22種浸潤免疫細胞的相對比例作為臨床表型。2.將分析得到的浸潤免疫細胞比例與WGCNA的基因模塊聯(lián)合分析,篩選與乳腺癌TAM相關性最高的基因模塊,... 

【文章來源】：吉林大學吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：70 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

TCGA-BRCARNAseq下載界面

第1章免疫浸潤分析21.1材料與方法1.1.1數(shù)據(jù)來源乳腺癌數(shù)據(jù)主要來源于開源數(shù)據(jù)庫TheCancerGenomeAtlas（TCGA）（https://portal.gdc.cancer.gov/），包括兩部分：一是乳腺癌轉錄組數(shù)據(jù)（RNAseq），包括1101個癌癥樣本和121個癌旁樣本；二是乳腺癌患者臨床數(shù)據(jù)，共有1097乳腺癌患者臨床信息．在TCGA數(shù)據(jù)庫選擇HTSeq-FPKM-UQ乳腺癌數(shù)據(jù)進行下載，HTSeq-FPKM-UQ是經(jīng)過標準化質量控制的，以此消除批次效應或文庫大小帶來的差異。圖1.1、1.2分別為乳腺癌轉錄組數(shù)據(jù)和乳腺癌患者臨床信息的下載界面。圖1.1TCGA-BRCARNAseq下載界面圖1.2TCGA-BRCA臨床數(shù)據(jù)下載

第1章免疫浸潤分析41.2分析結果1.2.1免疫細胞比例圖1.3免疫細胞比例柱狀圖，不同顏色代表22種不用免疫細胞，縱坐標代表不同免疫細胞所占百分比，橫坐標代表TCGA乳腺癌樣本編號。圖1.4免疫細胞比例熱圖，縱坐標代表不同的免疫細胞在組織中所占比例，橫坐標代表TCGA乳腺癌樣本編號。不同的免疫細胞在組織中所占比例越高，顏色越紅，type中的con代表乳腺癌癌旁組織，treat代表乳腺癌組織。


本文編號：3273112