本文關(guān)鍵詞：人INO80染色質(zhì)重塑復(fù)合物調(diào)控基因的分析與基因間調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：在真核細胞中,染色質(zhì)的高次結(jié)構(gòu)處于動態(tài)變化的狀態(tài):當(dāng)染色質(zhì)結(jié)構(gòu)排列緊密時,會阻止初始轉(zhuǎn)錄因子和RNA聚合酶募集到相應(yīng)基因啟動子上特定序列的DNA位點,從而使相應(yīng)基因的轉(zhuǎn)錄受到抑制;而當(dāng)染色質(zhì)結(jié)構(gòu)疏松時,初始轉(zhuǎn)錄因子及RNA聚合酶更易于接近到其基因啟動子上,激活相應(yīng)基因的轉(zhuǎn)錄。染色質(zhì)重塑因子對染色質(zhì)結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換起到重要的作用,同時染色質(zhì)重塑因子在基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控過程中,經(jīng)由特異的轉(zhuǎn)錄因子/特異的DNA序列募集到靶基因上,并作為一個激活或抑制因子而發(fā)揮改變?nèi)旧|(zhì)結(jié)構(gòu)作用,進而調(diào)控相應(yīng)基因轉(zhuǎn)錄的生物學(xué)功能。人源INO80染色質(zhì)重塑酶是ATP酶依賴的染色質(zhì)重塑復(fù)合物屬于SWI/SNF2超家族的成員,參與了多種染色質(zhì)依賴的不同生物學(xué)過程。做為染色質(zhì)重塑酶的一種,h INO80復(fù)合物不僅參與基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控、DNA復(fù)制和DNA損傷修復(fù)等多種重要的生命過程,在小鼠胚胎發(fā)育及其干細胞分化過程中也起著重要的作用。在本論文中,我們集中研究h INO80染色質(zhì)重塑復(fù)合物可以影響的下游基因,及其基因間的調(diào)控關(guān)系網(wǎng)絡(luò)。其中,h INO80復(fù)合物酶活性中心結(jié)構(gòu)域中核心亞基Arp8、Ies2、Ies6和INO80亞基是進化過程中保守的亞基,在其ATP水解酶依賴的核小體在DNA上的滑動中起著重要的作用。本論文主要通過生物芯片和生物信息學(xué)方法從轉(zhuǎn)錄組水平上研究人源INO80調(diào)控的下游基因及其基因間的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系,首先通過si RNA干擾的方法敲低h INO80復(fù)合物中4個關(guān)鍵保守亞基(Arp8、Ies2、Ies6和INO80催化亞基);然后應(yīng)用統(tǒng)計學(xué)方法和Gene Ontology聚類分析來探索復(fù)合物調(diào)控的核心通路,包括免疫應(yīng)答(GO:0051607 defense response to virus)、細胞分化(GO:0045597:positive regulation of cell differentiation)和多糖和脂肪酸代謝(GO:0006027glycosamin-oglycan catabolic process和GO:0006633 fatty acid biosynthetic process)等細胞信號通路;另外我們篩選到了20個h INO80可能直接調(diào)控的基因,包括(M160、FAM65B、SIRT4和LAMP2等)。通過以上分析,我們基本闡明了人源INO80染色質(zhì)重塑酶復(fù)合物調(diào)控的下游基因及其相關(guān)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)。
【關(guān)鍵詞】：INO80染色質(zhì)重塑酶復(fù)合物 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò) WGCNA 基因本體 信號傳導(dǎo)通路
【學(xué)位授予單位】：吉林大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：Q78
【目錄】：

• 內(nèi)容提要4-6
• ABSTRACT6-8
• 關(guān)鍵詞及縮寫8-12
• 第1章 緒論12-26
• 1.1 表觀遺傳學(xué)概述12-13
• 1.2 染色質(zhì)重塑復(fù)合物13-18
• 1.3 INO80染色質(zhì)重塑復(fù)合物18-20
• 1.4 論文中涉及的生物信息學(xué)概念20-21
• 1.5 芯片(MICRO-ARRAY)和RNA-SEQ數(shù)據(jù)庫介紹21-23
• 1.6 基因關(guān)系網(wǎng)絡(luò)概述23-25
• 1.7 立體依據(jù)與研究意義25-26
• 第2章 實驗材料26-30
• 2.1 分子生物學(xué)實驗儀器26-27
• 2.2 分子生物學(xué)所用化學(xué)試劑27-28
• 2.3 分子生物學(xué)實驗試劑組成28-29
• 2.4 生物信息計算平臺29
• 2.5 生物信息所用軟件平臺以及軟件包29-30
• 第3章 實驗方法30-37
• 3.1 細胞培養(yǎng)與基因敲低30-31
• 3.2 REAL-TIME PCR檢測基因敲低效率31-32
• 3.3 WESTERN-BLOT檢測基因敲低效率實驗步驟32-33
• 3.4 基因芯片實驗步驟33-34
• 3.5 調(diào)控基因篩選與獲得34
• 3.6 基因本體注釋34-35
• 3.7 加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析（WGCNA）35-36
• 3.8 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)可視化36-37
• 第4章 實驗結(jié)果37-47
• 4.1 人源INO80染色質(zhì)重塑復(fù)合物調(diào)控基因的獲取與篩選37-39
• 4.2 INO80復(fù)合物調(diào)控的基因注釋39-40
• 4.3 利用WGCNA構(gòu)建基因簇40-44
• 4.4 人源INO80染色質(zhì)重塑復(fù)合物調(diào)控基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)關(guān)系44-47
• 第5章 總結(jié)與討論47-50
• 參考文獻50-55
• 附錄55-59
• 表一、GENE ONTOLOGY通路富集分析結(jié)果55-57
• 表二、人INO80復(fù)合物可能直接調(diào)控的基因57-59
• 致謝59-60
• 碩士期間科研成果60

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 龔燕華;ATP依賴的染色質(zhì)重塑復(fù)合體[J];國外醫(yī)學(xué)(分子生物學(xué)分冊);2002年06期

  本文關(guān)鍵詞：人INO80染色質(zhì)重塑復(fù)合物調(diào)控基因的分析與基因間調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

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本文編號：326224