本文關鍵詞：人INO80染色質重塑復合物調控基因的分析與基因間調控網絡的構建，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：在真核細胞中,染色質的高次結構處于動態(tài)變化的狀態(tài):當染色質結構排列緊密時,會阻止初始轉錄因子和RNA聚合酶募集到相應基因啟動子上特定序列的DNA位點,從而使相應基因的轉錄受到抑制;而當染色質結構疏松時,初始轉錄因子及RNA聚合酶更易于接近到其基因啟動子上,激活相應基因的轉錄。染色質重塑因子對染色質結構轉換起到重要的作用,同時染色質重塑因子在基因轉錄調控過程中,經由特異的轉錄因子/特異的DNA序列募集到靶基因上,并作為一個激活或抑制因子而發(fā)揮改變染色質結構作用,進而調控相應基因轉錄的生物學功能。人源INO80染色質重塑酶是ATP酶依賴的染色質重塑復合物屬于SWI/SNF2超家族的成員,參與了多種染色質依賴的不同生物學過程。做為染色質重塑酶的一種,h INO80復合物不僅參與基因轉錄調控、DNA復制和DNA損傷修復等多種重要的生命過程,在小鼠胚胎發(fā)育及其干細胞分化過程中也起著重要的作用。在本論文中,我們集中研究h INO80染色質重塑復合物可以影響的下游基因,及其基因間的調控關系網絡。其中,h INO80復合物酶活性中心結構域中核心亞基Arp8、Ies2、Ies6和INO80亞基是進化過程中保守的亞基,在其ATP水解酶依賴的核小體在DNA上的滑動中起著重要的作用。本論文主要通過生物芯片和生物信息學方法從轉錄組水平上研究人源INO80調控的下游基因及其基因間的網絡關系,首先通過si RNA干擾的方法敲低h INO80復合物中4個關鍵保守亞基(Arp8、Ies2、Ies6和INO80催化亞基);然后應用統(tǒng)計學方法和Gene Ontology聚類分析來探索復合物調控的核心通路,包括免疫應答(GO:0051607 defense response to virus)、細胞分化(GO:0045597:positive regulation of cell differentiation)和多糖和脂肪酸代謝(GO:0006027glycosamin-oglycan catabolic process和GO:0006633 fatty acid biosynthetic process)等細胞信號通路;另外我們篩選到了20個h INO80可能直接調控的基因,包括(M160、FAM65B、SIRT4和LAMP2等)。通過以上分析,我們基本闡明了人源INO80染色質重塑酶復合物調控的下游基因及其相關網絡結構。
【關鍵詞】：INO80染色質重塑酶復合物 基因調控網絡 WGCNA 基因本體 信號傳導通路
【學位授予單位】：吉林大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：Q78
【目錄】：

• 內容提要4-6
• ABSTRACT6-8
• 關鍵詞及縮寫8-12
• 第1章 緒論12-26
• 1.1 表觀遺傳學概述12-13
• 1.2 染色質重塑復合物13-18
• 1.3 INO80染色質重塑復合物18-20
• 1.4 論文中涉及的生物信息學概念20-21
• 1.5 芯片(MICRO-ARRAY)和RNA-SEQ數據庫介紹21-23
• 1.6 基因關系網絡概述23-25
• 1.7 立體依據與研究意義25-26
• 第2章 實驗材料26-30
• 2.1 分子生物學實驗儀器26-27
• 2.2 分子生物學所用化學試劑27-28
• 2.3 分子生物學實驗試劑組成28-29
• 2.4 生物信息計算平臺29
• 2.5 生物信息所用軟件平臺以及軟件包29-30
• 第3章 實驗方法30-37
• 3.1 細胞培養(yǎng)與基因敲低30-31
• 3.2 REAL-TIME PCR檢測基因敲低效率31-32
• 3.3 WESTERN-BLOT檢測基因敲低效率實驗步驟32-33
• 3.4 基因芯片實驗步驟33-34
• 3.5 調控基因篩選與獲得34
• 3.6 基因本體注釋34-35
• 3.7 加權基因共表達網絡分析（WGCNA）35-36
• 3.8 基因調控網絡可視化36-37
• 第4章 實驗結果37-47
• 4.1 人源INO80染色質重塑復合物調控基因的獲取與篩選37-39
• 4.2 INO80復合物調控的基因注釋39-40
• 4.3 利用WGCNA構建基因簇40-44
• 4.4 人源INO80染色質重塑復合物調控基因的調控網絡關系44-47
• 第5章 總結與討論47-50
• 參考文獻50-55
• 附錄55-59
• 表一、GENE ONTOLOGY通路富集分析結果55-57
• 表二、人INO80復合物可能直接調控的基因57-59
• 致謝59-60
• 碩士期間科研成果60

【參考文獻】

中國期刊全文數據庫 前1條

1 龔燕華;ATP依賴的染色質重塑復合體[J];國外醫(yī)學(分子生物學分冊);2002年06期

  本文關鍵詞：人INO80染色質重塑復合物調控基因的分析與基因間調控網絡的構建，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

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本文編號：326224